Cell Elektro Simulasie Omgewing (CESE) is 'n omvattende raamwerk wat spesifiek ontwerp is om computational elektrofisiologiese simulasies uit te voer, byvoorbeeld, simulasies van kardiale miosiet elektriese aktiwiteit.
Cell Elektro Simulasie Omgewing is nuttig vir simulasies van aksiepotensiale, individuele ioniese strome, en veranderinge in ioniese konsentrasie.
CESE is 'n kruis-platform program, dit loop op 'n stelsel wat Java Runtime Environment (JRE) weergawe 1.4 of hoër het. Dit is getoets op Windows, Linux, Solaris, MacOS X en AIX.
CESE gebruikers
CESE is 'n geïntegreerde omgewing vir die uitvoering van computational simulasies met behulp van 'n verskeidenheid van elektrofisiologiese modelle.
Op hierdie stadium kan CESE skepping en uitvoering van die enkel-sel modelle (wat beide Hodgkin-Huxley (HH) en Markoviaanse huidige formulerings). Modelle van elektriese aktiwiteit van die hart miosiete met bronkode is ingesluit in die CESE verspreiding. Ons hoop om die getal beskikbare modelle uit te brei, en voeg sekere neuronale modelle in die toekoms.
Die belangrikste krag van CESE is in sy eenvormigheid & # 65533; 'n program koppelvlak bly dieselfde vir verskillende tipes modelle. Jy kan maklik wissel tussen modelle en vergelyk simulasie uitsette. Model parameters kan verander, wat gekies is vir die produksie en / of vasgeklem in dieselfde standaard manier.
CESE strek die konvensionele elektrofisiologiese betekenis van die "spanning klem". Jy kan klamp feitlik enige model veranderlike, insluitend spanning (membraan potensiaal), totale of individuele ioniese strome, ioniese konsentrasie, temperatuur, gating veranderlikes, ens Die klem opdragte kan komplekse stuksgewyse funksies, individueel vir die model veranderlike van belang is . Dit maak eindelose moontlikhede vir die verkenning van komplekse model gedrag.
CESE bied eenvoudige, maar doeltreffende data visualisaties. Simulasie resultate aangebied kan word in die grafiese en getabuleer vorms. Erwe kan aangepas word, en die streke van belang vergrote.
Selfs al CESE nie ontwerp is om 'n data-analise hulpmiddel, kan jy stroom-spanning verhoudings (I-Vs) te genereer en te bereken statistiese parameters vir 'n gegewe sein binne die program. Jy kan jou data uitvoer na ASCII, Akson teks lêer (ATF), en vetCDF formate om voort te gaan ontleding in jou gunsteling-pakket.
CESE ontwikkelaars
CESE geskep van die grond af te neem die beste praktyke programmering beskikbaar Java-ontwikkelaars, beide in terme van die gebruiker koppelvlak konsekwentheid en kode duidelikheid en hergebruik. Waar moontlik, CESE staatmaak op beskikbare Java API (byvoorbeeld Java2D, Java Beans, JAXP) om die kode te vereenvoudig.
Model skepping vereis 'n aantal van die huis van bewaring funksies gekodeer & # 65533; Dit sluit ODE integrators, roetines vir die hantering model parameters, spaar / herstel model staat, visualisering simulasie resultate, ens CESE bied jou met die implementering van hierdie roetines, dus, kan jy konsentreer op die skryf van die kode vir beton ioniese huidige (s), en CESE sal die res hanteer.
CESE is nie probeer om ingewikkelde ontwikkeling raamwerke op sy eie & # 65533 skep; Inteendeel, dit maak gebruik van kern Java API. Byvoorbeeld, modelle Java komponente wat voldoen aan die Java Beans spesifikasie. Ons gebruik XML om vasklem opdragte spesifiseer en Java voorwerp serialisasie te red / herstel model parameters.
Wat is nuut in hierdie release:
Kommentaar nie gevind