FlexS

FlexS voorspel die bouvorm en oriëntering van een van die ligande relatief tot die ander een. In FlexS die verwysing-ligand is veronderstel om stewig, dus moet dit in 'n bouvorm wat soortgelyk is aan die gebonde staat gegee word. Die superposisie algoritme in FlexS vereis slegs bietjie handleiding intervensie. Jy kan hierdie kennis in die berekeninge te integreer met FlexS deur die uitvoering van enkele stappe die hand. So, is FlexS ontwerp vir interaktiewe werk ligand pare sowel as vir ligand-gebaseerde virtuele screening. Die twee belangrikste toepassings van FlexS is ligand super posisionering (bv. Vir CoMFA / QSAR) en virtuele screening. As jy 'n proteïen en 'n klein molekuul binding aan dit (die sogenaamde verwysing-ligand), maar geen struktuur van die proteïen, kan jy die verwysing struktuur neem as 'n negatiewe vingerafdruk van die aktiewe site. FlexS bepaal die ooreenkoms tussen die toets en die verwysing struktuur deur die aanpassing van hulle. In virtuele sifting, jy het 'n verwysing-ligand en 'n stel van verbindings en jy belangstel in prioritiseer die verbindings vir eksperimentele toetsing.