picme

picme is 'n Python pakket wat bevat programme te skat en plot filogenetiese informativeness vir groot datastelle.
Installasie
Vir die oomblik, die maklikste manier om die program te installeer, is:
git kloon git: //github.com/faircloth-lab/picme.git / pad / na / picme
Om toetse uit te voer:
cd / pad / na / picme /
python toets / test_townsend_code.py
Gebruik
Die estimate_p_i.py kode noem 'n batch file vir hyphy wat in templates /. Hierdie lêer moet wees in dieselfde posisie relatief tot waar jy estimate_p_i.py sit. As jy soos hierbo verdunt installeer, sal jy goed wees vir die oomblik.
Hardloop:
cd / pad / na / picme /
python picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitset Output_Directory
& Nbsp; - epogge = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - tye = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
--multiprocessing is opsioneel, sonder dat dit, sal elke locus opeenvolgend hardloop.
As jy reeds die bogenoemde en gered resultate om jou uitset gids loop (sien onder), kan jy die pre-bestaande webwerf-koers rekords gebruik eerder as die skatte van die weer met:
python picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitset Output_Directory
& Nbsp; - epogge = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - tye = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
& Nbsp; - site-tariewe
Resultate
picme skryf resultate om 'n sqlite databasis in die uitset gids van jou keuse. Hierdie gids het ook webwerf koers lêers in into formaat vir elke locus deurgegaan picme_compute.py.
Jy kan toegang tot die resultate in die databasis as volg. Vir meer voorbeelde, insluitend plot, sien die dokumentasie
- Crank sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetiese-informativeness.sqlite
- Kry integrale data vir alle epogge:
& Nbsp; kies lokus, interval, pi van loci, interval waar loci.id = interval.id
- Kry integrale data vir 'n spesifieke periode:
& Nbsp; kies lokus, interval, pi van loci, interval
& Nbsp; waar interval = '95 -105 en loci.id = interval.id;
- Kry die telling van loci met Max (PI) op verskillende epogge:
& Nbsp; skep tydelike tabel max as kies id, Max (pi) as maksimum van interval groep id;
& Nbsp; skep tydelike tabel t as kies interval.id, interval, maksimum van interval, maksimum
& Nbsp; waar interval.pi = max.max;
& Nbsp; kies interval, tel (*) van t groep interval;
picme verwysing na
Wanneer die gebruik van picme asseblief noem:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: picme stel hoë deurset ontleding van filogenetiese informativeness.
- Townsend JP: Profilering filogenetiese informativeness. Sistematiese Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: hipotesetoetsing met behulp fylogenieën. Bioinformatika 2005, 21:. 676-679

Vereistes :

• Python
• hyphy2
• Numpy
• Scipy
• DendroPy