DendroPy

Dit bied klasse en funksies vir die werk met filogenetiese data soos bome en karakter matrikse.
Dit ondersteun ook die lees en skryf van die data in 'n verskeidenheid van standaard filogenetiese data formate, soos NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA, ens ..
Daarbenewens is vir die uitvoering van skripte paar nuttige filogenetiese berekeninge versprei as deel van die biblioteek, soos SumTrees, wat die ondersteuning vir split of clades gegee deur 'n posterior monster van filogenetiese bome opsom.
Daar word uitgebrei dokumentasie en handleiding lêers in die aflaai pakket

Wat is nuut in hierdie release:.

• New infrastruktuur vir metadata annotasies. AnnotationSet en Annotation
• Volledige ondersteuning van NeXML 0,9 metadata parsing en skryf.
• get_from_url () en read_from_url () metodes nou toelaat om te lees van die filogenetiese data van URL's.
• Added GBIF interoperabiliteit module (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Wat is nuut in die weergawe 3.12.2:

• New infrastruktuur vir metadata annotasies: AnnotationSet en annotering.
• Volledige ondersteuning van NeXML 0,9 metadata parsing en skryf.
• get_from_url () en read_from_url () metodes nou toelaat om te lees van die filogenetiese data van URL's.
• Added GBIF interoperabiliteit module (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Wat is nuut in die weergawe 3.11.0:

• New aansoek script vir aaneenskakellling van die tak etikette van regoor verskeie insette bome. sumlabels.py
• New interoperabiliteit klas dendropy.interop.seqgen.SeqGen. wrapper vir ev-Gen geïntegreer in die biblioteek
• New interoperabiliteit funksie dendropy.interop.muscle.muscle_align (). wrapper vir MUSCLE belyning
• New interoperabiliteit klas dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. wrapper vir RAxML
• metode prune_taxa () bygevoeg CharacterMatrix.
• Wiskunde modules verskuif na hul eie subpackage. dendropy.mathlib
• New module vir matrix en vektor berekeninge. dendropy.mathlib.linearalg
• New module vir die berekening statistiese afstand. dendropy.mathlib.distance
• Familie van Mahalanobis berekening afstand funksies in dendropy.mathlib.distance. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Wat is nuut in die weergawe 3.9.0:

• Nuwe funksies:
• Filogenetiese onafhanklike kontraste (PIC) ontleding kan nou uitgevoer word met behulp van die klas dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Vereenvoudigde vervat vergroeide (gene boom in spesies boom) simulasie.
• Wysigings:
• (), write_to_path (), write_to_file, ens metodes is tweaked Sleutelwoord argumente as_string meer konsekwent vir NEXUS en Newick formate word. Vorige sleutelwoorde steeds ondersteun, maar sal afgekeur. Die nuwe stel navraag argumente ondersteun kan gesien word in die: ref: NEXUS en Newick skryf aanpassing & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; afdeling.
• NEXUS en Newick Formaten nou standaard te takson etikette-onsensitief saak te stel; spesifiseer case_insensitive_taxon_labels = False vir geval-sensitiwiteit.
• Bug fixes:
• Lees Interleaved karakter matrikse nie meer resultate in die volgende blok om oorgeslaan (NEXUS).
• Vasgevang OverflowError berekening opsommingstatistiek.

Wat is nuut in die weergawe 3.8.0:

• Tree voorwerpe kan nou rerooted by middelpunt (sien Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Annotations (dws, eienskappe van die boom, Node of Edge voorwerpe wat quot gehad &; Annoteer () & quot; 'n beroep op hulle) kan nou geskryf word as metadata kommentaar (& quot; [& veld = waarde] & quot;) wanneer die skryf van NEXUS / NEWICK formaat as die navraag argument annotations_as_comments gebruik word.
• Wanneer lees in NEXUS / NEWICK formaat bome, spesifiseer extract_comment_metadata = True sal lei tot metadata kommentaar getrek in woordeboek, met sleutels om veldname en waardes om die gebied waardes.
• Wanneer lees formaat data NEXUS, stelle blokke sal verwerk en karakter sets ontleed in die betrokke CharacterDataMatrix.
• karakter sets (soos, byvoorbeeld, ontleed uit NEXUS SETS blokke: sien hierbo) uitgevoer kan word as nuwe CharacterDataMatrix voorwerpe, en gered word / gemanipuleer / ens. independentally.
• Wanneer skryf in NEXUS of NEWICK formate, kan die write_item_comments navraag argument (waar of vals) beheer of uitgebrei kommentaar wat verband hou met nodes op die bome nie sal geskryf word of nie.
• TopologyCounter klas bygevoeg dendropy.treesum:. maak voorsiening vir die dop van topologie frekwensies
• treesplits.tree_from_splits () toelaat konstruering van (topologie net) bome uit 'n stel van split.
• Die meeste funksies wat gebruik word om 'dendropy.treemanip' wees is nou migreer as moedertaal metodes van die dendropy.Tree klas. 'Dendropy.treemanip' sal afgekeur.
• Bome kan nou gesnoei gebaseer op 'n lys van taksa etikette te verwyder of te hou (voorheen, sou die metodes net aanvaar lyste van Taxon voorwerpe).

Wat is nuut in die weergawe 3.7.1:

• Nuwe funksies:
• Die implementering van die "Algemene Monsterneming benadering '(Hartman et al 2010:... Monsterneming Bome van Evolusionêre Models; SYST Biol 49, 465-476). metode van bome uit die geboorte dood model simuleer
• Wysigings:
• korrek / konsekwent name vir 'n paar waarskynlikheid funksies.
• Bug fixes:
• Bug in bevestig oorskryf van uitvoer lêer by die gebruik van SumTrees '-e' / '- split-kante. opsie
• Antieke en bont semi-versteende verwysing na "taxa_block 'reggemaak' taxon_set.

Wat is nuut in die weergawe 3.7.0:.

• migreer na BSD-styl lisensie

Wat is nuut in die weergawe 3.6.1:

• SumTrees werk nou (in serial af) onder ouer Python weergawes (dws & # x3c; 2,6).
• Oplossing vir verenigbaarheid met Python 2.4.x.

Wat is nuut in die weergawe 3.5.0:

• metode Bygevoeg ladderize (), om nodes bestel in stygende (verstek) of dalend (ladderize (regs = True)) orde.
• Added & quot; dier-summary-boom & quot; skema spesifikasie BEAST geannoteerde konsensus bome verwerk.
• Bygevoeg nuwe module vir die interaksie met Ncbi databasisse. dendropy.interop.ncbi

Wat is nuut in die weergawe 3.4:..

• Gebundelde ez_setup.py opgedateer na die nuutste weergawe

Vereistes :

• Python 2,4-3,0