PANAMA

Panama is 'n roman kans model rekening vir confounding faktore in eQTL studies, geskryf in Python.
Verborge confounding faktore soos ongemerk covariates of onbekende subtiele omgewing versteurings kan onwaar onwaar verenigings skep of masker real genetiese assosiasie seine. In teenstelling met die vorige metodes, PANAMA leer verborge faktore gesamentlik met die effek van prominente genetiese reguleerders. As 'n resultaat, hierdie nuwe model kan meer akkuraat te onderskei ware genetiese assosiasie seine van confounding variasie.
N. Fusi, O. Stegle en ND Lawrence, "Joint modellering van confounding faktore en prominente genetiese reguleerders bied verhoogde akkuraatheid in genetiese genomika studies", PLoS Computational Biologie, 2012
Meer inligting by http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html

Requirements:

• Python