CLC Main Workbench

Hierdie 4-week ten volle funksionele demo van GLS Gekombineerde Werksbank aggregate al DNA volgorde ontleding van GLS Gene Werksbank en al proteïen volgorde ontleding van GLS Proteïen Werksbank. Alle ontledings is ten volle geïntegreer in 'n enkele, gebruikers-vriendelike, en intuïtiewe sagteware program

Wat is nuut in hierdie release:.

Verbeterings

• Opdateer die beperking ensiem lys van REBASE & nbsp;.

• Vaste 'n probleem met die bestuur van BLAST op MacOS Sierra
• Opdateer MJD skakels. & nbsp; deur die MJD berig Domain Search hulpmiddel
• Vaste 'n probleem wat in & nbsp;.. GLS Main Werksbank 7.7.2 waar ensieme alfabeties gelys ná RdeGBI vermis metilering inligting
• Verskeie klein bugfixes

Wat is nuut in weergawe 7.7.2:

Werkstromen

• Workflow uitsette kan nou ingestel word sodat subgidse om die uitgange bevat geskep.
• New plekhouers beskikbaar wanneer die definisie van die name van workflow uitgange: {gebruiker}, {gasheer}, en vir elemente van die tyd stempel van die uitset voorwerp, {jaar}, {maand}, {dag}, {uur}, {minuut}, {tweede}.
• plekhouers binne workflow uitset name wat voorheen slegs beskikbaar as syfers nou kan gespesifiseer word met behulp van geskrewe name was: {name} is 'n sinoniem vir {1} en {insette} is 'n sinonieme vir {2}
.
• 
  

  By die gebruik van die {2} plekhouer vir persoonlike benaming in workflow uitset elemente, net oopgesluit insette sal ingesluit word in die gegenereerde naam.

  
  
• 
  

  In die gegenereerde PDF wat al die geconfigureerde parameters van 'n workflow, inskrywings vir parameters gekoppel aan 'n instrument of 'n inset element nou 'n lys van die name van die bepalende elemente. Voorheen is die parameter volledige lys vir sulke elemente is leeg gelaat.

  
  
• 
  

  Waar 'n naam instrument is verander in 'n workflow, is die oorspronklike naam nou ingesluit saam met die veranderde naam wanneer die uitvoer van workflow parameters.

• 
  

  Die Geskiedenis van data-elemente geskep met behulp van 'n workflow sluit nou inligting oor die workflow wat hulle geskep het.

  
  
• Die einde van die gereedskap in die workflow "Element Voeg" spyskaart wedstryde nou aan die orde in die Werksbank gereedskap venster.
• Verbeterde workflow bekragtiging aan die gebruiker te help met die identifisering van insette wat sal geïgnoreer word as gevolg van die opset van die workflow elemente.

& nbsp;

& nbsp;

• Die Quick Launch instrument is nou gevind word onder die menu Gereedskap in plaas van die kieslys en 'n knoppie genoem Begin wat bring hierdie hulpmiddel is by die nutsbalk.

• Ontleed kan nou van stapel gestuur word op data in die resultate tafel van 'n Plaaslike Soek deur die kies van die elemente van belang is, reg te kliek met die muis en opgevolg deur die konteks kieslys wat verskyn gelys elemente.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp;. "Verwyder Vereniging (s)" opsie vir die verwydering van metadata verenigings van geselekteerde data-elemente is bygevoeg sonde die Metadata Elemente oog op 'n regs kliek konteks kieslys

• In die Metadata Vind verwante data te sien wat dit nou ook moontlik om te gebruik in Navigasie Area wanneer verskeie rye word gekeur.

  
  
• Wanneer die invoer van metadata van 'n sigblad met formules daarin, is die resultaat van die evaluering van die formule (soos vertoon in Excel) word nou eerder ingevoer as die formule self.

& nbsp;

• Alle Ncbi bediener kommunikasie is nou geïnkripteer. (Ncbi sal beweeg al die web dienste aan die HTTPS-protokol op 30 September, 2016). & Nbsp;

  
  

• Die lys van ensieme vooraf geïnstalleer in die werkbank & nbsp;. Is opgedateer van REBASE

  
  

• Die opsie "is nie in die lys" is ingestel as 'n nuwe tabel filter opsie.

