Staden pakket is 'n ten volle ontwikkel stel DNA volgorde vergadering (Gap4), redigering en analise-instrumente (Spin) vir Unix, Linux, MacOSX en MS Windows.
Op die Gap4 front is daar 'n paar klein by verwante gewees
verbeterings in hoe dit tellings mee aan Vind Interne Bundelt en die
funksie van die align knoppie in die Sluit Editor.
Ook van belang om gap4 is die verskillende veranderinge aan io_lib (die
biblioteek vir al wat ek / O verskeie spoor lêer formate). Met die toevoeging
van 'n nuwe program hash_exp dit laat nou eksperiment lêers te wees
saam saamgevoeg en geïndekseer. Die lys van eksperiment lêer name
moet stil word verskaf om gap4, maar op voorwaarde dat die EXP_PATH omgewing
veranderlike is korrek ingestel gap4 staat om individuele haal sal wees
rye uit die aaneen eksperiment lêer
argief. Verbeterings aan die gebruikerskoppelvlak vir hierdie moet nog
gemaak.
454 SFF argiewe is nou beter ondersteun. Die defsult 454 indekse
nou werk, hoewel die hash_sff program kan gebruik word om 'n voorsien
alternatiewe kruip strategie (moontlik vinniger in sommige gevalle).
Gap4 en Trev het ook 'n ander spoor vertoning styl vir spore wat
het 1 monster scan (x4 kanale) per base oproep. In hierdie geval is dit kan
ook trek 4 vertroue waardes in plaas van 1 per basis. Hierdie vermoëns
sal toelaat beter integrasie van Solexa spore toe meer geredelik
beskikbaar is.
Plus natuurlik die gewone mengsel van foutherstellings en klein tweaked. Sien die
volle verandering log vir besonderhede (via die SourceForge webwerf).
Ander noemenswaardige veranderinge
Gap4
Kommentaar nie gevind