PathVisio

PathVisio is 'n oop bron en heeltemal gratis grafiese aansoek geïmplementeer in die Java-programmeertaal en ontwerp van die grond af te gebruik word vir die vertoon, te ontleed en redigering biologiese bane onder 'n GNU / Linux bedryfstelsel system.Can gebruik word roetes te trek , skakel biologiese entitiesThe sagteware laat gebruikers paaie te trek, biologiese entiteite (proteïene of gene) skakel na biologiese data, die gebruik van die databasis identifiseerders, wysig paaie, sowel as paaie te analiseer. Met PathVisio sal jy ook in staat wees om eksperimentele data, soos microarray data te karteer en visualiseer dit op die top van die bestaande pad tekening.
Daarbenewens, sal jy in staat wees om 'n geen databasis te kies, kies 'n metaboliese databasis, sien statistieke, invoer uitdrukking data, kies uitdrukking dataset, soek paaie, oog legende, manipuleer voorwerpe, invoer projekte, sowel as om te installeer en te bestuur plugins, wat kan bykomende funksionaliteit voeg tot die app.Requires geen installationThe aansoek kan gebruik word sonder die installering van dit op jou GNU / Linux-bedryfstelsel. Al wat jy hoef te doen, is om die binêre pakket te laai van Softoware, behalwe die argief op 'n plek van jou keuse, pak dit met behulp van 'n argief bestuurder nut, maak die onttrek gids, en dubbel kliek op die pathvisio.jar file.Under die hoodWhile neem 'n vinnige blik onder die kap van die PathVisio sagteware, ons & rsquo; vyf opgemerk dat die aansoek is volledig geskryf in die Java-programmeertaal, en dat die grafiese gebruikerskoppelvlak is ontwerp om met die nuutste Java Swing tegnologie. Ons & rsquo; ve die aansoek op rekenaars ondersteun een van die 32 of 64-bit CPU architectures.Runs op enige OS waar Java supportedBeing geskryf in die Java-programmeertaal suksesvol getoets, kan PathVisio verklaar word om 'n platform-onafhanklike aansoek wat ondersteun GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, en enige ander bedryfstelsel waar die nuutste Java tegnologie word ondersteun

Wat is nuut in hierdie release:.

• 31 Januarie 2014: Bug fix release
• GeneOntology terme is nou verwyder uit Soekresultate vir notas
• DataNodes moet geannoteerde met ID en DATABRON of niks (spaar data nodes met slegs ID of gegee bron is nie meer toegelaat)

Wat is nuut in die weergawe 3.1.2:

• Groot fout in lêer invoer module vaste: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Wat is nuut in die weergawe 2.0.11:

• Outostoor
• Klik op die gebruik van wiel
• Die keuse van lyne is makliker nie meer nodig om te klik op die presiese pixel
• Nou met twee metodes vir die oor-verteenwoordiging analise; een weg-georiënteerde en een data-georiënteerde

Wat is nuut in die weergawe 2.0.10:

• Nuwe manier van teken afgerond reghoeke te vermy strek effek
• Verskeie klein bugfixes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.9:

• New connector tipe vir connector arbitrêre lengte en arbitrêre hoeke
• New & quot; sellulêre komponent & quot; eiendom vir die berging van die biologiese betekenis van 'n kompartement
• New & quot; dubbel & quot; lyn tipe (veral nuttig vir dubbel-membraned organelle)
• Klikbare skakels in die weë
• sien mylpaal: & quot; milestone_27 & quot; vir 'n volledige lys van fout-fixes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.8:

• Verbeterde vorms vir sellulêre komponente
• 'n Paar bruikbaarheid verbeterings soos as kopie / plak in die pop-up menu
• sien mylpaal: & quot; milestone_26 & quot; vir 'n volledige lys van fout-fixes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.7:

• Toolbar ikone en nuwe sypaneel te maak dit makliker pyl tipes en vorms te kies (dankie liubing)
• Pathway databasisse ingesluit as databron, sodat jy links van die een baan kan byvoeg by 'n ander
• BioPAX converter is verbeter en produseer meer geldig BioPAX dokumente.
• nuwe connector tipe waar individuele punte gemanipuleer kan word (dankie leonth)
• Nommer van data bronne is verhoog tot meer as 180
• sien mylpaal: & quot; milestone_25 & quot; vir 'n volledige lys van fout-fixes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.6:

• Die aantal ankers op 'n vorm kan verhoog word van die standaard 12.
• 'n legende van die data visualisering kan nou op die pad beeld self getoon word. Voorheen was dit net in 'n kant paneel sigbaar.
• sien mylpaal: & quot; milestone_24 & quot; vir 'n volledige lys van fout-fixes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.4:

• verbeter teks formatering van vorms, etikette en datanodes
• vele meer vorms vir datanodes
• eenvoudige pixel koördinate
• stel agtergrond op datanodes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.3:

• Die belangrikste in hierdie weergawe is die nuwe XML Schema vir die GPML pad formaat (weergawe 2010a). Hierdie nuwe pad formaat in staat sal stel baie nuwe grafiese vermoëns van die toekoms, jy kan uitsien na 'n paar van dié wat in die volgende uitgawe.
• Ander nuwe kenmerke:
• Invisible ankers werklik onsigbare, ten minste wanneer iets is gekoppel aan hulle (Dankie aan Margot)
• Ekstra v command line opsie (met dank aan Mark)
• Tans gekies databasis behoorlik vertoon in die status bar weer
• Baie nuwe uitbreiding punte vir plugin ontwikkelaars
• sien mylpaal: & quot; milestone_21 & quot; vir 'n volledige lys van fout-fixes

Wat is nuut in die weergawe 2.0.1:

• Verbeterde algoritme vir outomatiese verbindings wat verwys na 'n anker .
• Verbeterde tekening van pyl tipes wat 'n kort & quot; gaping & quot; aan die einde.
• Omdat die Thawte free diens gekanselleer is, het ons by ons Security Sertifikaat
• Die Pathway Geskiedenis kyker het 'n fout waar elke lyn was van mening verander, selfs al was dit nie. Dit is vasgestel.

Vereistes :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment