GAMGI

GAMGI is 'n oop bron en heeltemal gratis sagteware projek wat van die grond af ontwerp word om gebruik te word vir die skep en analisering van atoomstrukture. Dit beskik oor 'n grafiese gebruikerskoppelvlak wat eenvoudig, skoon, maklik om te gebruik en kragtig is.

Die aansoek ondersteun 'n wye reeks atoomstrukture, soos kristalle, molekules, vloeistowwe en glase. Dit ondersteun ook die 230 kristallografiese ruimtegroepe en kan gebruik word om 3D Voronoi-analise en punt-simmetrie uit te voer.

GAMGI ondersteun baie objek tipes, insluitend teks, Orbitale, Bond, Atom, Direction, Vliegtuig, Groep, Molekuul, Cluster, Sel, Pyl, Vorm, Grafiek, Vergadering, Lig, Laag en Venster. Daarbenewens bied die program maksimum beheer oor lae-vlak voorwerpe as atome.

Ons kan ook die vermoë om RCP-strukture (Random Close Packing) op te bou, kristalle vir enige ruimtegroep simmetrie, asook koördinasie-polyhedra en Voronoi vir ewekansige strukture noem. Dit kan ook enige puntegroep simmetrie bepaal.

Kom met omvattende dokumentasie

Nog 'n interessante kenmerk is die vermoë om aksies uit te voer in 'n lys van voorwerpe of 'n enkele voorwerp wat voorheen uitgelig is. Dit bevat omvattende dokumentasie en atoom data, insluitende isotopiese data en ioniese radius. Daarbenewens kan die sagteware 'n groot aantal onafhanklike vensters, ligte, insluitend kol, rigting en posisionering, lae met verskillende sigbaarheid, verwysings, uitsigpunte of projeksies manipuleer, asook 3D-lettertipes wat óf gestroop of geëxtrudeer kan word.

Die GAMGI aansoek kan ook in skole en universiteite gebruik word om atoomstruktuur van materie te onderrig. Dit is die perfekte hulpmiddel vir die wetenskaplikes wat in atomistiese modellering werk, sowel as vir diegene wat 'n oopbron-aansoek benodig om atoomstrukture te bestudeer en beelde vir hul aanbiedings voor te berei.

Wat is nuut in hierdie weergawe:

• Opgedateerde Help-> Konfigureer lêers vir lig- en atoomvoorwerpe.
• Gesynchroniseerde gamgi-g en gamgi-x-bome.
• Opgedateerde gamgi_expat_import_object: die invoer van selvoorwerpdata na XML-lêers met die nuwe konfigurasie reëls moet goed werk.
• Opgedateerde gamgi_expat_export_object: die uitvoer van selvoorwerpdata na XML-lêers met die nuwe konfigurasiereëls werk nou goed.
• In Sel-> Skep en Sel-> Verander, word oorspronklike vektore en asse vektore outomaties opgedateer vir verstek (konvensionele of primitiewe) opsies wanneer model verander.
• Vervang sel> grense = ONWAAR deur sel-> grense = GAMGI_PHYS_NONE, in enjin-, gtk-, expat- en mesa-kode.
• Opdateer gamgi_expat_export_config: die uitvoer van selkonfigurasie data na XML-lêers werk nou goed
• Opdateer gamgi_expat_import_config: die invoer van selkonfigurasie data van XML-lêers werk nou fyn
• Verbeter die dialoog Sel-> Konfigureer, om ook standaardwaardes vir Model, Grense, Gesigte en nodusse te hanteer.
• Herontwerpte objek-> Konfigurasie-dialoë: Config data word nou geskei in verstekdata (in die bladsye met dieselfde name as in Objek-> Skakel dialoë) en globale data (toepassing op alle voorwerpe, oud en nuut), in die Global (laaste) notaboekblad. Dialogs geraak: Atoom-> Konfigureer, Sel-> Konfigureer, Ligte-> Konfigureer.
• Implementeer Cell-> Config dialoog en infrastruktuur. Die grootte van selgrenslyne, noduspunte en vektorasse kan nou wêreldwyd gestel word vir alle selle in GAMGI, 'n kenmerk wat swak benodig word. Verstekwaardes vir selkleur en asse gebruik is ook gestel.
• 'n probleem in gamgi_gtk_bond_create opgelos: die kleur in static_init het vorige konfigurasie data geïgnoreer.
• 'n probleem in gamgi_mesa_draw_pick en gamgi_mesa_draw_grab opgelos: Die selwydtepuntwydte is ingestel op lynbreedte in plaas van puntwydte.

