MetagenomeDB

MetagenomeDB is 'n Python biblioteek ontwerp om maklik te slaan, kry en annoteer metagenomiese rye & nbsp;. MetagenomeDB optree as 'n abstraksie laag op die top van 'n MongoDB databasis. Dit bied 'n API om twee tipes voorwerpe, naamlik rye en versamelings te bou en te verander en verbind:
& Nbsp; * rye (Volgorde klas) kan lees, contigs, PCR klone, ens
& Nbsp; * versamelings (Collection klas) verteenwoordig stelle van rye; bv, lees as gevolg van die volgorde van 'n monster, contigs saamgestel uit 'n stel van lees, PCR biblioteek
Enige voorwerp kan geannoteerde gebruik van 'n woordeboek-agtige sintaksis:
# Eerste, ons invoer die biblioteek
invoer MetagenomeDB as Mdb
# Dan 'n nuwe volgorde voorwerp met twee skep ons
# (Verpligte) eiendomme, 'naam' en 'n reeks '
s = mdb.Sequence ({"naam": "My volgorde", "ry": "atgc"})
# Die voorwerp kan nou geannoteerde
Druk s ["lengte"]
s ["tipe"] = "lees"
# Eens verander, moet die voorwerp te verbind
# Die databasis vir die veranderinge te bly
s.commit ()
Voorwerpe van die tipe Volgorde of Collection gekoppel kan word aan mekaar ten einde verskeie metagenomiese datastelle verteenwoordig. Voorbeelde sluit in, maar is nie beperk tot:
& Nbsp; * versameling van lees as gevolg van 'n opeenvolging run (verhouding tussen veelvoudige volgorde voorwerpe en een Versameling)
& Nbsp; * stel contigs as gevolg van die vergadering van 'n stel van lees (verhouding tussen twee Versameling voorwerpe)
& Nbsp; * lees wat deel is van 'n contig (verhouding tussen veelvoudige volgorde voorwerpe en een Volgorde)
& Nbsp; * volgorde wat soortgelyk is aan 'n ander volgorde (verhouding tussen twee Volgorde voorwerpe)
& Nbsp; * versameling wat deel is van 'n groter versameling (verhouding tussen twee Versameling voorwerpe)
Die resultaat is 'n netwerk van rye en versameling, wat ondersoek kan word met behulp van toegewyde metodes; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Elkeen van hierdie metodes maak vir gevorderde filters gebruik van die MongoDB bevraagteken sintaksis:
# Lys al versamelings tipe 'collection_of_reads'
# Die volgorde se 'behoort aan
versamelings = s.list_collections ({"tipe": "collection_of_reads"})
# Lys al rye wat behoort ook aan hierdie versamelings
# Met 'n lengte van minstens 50 bp
vir c in versamelings:
& Nbsp; druk c.list_sequences ({"lengte": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB bied ook 'n stel van command-line tools nukleotiedvolgordes invoer, proteïen volgordes, BLAST en FASTA belyning algoritmes uitset en ACE vergadering lêers. . Ander gereedskap word verskaf aan verskeie voorwerpe te voeg of te verwyder, of om hulle te annoteer

Vereistes :

• Python