E-Cell System

E-Cell System is 'n konsep van die bou van virtuele selle op rekenaars.
E-Cell System is 'n objekgeoriënteerde sagteware suite vir modellering, simulasie en ontleding van groot skaal komplekse stelsels soos biologiese selle, ontwerp is deur Kouichi Takahashi en geskryf deur 'n wonderlike span van die ontwikkelaars. Core deel van die stelsel, E-Cell Simulasie Omgewing weergawe 3, kan baie komponente gedryf deur verskeie algoritmes met verskillende tydskale te lewe.
E-Cell-projek is 'n internasionale navorsingsprojek met die oog op die ontwikkeling van die nodige teoretiese ondersteun, tegnologie en sagteware platforms om presies hele sel simulasie toelaat.
E-Cell stelsel bestaan ​​uit die volgende drie groot dele:
- E-Cell Simulasie Omgewing (of E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Omgewing (of E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Eienskappe :

• Basiese vermoëns:
• Objekgeoriënteerde modellering en simulasie van komplekse stelsels.
• Plug-in argitektuur. Nuwe gebruiker-voorwerp klasse ontwikkel kan word, dinamiese gelaai, en gebruik word in simulasie.
• Real-time interaksie van die gebruiker en visualisering tydens die simulasie.


• Scripting:
• Python script van 'n simulasie sessie (run / stop / parameter manipulasie / data verwerking ens ...).
• Python script van 'n simulasie-eksperiment dat baie lopies van die simulasie sessies behels (soos parameter tuning, metaboliese kontrole-analise ens ..)
• Python script model lêer generasie (bv vir outomatiese model konstruksie van databasisse).


• Compatiebele:
• SBML vlak 1/2 invoer.
• SBML vlak 1/2 uitvoer.


• Parallel berekening:
• Gedeelde geheue, multi-draad parallelliseren van 'n enkele simulasie sessie. (Om saamgevoeg word in die hooftak.)
• Cluster en rooster versprei berekening van verskeie simulasie sessies. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Wat is nuut in hierdie release:.

• Hierdie weergawe voeg verskeie bugfixes

Wat is nuut in die weergawe 3.1.107 RC2:

• Vaste 'n fout in ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Vaste 'n fout in ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Wat is nuut in die weergawe 3.1.107 RC1:

• Vaste samestelling probleem op nuwer GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• Geïntegreerde pyecs in pyecell. (Moriyoshi)
• Saamgevoegde ecell.emc in ecell.ecs statiese initializer vreemd in sommige platform (insluitend Mac OS X) te vermy. (Moriyoshi)
• Twee GUI front ends (sessie-monitor en model-redakteur) is hernu te wees twee pakkette van python modules, ecell.ui.osogo en ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• geskuif GtkSessionMonitor om ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor wat woonagtig in ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Herdoop ecell.SessionManager om ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• verwyder die volgende konstantes van ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)