Open Babel

Open Babel is 'n oop bron, gesamentlike, gratis en multi-biblioteek sagteware wat ontwerp is as 'n chemiese toolbox spesiaal ontwerp talle tale van chemiese data te erken om op te tree. Dit is eenvoudig net gedoop & ldquo; Die Open Chemie Toolkit & rdquo;. Kenmerke in 'n glanceWith Open Babel, sal gebruikers in staat wees om te soek, te analiseer, te skakel, en stoor data van chemie, molekulêre modellering, biochemie, sowel as ander verwante gebiede. Dit ondersteun 'n wye verskeidenheid van algemene chemiese lêer formate, insluitend Mol2, ROR / mol, PDB, XYZ, glimlag, en CML.
Daarbenewens Open Babel bied 'n volle featured programmeerder se toolkit, chemiese MIME ondersteuning, vergaar Matcher, buigbare atoom / verband Typer, waterstof skrap en Daarbenewens bitvector klas, matriks en vektor transformasies, sowel as 'n molekulêre toets suite.Under die enjinkap en ondersteun bedryf systemsOpen Babel is heeltemal geskryf in die C ++ programmeringstaal. Dit & rsquo; SA ware kruis-platform sagteware wat ondersteun GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows en Mac OS X bedryfstelsel. Beide 32-bit en 64-bis rekenaars amptelik ondersteun by die tyd van die skryf van this.Getting begin met Open BabelFirst van alles, ons raai jy Open Babel om te installeer met behulp van die pre-gebou binêre pakkette van die standaard sagteware repositories van jou Linux verspreiding. As jou GNU / Linux stelsel kom nie & rsquo; t het die Open Babel sagteware in sy repos, dan moet jy & rsquo; het die aansoek met behulp van die universele bronne argief voorsien op Softoware op te stel en te installeer.
Laai die tarball (tar.gz argief), pak dit op 'n plek van jou keuse, maak 'n terminaal emuleerder, navigeer na die onttrek gids en voer die & ldquo;. Cmake & rdquo; opdrag (sonder aanhalingstekens) die projek op te stel. Dan moet jy die & ldquo; maak & rdquo; opdrag, sonder aanhalingstekens, natuurlik, om dit uit te stel. Maak asseblief seker dat die CMake instrument in op jou bedryfstelsel geïnstalleer voor die bogenoemde instruksies

Wat is nuut in hierdie release:.

• Hierdie vrystelling verteenwoordig 'n groot fout-fix-release en moet 'n stabiele opgradering, sterk aanbeveel vir alle gebruikers van Open Babel wees. Baie foute en verbeteringe is bygevoeg in die laaste jaar sedert die 2.3.0 vrylating.

Wat is nuut in die weergawe 2.2.2:

• Hierdie vrystelling verteenwoordig 'n groot fout-fix release en is 'n stabiele opgradering, sterk aanbeveel vir alle gebruikers van Open Babel. Terwyl daar is dalk nie baie nuwe funksies, baie ongelukke en ander foute is vasgestel sedert 2.2.1.
• opgegradeer na die nuwe InChI 1.02 release gestandaardiseerde InChI en InChIKey uitset te produseer.
• Vaste baie stereochemie foute lees / skryf glimlag. Dit is deel van 'n groter projek wat in die 2.3 release klaar wees.
• Vaste samestelling en installasie op Cygwin en MinGW platforms.
• Aansienlik verbeter aromatisiteit en Kekule band opdrag.
• Verbeterde 2D - & gt; 3D generasie koördineer
• Verbeterde koördineer generasie met behulp van die --gen3d opdrag-lyn werking
• Verbeterde prestasie vir koördineer geslag.
• New --fillUC opdrag-lyn operasie vir babel.
• Oplossing vir pH-afhanklike waterstof toevoeging.
• Bygevoeg ondersteuning vir die lees vibrasie data van Molden, Molpro en NWChem uitset lêers.
• Opdateer atoom radiusse van resente teoretiese berekeninge.
• Vaste fout lees gzip-saamgeperste Mol2 of XML-lêers.
• Sluit lêers na 'n fout. Vasgestel 'n fout met Pybel waar lêers oop sal bly.
• Baie meer foutherstellings en klein funksie te verbeter. == Nuwe grootes == Invoer en Uitvoer:
• Molpro toevoer en afvoer.

Lêers
• VASP koördineer (CONTCAR en POSCAR).

Wat is nuut in die weergawe 2.2.1:

• Verbeterde script koppelvlakke, insluitend Python 3 ondersteuning en verbeterde Java en C # ondersteuning.
• Bygevoeg ondersteuning vir MACCS vingerafdrukke. Danksy die RDKit projek.
• Baie fixes en verbeterings aan die kragveld kode. In die besonder, moet die UFF kragveld implementering vele meer molekules hanteer.
• Verbeterde 3D koördineer geslag, veral met ring fragmente. Jy kan dit 'n probeer gee met die obgen nut.
• Vaste 'n verskeidenheid van PDB invoer foute met atoom tipes.
• Bygevoeg ondersteuning vir die lees koste en radiusse van PQR lêer formate.
• Bygevoeg ondersteuning vir lees en skryf eenheid selle in PDB-formaat.
• New & quot; uitset & quot; lêer formaat vir die neem van generiese & quot; .out & quot ;, & quot; log & quot ;, en & quot; .dat & quot; lêers en lees met gepaste lêer tipe wat gebaseer is op die inhoud. Tans werk baie goed vir kwantum chemie pakkette.
• Bygevoeg verbeterde fout hantering en verslagdoening wanneer nie lêer formate te laai.
• Verbeterde CIF lêer formaat ondersteuning.
• Baie, baie, baie addisionele foutherstellings en klein verbeteringe.