QuasiRecomb

QuasiRecomb is 'n liggewig aansoek wat loop in die opdrag console, simuleer 'n Markov model vir die opwekking van virale Quasispecies. Dit beskryf die geslag van die virale quasispecies en 'n metode om sy parameters te lei deur die ontleding van die volgende generasie volgorde data. Die model is bekragtig op gesimuleerde data, wat die voordeel van uitdruklik die neem van die rekombinasie proses in ag, en getoets deur die toepassing van te lui verkry vanaf eksperimentele MIV monsters. Dit bied 'n uitvoering van die EM-algoritme maksimum a posteriori skattings van die model parameters en 'n metode om die verspreiding van virale stamme in die quasispecies te skat te vind

Vereistes :.

Java