  
  

• Lees groep besonderhede word nou vertoon op die element Info siening van volgorde lyste.

  
  

• GenBank invoer nou maak ook voorsiening vir lêername met uitbreiding "GBFF.

  
  

• Die "Sorteer gids" hulpmiddel gebruik nou numeriese sorteer vir lêername voorafgegaan deur 'n aantal.

• New plekhouers beskikbaar wanneer die definisie van die name van uitvoerder uitgange: & nbsp; {Gebruiker}, & nbsp; {gasheer}, en vir elemente van die tyd stempel van die uitset voorwerp, {jaar}, & nbsp; {maand}, & nbsp; {dag}, & nbsp; {uur, & nbsp; {minuut}, & nbsp; . {tweede} & nbsp;
• plekhouers binne uitvoer uitset name wat voorheen slegs beskikbaar as syfers nou kan gespesifiseer word met behulp van geskrewe name was: {insette} is 'n sinoniem vir {1}, {uitbreiding} is 'n sinoniem vir {2} en {counter} is 'n sinoniem vir {3}.

Wat is nuut in weergawe 7.7.1:

• Vaste 'n probleem wat ontstaan ​​wanneer die uitvoering van werkstromen met verskeie insette in die bondel, waar veranderinge aan pre-gedefinieerde, vaste insette gespesifiseerde tydens die bekendstelling proses is nie toegepas nie.
• Vaste 'n probleem waar die instrument Motif Soek verkeerd berig hele wedstryd akkuraathede as óf 0% of 100%.
• Vaste 'n probleem waar sortering 'n gids met die stoor daarin 'n fout kon sneller.
• Vaste 'n fout in die joernaal dialoog af wat sal lei tot 'n fout wanneer probleme wat verband hou met die onderliggende lêer of data plek ondervind.

Wat is nuut in weergawe 7.7:

Voer Metadata - basiese en maklik metadata invoer. Hierdie instrument is aanvullend tot die gereedskap wat beskikbaar is in die Metadata Table Editor.

Wat is nuut in weergawe 7.6.4:

• Vaste 'n fout wanneer die soek rye by NCB instrument sou versuim om nukleotiedvolgordes met die fout boodskap af te laai "Die volgende rye is nie korrek afgelaai.
• Vaste 'n probleem met die ontploffing by Ncbi stap van die skep Proteïen Verslag hulpmiddel.
• Vaste 'n probleem wat lei tot 'n fout tydens WCF uitvoer waar die betrokke oorspronklik ingevoer uit WCF lêers data en die waardes in die veld kwal was heelgetalle & nbsp;.
• Uitvoer van swaai-punt (desimale) getalle te WCF & nbsp; formaat was voorheen afhanklik van die spesifieke land. Dit is vasgestel dat die & nbsp; desimaal skeier. & Nbsp; nou altyd 'n punt
• Wanneer doen outomatiese vereniging van metadata, die log toon nou wat metadata rye nie verband hou met enige data.
• Vaste 'n fout wat voorkom metadata handleiding inligting te verkry vanuit die Werksbank.
• Vaste 'n fout waar doen outomatiese assosiasie met behulp van 'n metadata tafel gestoor word op 'n GLS Server sou misluk.
• outomatiese vereniging van metadata hanteer nou assosiasie wat gebaseer is op die 'n voorvoegsel van data name eerder en presiese ooreenstem met die hele naam data.
• 'n metadata tafel nie meer nodig het 'n belangrike kolom vir sy rye hand te wees wat verband hou met data-elemente.
• 'n opsie om metadata rolle voorheen sigbaar in die opset van Workflow uitgange ignoreer verwyder is.
• Vaste 'n fout gebeur wanneer 'n werkbank Data ligging is wat dui op 'n lêer op die stelsel in plaas van 'n gids. Dit sal nou verskyn as beskikbaar in die Werksbank Navigation omgewing.
• aangeskakel tooltips vir alle parameters wanneer die instel en uitvoer van werkstromen.
• Die aanmelding proses van 'n werkbank om 'n GLS bediener moet nou voltooi voor die opening van 'n GLS url sal begin.
• Fix 'n probleem op Macs waar die Werksbank nie as 'n persoonlike protokol hanteerder is erken vir GLS:. // URL's
• Besluit 'n seldsame voorkom uitsondering wat kan veroorsaak word deur die skakel redakteur vertoning met 'n dubbel kliek.

