Marvin

Die Marvin projek bied 'n versameling van Java gereedskap vir die opstel, vertoon en karakterisering van chemiese strukture, substrukture en reaksies.
Marvin kan maklik geïnstalleer word op jou lessenaar en moeiteloos opgeneem in web bladsye en derde party programme via sy Application Programming Interface (API).
Die Marvin gesin bestaan ​​uit die volgende instrumente:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets of boontjies?
Marvin is beskikbaar in twee pakkette afhangende van die gebruik:
* Marvin Applets vir die web-ontwikkelaar
* Marvin Beans vir die chemikus se lessenaar en vir die sagteware ontwikkelaar.
Marvin Applets is die gereedskap vir die bou van chemiese web bladsye, wat in ooreenstemming is met die meeste blaaiers (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, ens) Hulle bied toegang vanaf / na JavaScript en is pas deur applet parameters.
Marvin Boontjies is maklik installeer aansoeke vir die lessenaar en gereedskap vir die integrasie van Marvin vermoëns in enige Java aansoek

Wat is nuut in hierdie release:.

• MarvinSketch:
• Openbare databasis soek in chemicalize.org.
• Moontlikheid ligand om te verander in MarvinSketch.
• Fog-effek kan op verskeie maniere beheer word:
• Daar is 'n schuifbalk op die blad skerm van die Voorkeure dialoog in die skets / View GUI die krag van die mis-effek en 'n boks te stel om die outomatiese mis-effek af te skakel.
• Applet en bone parameters word bekendgestel: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum onderwerp).
• verbonde aan 'n groep beslaglegging punt nie outomaties ungroup die Sgroup nie.
• Bepaling van S-inhoud van die groep. Veelvoudige en generiese S-groepe het die hele subgraph tussen die verbande oor die hakies bevat
• Update van S-inhoud van die groep as bracket posisies verander: óf tussen hakies of die struktuur is verskuif
.
• S-groep inbedding en oorvleuel word nagegaan op molekule konsekwentheid tjeks.
• intelligensie invoer ondersteun alifatiese koolstowwe met dubbelbinding (forum onderwerp).
• glimlag invoer / uitvoer ondersteun allene.
• Genereer tradisionele naam vir fragmente in 'n groter saamgestelde (bv & quot; Dekstrometorfaanhidrobromied & quot;).
• Ondersteuning vir CAS nommer bekering.
• Verbeterde OCR foutkorreksie in DocumentExtractor (ontbreek kommas, foutief herk hakies tipe, ekstra ruimtes, ...).
• Document Extractor op PDF dokumente gee nou die bladsy aantal hits.
• Verbeterde ondersteuning vir algemene name in struktuur-tot-naam en die naam-tot-struktuur. Die algemene ondersteuning vir die naam invoer toegeneem met sowat 5% vir algemene en 10% vir sistematiese name. Omskakeling spoed is met sowat 20%.
• JChem en Marvin Boontjies installeerders vir Windows ook uittreksel dop script vir Cygwin.
• Bewaar exocycyclic groepe in Bemis-Murcko raamwerke.
• Halogen kan meer as een aansluiting tydens opsomming.
• Aromatiese effekte tydens die berekening van die aantal dubbelbindings vir homologie eiendom nagaan beskou.
• Lasso seleksie af kan ingestel word om die standaard in MSketchPane (forum onderwerp) te wees.
• 'n nuwe funksie, isChiral is bygevoeg om TopologyAnalyzer.
• New Chmical Terme funksies: isQuery (), fieldAsString ()
.
• bugfixes:
• Naam boks is nie bygewerk ná groep skepping omdat die skep van 'n groep nie verhoog grafiek invariant verandering telling (forum onderwerp).
• MarvinSketch aansoek het nie verstaan ​​& quot; - {naam} & quot; command line parameter.
• Wanneer die struktuur & gt; Vind online menu struktuur is begin onder Linux, kan die verstek webleser nie opgespoor word gevolg (forum onderwerp) te vertoon.
• Die laai van die isotopes.data lêer van die java kas misluk as sy ongecomprimeerd weergawe is gestoor in die kas (dws indien die ontpakking is outomaties gedoen deur die webbediener, en nie deur Marvin). Forum onderwerp, dokumentasie.
• Grafiese voorwerpe vertoon is nie in die Meetkunde Plugin gevolg venster.
• Op die elektron-vloei pyl, is die blou blokkie vir die uitlig gemis (forum onderwerp).
• Ligand bevel nie vertoon op die steier as die definisies is verwyder, selfs al is die & quot; altyd & quot; vertoon opsie is ingestel vir & quot; Ligand Bestellings & quot; op die voorkeure dialoog.
• Index van die multi-atoom korrup geword nadat uitvoer in MDL Mol formaat as dit is gekoppel aan 'n R-groep.
• Arrow vas te reghoeke is gedurende MRV invoer / uitvoer (forum onderwerp) beskadig.
• Invoer van 1-letter peptied misluk by 'n enkele histidien (forum onderwerp).
• Implisiete waterstowwe vermis deur die invoer van SKC.
• Null eiendom waarde van MolAtom is nie uitgevoer / ingevoer in MRV-formaat.
• Deur die invoer van sekere SMARTS, was verkeerd band tipe bepaal in plaas van 'n enkele of aromatiese verbinding.
• Sekere hakies uit Cdx lêers getrek in ChemDraw is in die verkeerde rigting vertoon.
• intelligensie uitvoer. 1-atoom enkelbinding buurman van 'n aromatiese ring is uitgevoer as 'n enkele band in plaas van enkel / aromatiese
• Uitvoer navrae skakel knoop en R-groepe in SMARTS formaat was verkeerd.
• Die H-atoom hantering was dubbelsinnig in SMARTS uitdrukkings.
• Mol lêer kommentaar veld invoer misluk.
• Die invoer van sekere SMILES was verkeerd (forum onderwerp).
• As die sjabloon bevat 'n ketting deel wat geleë kan word in die teiken as 'n deel van 'n ring (of ring stelsel) moet ons daardie deel van die sjabloon ignoreer.
• Die Fyn met Hydrogenize opsie Clean3D nie S-groepe outomaties ungroup (forum onderwerp).
• Molecule.contractSgroups () opgemors die molekule koördinate (forum onderwerp).
• Explicit waterstowwe is nie behoorlik in ag Cis / Trans stereochemie berekening gebring.
• Tautomer kragopwekker gegooi ArrayIndexOutOfBoundsException in sommige gevalle.
• homologie opsomming geproduseer strydig molekules vir 'n paar VMN insette.
• Verkeerde beheer tel na die toepassing van CovalentCounterion fixeerbad.
• Die log uitset formaat van StructureChecker command line verskil van uitset formaat van die towenaar.
• ChiralFlagErrorChecker nie chiraliteit korrek te hanteer. In plaas van die berekening van chiraliteit van gelykheid data, is dit gebruik om 'n implementering gebaseer op die isChiral metode van TopologyAnalyser.

