Gabedit

Gabedit is 'n grafiese gebruikerskoppelvlak Gaussiese, Molcas, Molpro en MPQC berekeningschemie pakkette.
 
 Gabedit sluit grafiese fasiliteite vir die opwekking van dokumente en opsies, molekule spesifikasies, en daar insette afdelings vir selfs die mees gevorderde tipes berekening Gabedit sluit 'n gevorderde Molekuul Builder.
 
 Jy kan dit gebruik om vinnig te skets in molekules en ondersoek hulle in drie dimensies. Jy kan molekules deur atoom, ring, groep, aminosuur en nucleoside bou. Jy kan ook lees meetkunde van 'n lêer. Die meeste groot molekulêre lêer formate word ondersteun.
 
 Gabedit sluit 'n Gaussiese, Molcas, Molpro en MPQC venster Berekening Setup wat jou toelaat om die opstel van Gauss, Molcas, Molpro en MPQC werk in 'n eenvoudige en eenvoudige manier.
 
 Gabedit sluit 'n teks editor vir die wysiging van Molcas, Molpro, Gauss en MPQC invoer lêers.
 
 Gabedit kan grafies vertoon 'n verskeidenheid van Gauss, Molcas, Molpro, MPQC en (gedeeltelik) ADF berekening resultate, insluitend die volgende:
 
 ย ท Molekulêre orbitale.
 ย ท oppervlaktes van die elektrondigtheid, elektrostatiese potensiaal, NMR afskerming digtheid, en ander eienskappe.
 ย ท oppervlaktes vertoon word in die vaste, deurskynend en gaas modes.
 ย ท Oppervlaktes kan gekleur word deur 'n aparte eiendom.
 ย ท Kontoere (colorcoded).
 ย ท Planes (colorcoded).
 ย ท Dipole
 ย ท XYZ asse en die skoolhoof asse van die molekule.
 ย ท Animasie van die normale modusse wat ooreenstem met vibrasie frekwensies.
 ย ท Animasie van die rotasie van meetkunde, oppervlak, dipool, xyz en die skoolhoof asse van die molekule.
 ย ท Animasie van kontoere.
 ย ท Animasie van colorcoded vliegtuie.
 
 Gabedit kan vertoon IR en Raman bereken spektra. Gabedit kan 'n povray lêer vir meetkunde (atome + effekte, insluitend band waterstof's), oppervlaktes (insluitend colorcoded oppervlaktes), kontoere, colorcoded vliegtuie te genereer.
 
 Gabedit kan prent red in PPM, BMP, (JPEG) en PS formaat. Gabedit kan genereer outomaties 'n reeks van foto's vir animasie (vibrasie, meetkunde konvergensie, rotasie, kontoere, colorcoded vliegtuie)

Wat is nuut in hierdie release:

• het klein foute is vasgestel.
• NWChem is nou ondersteun.
• Die inheemse Windows speletjies is nou ondersteun.

Wat is nuut in weergawe 2.3.5:.

• Klein foute is vasgestel
• Atome kan tydens 'n molekulêre dinamika simulasie bepaal moet word.
• Migrasie van Kaïro tot OpenGL vir die tekens van die meetkunde venster.
• Migrasie van gtkglarea om GtkGLExt.
• Parallellisatieprojecten behulp OpenMP.

Wat is nuut in weergawe 2.3.0:.

• Klein foute is vasgestel
• Die gebruiker kan die orbitale, meetkunde en normale modes lees van 'n fchk Gaussiese lêer.
• 'n Mens kan die orbitale van die nuwe mopac aux lêer formaat (insluitend die saamgeperste formaat) te lees.
• Verskeie nuwe opsies in XYPlot en ContoursPlot vensters (insetsel teks, lyn, pyl, beelde, nuwe temas ...).
• Die band lengtes kan word tydens 'n MD simulasie vasgestel.
• Gedeeltelike optimization is nou moontlik met die MM potensiaal.
• Implementering van 'n instrument om die massas en verspreidings van die isotope vir 'n gegewe molekuul voorspel. Implementering van 'n instrument om die elektrofiele, nukleofiele en radikale susceptibilities bereken vir 'n molekule.

Wat is nuut in weergawe 2.2.0:

• Klein foute is vasgestel
• Alle geometriese veranderinge ongedaan gemaak kan word en oorgedoen met behulp van die herstel en herstel herroep (u / U of Ctrl z / Ctrl y)
• Die gebruiker het volle beheer oor die effekte vertoon in 'n tekening.
• Die tekening van die molekule atoom vir atoom is vereenvoudig.
• Die tekening van die molekule fragment deur fragment is vereenvoudig.
• Gabedit lees connectivities van gabedit, hin, PDB, mol2 en mol lêers.
• Die gebruiker kan die waarde van die afstand, verband hoek en tweevlakshoek stel.
• 'n molekulêre dinamika konformasie search geïmplementeer met behulp van 'n MM potensiaal (Amber 99).
• 'n molekulêre dinamika konformasie search geïmplementeer met behulp van 'n semi-Empiriese metode (van Open Mopac of PCGamess).
• Migrasie van gdk tekening funksies na Kaïro. Cross-toestel Rendering vir Vector Graphics
• Cairo word nou gebruik vir die XYplot gabedit widget (gebruik deur gabedit vir trekking spektrums).
• Cairo word nou gebruik vir die meetkunde teken venster.
• Meetkunde uitgevoer kan word in EPS, ps, pdf of svg lêer.
• Die kurwes van XYplot venster kan uitgevoer word in EPS, ps, pdf of svg lêer.
• New hulpmiddel vir bereken afstand tussen 2 punte op XYPlot venster. & Quot; Control + shift knoppie & quot; kan gebruik word vir 'n doen zoom op XYPlot venster.
• Die nuwe weergawe van PCGamess (vuurvliegie) is nou ondersteun

Wat is nuut in die weergawe 2.1.13:

• Minor foute was fixe
• 'n molekulêre dinamika konformasie search geïmplementeer met behulp van 'n MM potensiaal (Amber 99).
• 'n molekulêre dinamika konformasie search geïmplementeer met behulp van 'n semi-Empiriese potensiaal (met behulp van MOPAC of PCGAMESS).
• 'n Mens kan die meetkunde optimaliseer interaktief met behulp MOPAC of PCGamess semi-empiriese metode van die trekking Meetkunde venster
• Migrasie van gdk tekening funksies na Kaïro: Cross-toestel Rendering vir Vector Graphics. Kaïro word nou gebruik vir die XYplot gabedit widget (gebruik deur gabedit vir trekking spektrums). Kaïro word nou gebruik vir die meetkunde teken venster.
• Meetkunde uitgevoer kan word in EPS, ps, pdf of svg lêer. Die kurwes van XYplot venster kan uitgevoer word in EPS, ps, pdf of svg lêer.
• New hulpmiddel vir bereken afstand tussen 2 punte op XYPlot venster. & Quot; Control + links knoppie & quot; kan gebruik word vir 'n doen zoom op XYPlot venster.
• Die nuwe weergawe van PC GAMESS / Firefly is nou ondersteun

Vereistes :

• gtk +