Expression2Kinases

Genoom-wye mRNA profilering bied 'n oorsig van die globale toestand van selle onder verskillende omstandighede. Maar, mRNA vlakke nie direkte begrip van stroomop regulerende meganismes. Expression2Kinases (X2K) is 'n nuwe benadering tot stroomop reguleerders waarskynlik verantwoordelik vir waargenome veranderinge in genoom-wye uitdrukking van gene te identifiseer. Deur die integrasie chip-ev / chip en posisie gewig-matrikse (PWMs) data, proteïen-proteïen interaksies, en kinase-substraat fosforilering reaksies X2K gebruik kan word om regulerende meganismes identifiseer stroomop van genoom-wye verskille in die uitdrukking van gene. Die idee is om die eerste keer die mees waarskynlike transkripsie faktore wat die verskille in die uitdrukking van gene reguleer aflei, gebruik dan proteïen-proteïen interaksies om die geïdentifiseerde transkripsie faktore met behulp van bykomende proteïene aan te sluit vir die bou van transkripsionele regulering subnetworks gesentreer op hierdie faktore, en uiteindelik gebruik kinase-substraat proteïnefosforylering reaksies, te identifiseer en te rang kandidaat proteïen-kinases wat waarskynlik reguleer die vorming van die geïdentifiseerde transkripsionele komplekse. X2K bevat ook gereedskap om gene lys verryking ontledings te doen en middels wat kan omkeer of vererger veranderinge in die uitdrukking van gene te voorspel. . Die X2K benadering kan ons begrip van sel sein bevorder en ontrafel dwelms meganismes van aksie

Vereistes :

Java Runtime Environment 6.0