Wat is nuut in die weergawe 5.4.0.1:

• Highlighting van elektronvloei pyle is verkeerd wanneer die basis of eindpunt was 'n band (forum onderwerp).
• serialized spyskaart opset werk nie.
• Die indeks van die multi-atoom is verkeerd wat geskep is tydens MDL MOLFile uitvoer in die geval van strukture waar die R-groep is verbind tot die multi-atoom (posisie variasie effekte).
• Implisiete waterstowwe is vermis van die atome na die invoer of plak van strukture in ISIS / Symyx Skets lêer formaat (SKC lêer formaat).
• CDX lêers, insluitend geroteerde grafiese voorwerpe wat uitgevoer word uit die ou weergawes van ChemDraw kon nie ingevoer word nie.
• Tautomer berekening
• Generiese tautomer was nie uniek genoeg in sommige gevalle. As gevolg van die fix, is die generiese tautomer voorsien aromatiese vorm.
• Canoncical tautomer berekening is verbeter as gevolg van die fix van dearomatization.
• Sekere strukture met eksplisiete waterstowwe gekoppel met wig band het 'n uitsondering in generiese tautomerization.
• Deel berekening is vermis van cxcalc.
• Struktuur Checker gegooi NullPointerException in plaas van te ignoreer verkeerde konfigurasielêer.

Wat is nuut in die weergawe 5.1.03.2:

• IUPAC Naam invoer: omskakeling IUPAC name strukture.
• OLE 2 ondersteuning. Verbeterde ondersteuning van plak MarvinSketch voorwerpe in MS Office-dokumente
• Chemiese Terme:. Beskikbaar van Marvin in command line, API en kan gebruik word in Java skrifte (in applets)
• Versnelde inisialisering van MarvinSketch en MarvinView by die begin, sowel as selfstandige weergawe, en as geïmplementeer komponent in ander programme.

Vereistes :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment