ZOOM Lite is 'n volgende generasie volgorde data kartering en visualisering sagteware. Gebruikers insette verwysing genome en Illumina / Solexa kort lees lêers of AB soliede kleur ruimte lees lêers in verskillende formate, soos * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta ens ZOOM uitgange die kartering resultate van hierdie kort lees oor die verwysing ry. ZOOM Lite het 'n vinnige en akkurate kartering kern gebaseer op 'n nuwe ontwerp verskeie gespasieer sade teorie. Beide enkel-end en gepaar-end lees van verskillende lengtes van 15bp om 240bp hanteer kan word. Enige aantal inco en een invoeging / weglating van verskeie lengtes tussen die lees en sy teiken streek op die verwysing volgorde word toegelaat nie. Uniek gekarteer resultate of die beste (top N) resultate vir elke lees sal gerapporteer word volgens die minimale inco en indel lengte. Kwaliteit tellings word gebruik om die akkuraatheid kartering verbeter. Gebaseer op die kartering kern, ZOOM Lite gebruikers toelaat om plaaslike lees data en verwysing volgorde data te laai, kies behoorlike parameters, proses hoë volume data in parallel onder tot vier CPUs, monitor die bestuur take, slaan die kartering resultate, sien die grafieke van kartering resultate en uitset kartering resultate in óf * .BED of * .GFF lêer formate vir verdere opmeting met die leser track inligting UCSC. Kartering resultate kan gesien word in enige verlangde skaal, van die lees diepte grafiek oor 'n hele chromosome tot gedetailleerde volgorde roetes tussen lees en die verwysing ry. Gebruikers maklik na die streke van belang bloot via kliek en sleep of te blaai. ZOOM Lite is 'n afgeleide van die ZOOM Studio sagteware
Wat is nuut in hierdie release:.
Version 1,5 sluit SAM uitvoer formaat, argitektuur pas, 'n beter kode optimalisering, kleiner program binêre grootte, en opgegradeer dabase engining vir beter prestasie.
Kommentaar nie gevind