Wat is nuut in weergawe:

• 'n Bug het pas bekendgestel: ons kan die GDK-visuele nie verwyder nie nadat 'n GL konteks verwyder is. Net hierdie kode verwyder. Blykbaar doen GTK dit wanneer die dingesie vernietig word.
• Verbeterde gamgi_gtk_area.c, wat gebruik word in die X-weergawe van GAMGI, wat die GTKGLExt-biblioteek vervang deur ons eie GLX-gebaseerde kode. Javier Cabezas het hierdie kode oorgedra na GTK 3 en werk goed! Teruggeplaasde veranderinge, dus die verskille tussen die kode vir GTK 2 en GTK 3 is absoluut minimaal.
• Ons kan nie r, g, b kleure gebruik nie as gevolg van a, b, c sel asse.
• Verbeterde as-uitleg in Orbital-> Maak en Orbital-> Wysig dialoë.
• Verander etiket Model to Scope in Orbital-> Skep en Orbitaal-> Verander en verander die hulpprogramma dienooreenkomstig.
• Kontroleer alle dokumente van die Help Formate dokumentasie.
• Opgedateerde Hulpdokumentasie vir Klusterformate.
• cluster-> verfskikkings is nie meer nulbeëindig nie.
• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp takke.
• In XML-lêers, in groep-elemente, het die eienskapstipe vervang deur verwysing.
• Opgedateerde Hulpdokumentasie vir Plane and Direction Formats.
• Opgedateerde hulpdokumentasie vir groepsinterfaces en formate.
• Hernieuwde die EU-handelsmerk GAMGI tot 2024.
• Opgedateer die bronkode en dokumentasie lisensie aan GPL v3.
• Begin met behulp van sha256sum om alle verspreidingslêers te kontroleer.
• Hernoem die gamgi.org domeinnaamregistrasie tot 2020.

Wat is nuut in weergawe 0.17:

• In die GAMGI-tak wat nie die GtkGlExt-biblioteek benodig word nie, word 'n makefile-fout (ingestel in gamgi0.15.6) vasgestel. Die make_rules bevat gtkglext afhanklikhede wat nie daar moet wees nie.
• Vliegtuie, aanwysings kan nou deur projeksie net verkoop word: Wulff of Schmidt.
• Gesynchroniseerde kode, dokumentasie en data lêers tussen gamgi en gamgi_exp verspreidingsbome.
• Gekontroleer dat / omwenteling XML-lêers om eienskappe van orbitale asse by te werk.
• Gekontroleer alle dat / XML-lêers om die kenmerk tipe na etiket, in atoomelemente te vervang.
• Gekontroleer alle dat / XML-lêers om die kenmerk tipe na model, in vlak, rigting, selelemente te vervang.
• Ter wille van konsekwentheid, vervang die naamprojeksie wêreldwyd met netto in rigting- en vliegtuigkode en XML-elemente.
• Ter wille van konsekwentheid, vervang die naam tipe volgens model wêreldwyd in sel, vlak, rigtingskode en XML-elemente.
• Verander etiket Tipe na Model in Sel-> Skep en Sel-> Verander.
• Verander etiket Metode om Bond in te tik> Skep.
• Opgedateer Help-> Formate dokumentasie vir XML Plane and Direction voorwerpe.
• Opgedateerde help-> Interfaces dokumentasie vir Tipe en Projeksie in Plane-> Skep, Vliegtuig-> Wysig, Direksie-> Skep, Direksie-> Verander.
• Die atoom temperatuur van Debye-Waller kan nou slegs waardes tussen 0.0 (blou) en 100.0 (rooi) neem.
• Opgedateerde koppelvlakke en formate dokumentasie vir Obligasie-voorwerpe.
• Die standaard-Debye-Waller-atoom temperatuur is vasgestel: die nuwe waarde is 0.0, wat ooreenstem met 'n atoom met 'n bekende posisie.
• Opgedateerde dokumentasie dokumente vir Atom en Cell voorwerpe.
• Hulp-> Huidige en Hulp-> Onderwerp kan nou die dokumentasie vir Orbital-> Wysig lees.
• Skriftelike dokumentasie vir Orbital-> Verander.
• Opgedateerde dokumentasie vir Orbital-> Skep.
• Orbitale asse word nou baie makliker behandel, in Orbital-> Skep, Orbitale-> Verander en XML-inligtingslêers.
• Orbital-> Select werk nou goed vir alle opsies, insluitend die baie eienskappe wat gebruik kan word om orbitale te kies.
• Vereenvoudig die funksies gamgi_gtk_select _ *. c.
• Vaste twee foute in die H orbitale kode, wat in GAMGI 0.16.6: 1 ingevoer word) die terme rho ** L (van Laguerre polinoom) en 1 / r ** L (van Legendre funksies) kanselleer mekaar , afgesien van 'n konstante wat ontbreek. 2) Die standaard radiusberekening het die rho ** L termyn ontbreek.
• Lys van vliegtuie kan nou volgens model gekies word: Veelhoek, Pool, Spoor, Vector.
• Aanwysingslyste kan nou volgens model gekies word: Line, Pole, Trace.

Wat is nuut in weergawe 0.16.8:

• In Stereografiese Projeksies, lig die z-hoogte in pole-bitmaps (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP) effens op, sodat dit altyd bo spore voorkom. Hierdeur word 'n visuele glitch opgelos, maar dit maak dit ook baie makliker om pole met spore te kies, aangesien kleure nou duidelik geskei is.
• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp kode takke.
• Opgedateer static_press in Plane-> Wysig en Direcyion-> Wysig, sodat die voorwerpnaam nie oorskry word deur outomatiese naaminstelling nie.
• Die outomatiese naam verander in Plane-> Wysig en rigting-> Wysig werk nou goed, vir kristallografiese vliegtuie, diretcions.
• Gevind en verwyder 'n fout in Plan-> Skep en rigting-> Skep: in sommige gevalle is die voorwerpnaam wat deur die gebruiker aangedui is, geïgnoreer.
• Gevind en verwyder 'n ernstige fout in Planee-> Skep en rigting-> Skep: na die maak van vliegtuie / aanwysings deur gebruik te maak van lyste wat voorheen geskep is met die tweede vlak van die lys, is dit nie behoorlik gereset nie. In sommige kringe kan dit GAMGI ineenstort.
• Gevind en verwyder 'n fout in Plane-> Skep en rigting-> Skep: Pool en Spoor is nie gelyktydig geskep nie, wanneer nodig, slegs een elke keer.
• Orbitaal-> Kies werk nou. Lyste van Orbitale kan gekopieer, gekoppel, gekies, gewysig, verwyder word, soos vir ander voorwerpe.
• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp kode takke.
• Vaste sel-> skakel: dit werk (weer) goed vir lyste van selle, in voorwerp (bo en onder), kristal en willekeurige modi.
• Gevind en verwyder 'n eenvoudige maar ernstige fout: wanneer verskeie vensters oop was en 'n lys van voorwerpe aktief en gekies is as die huidige voorwerp, sal Herstel (maar nie Exit) Gamgi versteek.
• Sel-> Skakel Willekeurig (RCP) werk nie: vervang deur ouer kode. Sel-> skakel het meer werk nodig.
• Samestelling weer met -O3 vlag.
• 'n Ernstige fout in alle Object-> Kies-dialoë, in die metode Streek: wanneer die steekproef reghoek nie heeltemal in die grafiese gebied was nie, sou sommige van die gekontroleerde kleure onbeperk wees en GAMGI sou ineenstort as Ok druk. Die ongelukke is lankal bespeur, maar die oorsaak was tot nou toe onduidelik.

Wat is nuut in weergawe 0.16.7:

• Gesynchroniseerde gamgi / dat en gamgi_exp / dat databome.
• Gesinkroniseerde gamgi / doc en gamgi_exp / doc dokumentasie bome.
• Gesinkroniseerde gamgi / src en gamgi_exp / src kode bome.
• Vaste meer GUI glitches in Orbital-> Verander.
• Fixed Orbital-> Verander crashes: orbital-> stippen moet word ingestel op 0.
• www.gamgi.org en ftp.gamgi.org word nou bedien vanaf 'n VM wat by die IT-sentrum aan die Lisboa Universiteit aangebied word. Hopelik beteken dit meer betroubare verbindings en minder tyd.
• Outomatiese naam verander in Orbital-> Wysig werk nou goed.
• Die outomatiese naam verander in Atom-> Wysig werk nou goed.
• Implementeer outomatiese naam verander in Atom-> Verander.
• Implementeer outomatiese naam verander in Orbital-> Verander.
• Orbital-> Wysig werk nou vir enkele orbitale. Lyste van orbitale moet in die volgende weergawe werk.
• Vertaling, Rotasie, werk nou goed vir Orbital-> Verander.
• static_apply vir Orbital-> Verander is meestal gedoen.
• Voltooi static_grab vir Orbital-> Verander.
• Bygevoeg static_ok_global en static_ok_local vir Orbital-> Verander.
• Voltooi static_press vir Orbital-> Wysig.
• Die GUI-gedrag vir Orbital-> Modify is amper voltooi.
• Werk aan Orbital-> Verander en Orbitaal-> Kies.
• Opdateer gamgi_mesa_pick.c en gamgi_mesa_grab.c om soliede voorstellings van orbitale in ag te neem.
• Vas 'n bietjie in die orbitale asse-mesa-tekeningkode.
• Laguerre polinoom het 'n faktor r ** L (L = hoekkwantumgetal) wat presies met die faktor 1 / r ** L van die Legendre funksies kanselleer, sodat die wiskundige beskrywings van die H-orbitale baie makliker word! Dankie aan Jose Luis Martins om my hieraan te wys! Vir sulke lae waarskynlikheidsdigtheid (1E-6) is die numeriese probleme so sensitief dat die orbitale visuele voorstellings 'n bietjie anders, selfs vir L = 1, na hierdie vereenvoudiging kom.

