goby

dikkop is 'n Python API vir die lees van binêre data lêers geskep met behulp van die data bestuur raamwerk dikkop next-gen.
Gewoonlik, hierdie gids kom as deel van die volledige dikkop pakket, beskikbaar vanaf:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Die volledige pakket sluit die Java bronkode. As jy hierdie pakket van PyPI of 'n ander Python-spesifieke bron afgelaai, kan jy net die Python deel van die kode ontvang het.
Ontwikkeling Waarskuwing
Die dikkop Python biblioteke is nie so volwasse as die implementering van Java. Dit kan meer karretjie wees en is nie bedoel om die volledige stel van die funksies wat in die Java-weergawe te verskaf.
Installasie:
& Nbsp; 1. Maak seker dat jy Python 2.5 of nuwer. As jy twyfel, hardloop:
python -V
& Nbsp; 2. Aflaai en die voorvereiste luislang pakkette installeer:
& Nbsp; 1. Protokol Buffers
& Nbsp; Beskikbaar vanaf http://code.google.com/p/protobuf/ of PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python plaasvervanger vir java.util.Properties
& Nbsp; Beskikbaar vanaf http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installeer die dikkop pakket:
python setup.py installeer
& Nbsp; Hierdie stap vereis super voorregte.
Gebruik:
Voorbeeld skrifte word om te demonstreer hoe die inhoud van dikkop lêers in Python om toegang te verkry.
& Nbsp; * Hier is hoe om 'n dikkop belyning lêer te scan:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py BASISNAAM
(Die lêers basename.entries en basename.header moet verlaat.)
& Nbsp; * Die volgende opdrag sal die inhoud van 'n aanpassing lêer as teks druk:
GobyAlignmentToText.py BASISNAAM
& Nbsp; * Die volgende opdrag sal 'n kompakte omskep lees lêer FASTA formaat:
GobyCompactToFasta.py file.compact-lees
& Nbsp; * Die volgende opdrag sal statistieke druk oor die inhoud van 'n kompakte lees lêer:
GobyReadsStats.py file.compact-lees

Vereistes :

• Python