SSuMMo is 'n biblioteek van funksies ontwerp om iteratief met behulp hmmer rye te ken aan taxa & nbsp;. Resultate is hoogs geannoteerde bome wat spesies / genus verspreiding binne daardie gemeenskap.
Programme ingesluit met die bron-kode sluit gereedskap: -
- Bou 'n hiërargiese databasis van verskuilde Markov-modelle - dictify.py;
- Ken rye te erken taksonomiese name - SSUMMO.py;
- Ontleed biologiese diversiteit, met behulp van Simpson, Shannon en ander methods- rankAbundance.py;
- Visualiseer resultate as kladogramme met 'n duidelike vermoë om maklik te kruis-vergelyk datastelle - comparative_results.py
- Omskep resultate te phyloxml formaat: dict_to_phyloxml.py;
- Bou html verteenwoordiging - dict_to_html.py.
- Plot verdunmng kurwes en bereken ooreenstemmende biodiversiteit indekse
Python bronkode is hier verskaf word, op Google Code. Die voortgang hiërargiese databasis van HMMs, sowel as 'n new SQL taksonomie databasis (wat gebruik word vir die afleiding geledere van elke takson) kan afgelaai word by: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Vir installeer inligting, verwys asseblief na die README. Vir inligting oor die gebruik, daar is 'n wiki (bo), en 'n voorlopige Handleiding is bygevoeg tot die svn stam
Vereistes :.
- Python
Kommentaar nie gevind