Wat is nuut in weergawe 7.6.3:

Nuwe funksies en verbeteringe

• gebind op uitgesoekte elemente is nou moontlik: dit gebruik word beperk tot geselekteerde dopgehou
.
• 'n Mens kan nou kies "EST" as databasis by die gebruik van die soek Rye op Ncbi instrument.
• Die Hiërargiese Groepering van Monsters instrument kan nou uitgevoer word as deel van werkstromen en op die bediener.
• Verbeterde geheue bestuur wanneer die hantering van groot verslag elemente.
• Tooltips op blare van filogenetiese bome nou vertoon 'n beskrywing van die verbonde volgorde.
• Nommers is nie meer aangeheg aan die name van Workflow elemente by die maak van 'n afskrif van 'n workflow met behulp van "Open Afskrif van Workflow".
• Metadata Management. Bly op hoogte van insette lêers en meta inligting in te voer vir jou monsters.

Bug fixes

• Vaste 'n seldsame voorkom kwessie waar die Werksbank 'n fout boodskap sal vertoon by die installering van 'n 3de party gelisensieer plugin.
• Vaste 'n probleem waar die kies van 'n inskrywing in 'n ontploffing resultate tafel die verkeerde belyning in die ontploffing redakteur kon uitlig as die tafel is gefiltreer of gesorteer.
• Vaste 'n probleem waar te kliek op 'n aantekening in die ontwerp Primers redakteur kan aanleiding gee tot 'n fout boodskap gee.
• Vaste 'n probleem waar annotasies dat die punte van 'n omsendbrief volgorde gestrek verkeerd in die Omsendbrief Volgorde Kyk sou geplaas word.
• Vaste 'n fout wat veroorsaak het dat die werkbank te vries as sekere rye in omsendbrief vertoning met radiale lewering van etikette is vertoon.
• Vaste uitgevoer verslae met die verkeerde skrywer in sekere situasies.
• Vaste 'n probleem waar Skep Box Plot en Rektor Component Analysis kan soms uitgevoer word met onwettige argumente, wat lei tot 'n fout boodskap.
• Die uitset van die omgekeerde Komplement Volgorde instrument kry nou die agtervoegsel -RC verbonde aan die naam van die insette in plaas van -1 voor.
• Vaste 'n fout in die Voorspel Sekondêre struktuur instrument wanneer die opsie om die verdeling funksie bereken is gekies vir 'n lang molekules (& gt; 1000 nukleotiede).
• Vaste 'n probleem waar 'n mens nie in kon vergroot na inzoomen uit volle op 'n baie groot werkstromen.
• Vaste 'n kwessie wat 'n wortel gids voorkom op Windows dryf van gebruik as 'n lêer ligging.
• Vaste 'n probleem waar die opdatering van 'n bestaande installasie op Windows sal lei tot die lêer .vmoptions word verwyder, wat die Werksbank lopie met die verstek Java opset maak.

Wat is nuut in weergawe 7.6.2:

• Bygevoeg 'n werk om 'n Java kwessie wat soms tot gevolg gehad dat die Werksbank vertoon 'n leersaam fout en wat 'n herlaai om voort te gaan werk.
• Vaste 'n probleem met die bestuur van ontploffing by Ncbi waar 'n Ncbi-gegenereerde fout oor hul CPU gebruik limiet oorskry is nie deursigtig berig en 'n gevolg van "geen treffers" is wat in plaas berig.
• 'n oplossing is van toepassing op 'n uitsondering in omstandighede te vermy wanneer die opruim van afgelaaide lêers van BLAST misluk.
• Die omgekeerde Translate instrument geïgnoreer enige genetiese kode wat in die kodon frekwensietabelle. Alle omgekeerde vertaling sou dus die standaard om die standaard genetiese kode.
• Wanneer die installering van 'n workflow met bundel data, is dit nie meer moontlik om 'n lees-alleen gids te kies vir die berging van die data.
• Vaste verkeerde vertoning van "ondersteunde formaat" wanneer die uitvoer van elemente van óf die gids Editor of die Wet op Plaaslike Soek Redakteur.
• Fix potensiële verkeerde lêer gered toe 'n lêer gevind via die Wet op Plaaslike Soek Redakteur redigering.
• Erwe binne verslae word nou getoon met hul gered sypaneel instellings.
• Vaste spaar verskillende lyn kleure in erwe deur die sypaneel.
• Side paneel opsie om legendes wys vir 'n plot met meer as 10 monsters is nou geaktiveer.
• Vaste 'n probleem wat gelei het tot 'n fout wanneer die lewering van erwe vir leë datastelle.
• Vaste 'n probleem waar die opsie "Leë asblik" was soms verkeerd nie beskikbaar nie.