Wat is nuut in weergawe 0.16.6:

• Gesynchroniseerde gamgi / dat en gamgi_exp / dat bronkode bome.
• Gesinkroniseerde gamgi / src en gamgi_exp / src bronkode bome.
• Toegevoegde skermkiekies wat die nuwe voorstellings vir orbitale wys.
• Effens verhoogde theta, phi-akkuraatheid by die bepaling van die orbitale steekproefradius: getoets teen (6,5, -5) orbitaal (6hy5).
• Ontfoute kode om seininterpolasie in vaste orbitale uit te voer. Werk nou goed! Dit was werklik die laaste struikelblok om 'n wêreldklas-orbitale voorstelling in GAMGI te hê! Tyd vir skermkiekies! Future sal ons probeer om die aantal hoekpunte, normale en driehoeke te verminder, en ons kan Gorauld-skadu implementeer, maar niks hiervan sal die wetenskaplike en visuele vermoëns van ons huidige model verander nie. 'N Glas Port om te vier!
• Implementeer 'n metode om seininterpolasie in soliede orbitale uit te voer, om die probleem van die seinverandering onnauwkeurigheid wat vroeër gevind is, op te los.
• Skoon kode in gamgi_chem_orbital.c en gamgi_chem_orbital.h.
• 'n fout opgelos: die sirkelwaarskynlikheidsdigtheid is nie korrek uitgevoer na XML-lêers nie.
• Orbitale asse is nou makliker om te gebruik en het meer opsies.
• Die seinkode werk nou: 3D-orbitale lyk regtig fantasties, maar die seinkode moet verfyn word, aangesien die gebrek aan interpolasie te veel visuele geraas veroorsaak wanneer die sein verander.
• Bevestig die kode om positiewe en negatiewe driehoeke te ruil.
• Vaste die seininterpolasie kode in static_edge.
• Los 'n interpolasie probleem op wat verband hou met die orbitale isosurface ui-effek: krag breuk na die [0,1] reeks.
• Vaste orbitale vaste kode randoriëntasie: dit is nodig vir presiese interpolasie.
• Vaste numeriese onakkurate: net 'n fout wat die blokkies verdeel (soos in 'n 3D-skaakbord). Dit lyk nou lekker!
• Ontbloot die soliede orbitale 3D-kode, blykbaar werk goed, nog steeds met 'n paar numeriese onakkurate in die oppervlak.

Wat is nuut in weergawe 0.16.5:

• Orbitale voorwerpe kan nou uitgevoer word, ingevoer word na GAMGI inheemse XML-lêers. Vervang die rekursiewe static_outside-roetine deur 'n lus- en stapel-weergawe, waardeur 'n kritiese knelpunt in die vaste orbitaalkode verwyder word. Vaste mem lek in GTK kode, sintax foute in voorwerp seleksie volgens kleur, waarskuwings as gevolg van ongebruikte veranderlikes, ens.

Wat is nuut in weergawe 0.16.4:

• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp bron takke.
• Opgedateer make_local, om die paaie in te sluit: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / deur Ubuntu.
• 'n fout in die nuwe vaste orbitaalkode: die r-lengte toets maak sin in die bedrade voorstelling, maar nie in die vaste een nie!
• Die nuwe rekursiewe kode werk in die ergste geval vir bitraars so groot soos 160x160x160.
• Die rekursiewe kode om buitenste oppervlaktes te vind, val vir bietjie skikkings groter as 50x50x50. Op soek na 'n lus alternatief.
• Orbitale kode: golffunksie interpolasie om die driehoek-gebaseerde voorstelling te produseer, werk regtig goed.
• Die driehoek-gebaseerde 2D-soliede lewering van vlakke oppervlaktes in H-gebaseerde orbitale is nou goed getoets en werk goed! Dit is noodsaaklik om 'n octant-gebaseerde voorstelling van hierdie orbitale op te stel, waar gebruikers kan kies watter oktane om te wys.
• Nuwe spieëls bygevoeg, http://atom.ist.utl.pt en ftp://atom.ist.utl.pt, om gasheer gamgi.org te bied.
• Bygevoeg mooi struktuur en inligting lêers vir hoë-temperatuur beta-kwarts, beta-kristobaliet en beta-trydimiet.
• 'n nuwe spieël geïmplementeer: http://gamgi.ist.utl.pt/ of http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Vereenvoudigde die manier waarop H-Orbitale oktaan gekies word in die modus Wired.
• Vir elke H-orbitale oktaan het die topologiese kode geskryf om al die driehoeke te bou wat nodig is om die buitenste 3D-isosurface (tetra-kubusalgoritme) te beskryf, plus die interne 2D-oktaangrense.
• Vir elke H-orbitale oktaan het die bitarray-kode geskryf en getoets wat nodig is om die binneste isofurfaces uit te skakel en slegs die buitenste te vertoon.
• Vereenvoudigde die oktaan binêre kode in gamgi_chem_orbital.c.

Wat is nuut in weergawe 0.16.3:

• Verbeterde leesbaarheid in alle objek-> kopieer dialoë.
• Bygevoeg dokumentasie vir Orbitale-> Skep, Orbitaal-> Kopieer, Orbitaal-> Skakel en Orbitaal-> Verwyder.
• Opgradeer Help-> Huidige en Hulp-> Onderwerp om Orbital-> Skep, Orbitaal-> Kopieer, Orbitaal-> Skakel, Orbitaal-> Verwyder.
• Gesynchroniseerde gamgi en gamgi_exp bome.
• Orbital-> skakel werk nou goed (lyste van orbitale is nog nie geïmplementeer nie).
• 'n fout in alle link_object.html-lêers opgelos, wat 'n GAMGI-foutboodskap veroorsaak wanneer die sub-stelsel van die hulp probeer om een ​​van hierdie lêers oop te maak.
• Orbitaal-> Kopie werk nou goed (lyste van orbitale is nog nie geïmplementeer nie).
• Orbitaal-> Verwyder werk nou goed (lyste van orbitale is nog nie geïmplementeer nie).
• Begin met die bou van die Orbital-> Copy, Orbital-> Link en Orbital-> Verwyder.
• Die uitleg van Octants, in die Orbital-> Maak dialoog, is nou baie meer intuïtief.

Wat is nuut in weergawe 0.16.2:

• Gesynchroniseerde gamgi / (met GtkGLExt) en gamgi_exp / (met GLX) weergawes.
• Filtervolume-oktaaners werk nou goed vir H-orbitale.
• Voltooide soektog na die beste verstekwaardes vir H-gebaseerde orbitale. Standaard digtheid is 1E-6, wat nodig is om alle streke in 6s-orbitale te wys. Punte is 50000 x n, wat 'n redelike kompromie is. Standaardstraal word bereken skandeer vanaf die laaste maksimum in f2r2 radiale digtheid, plus 'n minimum van 2,0, tot die maksimum digtheid (soek op theta, phi) laer word as die standaarddigtheid.
• Verbeterde, herontwerp die Orbital-> Maak dialoog.
• H orbitale werk nou goed in Gamgi. Op soek na die beste verstekwaardes.
• Bygevoeg al die kode wat nodig is om H-orbitale te bou en te lewer.
• Geoptimaliseerde H-orbitale kode vir spoed.
• Vir alle waterstofgebaseerde orbitale vanaf n = 1 tot 6, bereken die afstande vir radiale polinomia maxima.
• Vir alle waterstofgebaseerde orbitale vanaf n = 1 tot 6, bereken die afstande vir radiale polinomia nul.
• Orbitale voorwerpe kan nou geskep word, afgeskaal (rondom die huidige sentrum), beweeg, geroteer, soos enige ander Gamgi-voorwerp.
• Voltooi die dialoog Orbital-> Skep om waterstofgebaseerde orbitale te bou.
• Skryf die grafiese enjinkode om waterstofgebaseerde orbitale in gestippelde modus te lewer.
• Die s, p, d, f, g, h, en die waterstof-gebaseerde orbitale vir n = 6 bygevoeg en getoets in kartesiese x, y, z koördinate.

Vereistes :

• GTK +