Wat is nuut in weergawe 7.6.1:

• Die GTF uitvoerder is nou beskikbaar vir die Main Werksbank.
• Transcriptome eksperiment en monster tafels kan nou gesorteer, selfs met 'n groot aantal rye.
• Verbeterde Excel, HTML en tabgescheiden uitvoer van variante (Kies slegs die aantekeninge / kolomme wat jy nodig het).

• Vaste 'n fout wat die "Sny Volgorde Voor / na keuring" hulpmiddel in die Kloning redakteur.
• Vaste fout waar 'n links-kliek vinnig gevolg deur regs-kliek is geïnterpreteer as dubbel-kliek op OS X (in die volharding resultaat lys, in die toolbox boom, en in die workflow redakteur).

Wat is nuut in weergawe 7.6:

• Tracks:
  • In ooreenstemming uitset wanneer verryk variant spore en body spore met 'n ekstra tafel kolomme. Uitset van liedjies uit hierdie instrumente het nou dieselfde aantal bygevoeg tafel kolomme en die kolomme sal altyd in dieselfde volgorde. Voorheen, as 'n ekstra kolom gehad leë waardes vir alle variant rye, dit sou gewees het uit die finale tafel, wat lei tot wisselende getal en relatiewe orde van bykomende kolomme toe verskeie monsters is verwerk met dieselfde gereedskap / werkstromen. Alle kolomme nou behou, die fasilitering van stroomaf verwerking van uitgevoer tafels, en die verskaffing van onmiddellike visuele verwysing oor watter verryking / body gereedskap is toegepas, selfs al het hulle geen resultate het te produseer vir 'n spesifieke voorbeeld.
  • Tabelle vir variant spore en body spore kan nou sorteer en filter kolomme met selle met verskeie nommers.
  • Verbeterde die spoor kyker vir variant spore om die volgorde verandering op die dienste variant wys.
  • Grafiek spore wys nou negatiewe waardes ingevul opwaarts te y = 0 (soos verwag).
  • Verhoogde desimale getalle wanneer die uitvoer van tafel na CSV, tabgescheiden teks, en Excel.
  • Verbeterde verslagdoening van foute wat verband hou met 'n lae spasie op die hardeskyf.
  
  

Wat is nuut in weergawe 7.5.1:

• Dit is nou moontlik om 'n werk te hardloop sonder 'n opsionele insette.
• Die AAC instrument nie variante annoteer in 3 'UTR met hul DNA-vlak verandering met behulp van die vrachtwagens c.xxx formaat. Dit raak 'n ontleding gedoen met Dx 7.5 of vroeër gebaseer op ENSEMBL CDS liedjies uit ouer versons. Die AAC ontleding moet oorgedoen met behulp van Dx 7.5.1 vir korrekte body.
• MJD filter fout vasgestel. Voorheen, MJD net berig die eerste domein van elke tipe in 'n soektog en as gevolg vele gebiede is gemis. Ons beveel aan dat gebruikers wie se navorsing is afhanklik van MJD notas weer uit te voer die instrument op hul data.
• Vaste 'n fout in die "maksimum waarskynlikheid Filogenie 'n instrument wat misluk wanneer genereer bootstrap waardes vir sekere insette roetes.
• Vaste probleem met blaai om die betrokke lêers by die kies van voorwerpe as parameters in hulpmiddel towenaars.
• Die ontploffing teks resultate is verbeter, sodat hulle die korrekte navraag en onderhewig posisies wys ongeag Strand.
• Vaste 'n probleem wat BLAST bedrywighede voorkom wanneer die keuse van hierdie hardloop op die GLS Server.
• Dit is nou moontlik om 'n werk te hardloop sonder 'n opsionele insette.