relax

ontspan is 'n oop bron en vrylik versprei sagteware projek wat ontwerp is vir die bestudering molekulêre dinamika deur die ontleding van eksperimentele KMR data, ondersteun organiese molekules, RNA, proteïene, suikers, DNA, en baie ander biomolekules.

ontspan ondersteun verskeie KMR teorieë, implemente verskeie data-analise gereedskap soos modulêre komponente, en dit versoenbaar is met ander programme, soos Dasha en Modelfree. Verder, dit word ondersteun deur 'n wye verskeidenheid van KMR teorieë, inkorporeer verskeie data-analise gereedskap, kan gebruikers data te visualiseer, asook om met ander programme.

Ten spyte van die feit dat die aansoek kom met beide 'n CLI (Command-line interface) en GUI (Graphical User Interface) front-end, 'n paar derde party grafiese gebruikerskoppelvlakke (GUI) bestaan ​​vir ontspan.

Onder die ondersteuning tipes ontledings, ontspan kan hanteer ontspanning verspreiding, konsekwentheid toets van verskeie veld KMR (Kern Magnetiese Resonansie) ontspanning data, N-staat model en raam einde, model-vrye ontleding, R1 en R2, Noag, RSDM (verlaagde Spectral Digtheid Mapping), asook stereochemie ondersoeke.

Met die oog op die data-analise proses te outomatiseer, is dit moontlik om baie komplekse skrifte te skep deur gebruik te maak van boustene. Vir hierdie, die ontwikkelaars bied verskillende monster skrifte wat jou sal help om die script konstruksie te verstaan ​​en om makliker maak jou eie.

Op soek onder die enjinkap, kan ons sien dat die program ten volle is geskryf in die Python-programmeertaal en gebruik die kruis-platform Qt GUI Toolkit vir sy grafiese gebruikerskoppelvlak, wat beteken dat dit loop op Linux, Microsoft Windows en Mac OS X bedryfstelsels.

Die aansoek is beskikbaar vir aflaai as binêre argiewe vir baie GNU / Linux-bedryfstelsels, ondersteun beide 32-bit (x86) en 64-bis (x86_64) instruksiestel argitekture, sowel as 'n bron tarball.

Wat is nuut in hierdie release:

• Kenmerke:
• Baie verbeterings vir die samestelling van die HTML-weergawe van die ontspan handleiding.
• Opdateer ontspan al FutureWarnings van Numpy & ge elimineer; 1.9, toekoms bestendig ontspan teen komende Numpy gedrag veranderinge.
• Die vermoë om herhaal R2, eff datapunte te hanteer deur die relax_disp.r2eff_read gebruiker funksie, maar voeg 0.001 tot die frekwensie waarde vir die herhaal punt.
• 'n nuwe voorbeeld script vir die laai van 'n model-vrye resultate lêer en back-berekening ontspanning data.
• Verbeterings vir die hantering van PDB strukturele data.
• Die implementering van die structure.pca gebruiker funksie vir die uitvoering van beginsel komponent ontleding (PCA) van 'n ensemble van strukture.
• byvoeging van 'n draaiboek vir 'n vinnige ontplooiing op die Google Wolk Computing infrastruktuur.
• Wysigings:
• Fix vir die stewige raam sodat model 2 graad raam sodat matriks in die handleiding. Die verkeerde simbool is wat gebruik word.
• verwyder die newparagraph en newsubparagraph definisies van die LaTeX handleiding. Hierdie is konflikte veroorsaak met latex2html, die voorkoming van die HTML-weergawe van die handleiding van opgestel. Hierdie definisies is onnodig vir die huidige opstel van die seksie in die handleiding.
• Gewysig die kort onderskrifte in die nuwe raam modelle hoofstuk van die handboek. Die rune A> § karakter is eenvoudig vervang deur 'Daeg. Dit is te danke aan onverenigbaarheid met latex2html wat die HTML handleiding verhoed word saamgestel.
• Die opheffing van die definisie van 'n vaste-wydte tafel kolom van die LaTeX handleiding aanhef. Dit is nodig as die definisie breek latex2html verenigbaarheid, wat veroorsaak dat 'n korrupsie in die figuur nommers wat lei tot die beelde in die HTML om wese word ewekansige.
• Die opheffing van die aksent pakket om die HTML handleiding toelaat om saamgestel. Die aksent LaTeX-pakket is nie versoenbaar is met latex2html, sodat die maklikste oplossing is om die pakket te skakel.
• Handmatig gedraai die raam sodat matriks element EPS handleiding figure, vir latex2html verenigbaarheid. Gee bevel aan die '90 roteer 'kon geskrap gewees het en die raam aan verschuiving as 'n b c d - & gt; b-c d -a. Dit laat die hoek argument in die includegraphics {} opdrag te laat val, as latex2html nie dit te erken. Dit laat die syfers aan sigbaar in die HTML-weergawe van die handleiding wees.
• Herontwerp van die raam sodat parameter nes tafel in die handleiding vir latex2html verenigbaarheid. Die tabel gebruik die tikz pakket, wat is dodelik vir latex2html, selfs as dit nie gebruik word nie. Daarom ook die tafel in die dokumente / latex / frame_order / parameter_nesting.tex lêer is omskep in 'n selfstandige LaTeX dokument na 'n bijgesneden PostScript weergawe van die tikz formaat tafel te skep. 'N samestelling script is sowel bygevoeg. Die gevolglike * ps-lêer word nou ingesluit in die PCS numeriese integrasie artikel, eerder as om hierdie afdeling skep van die tikz tafel. Alle tikz aanhef teks verwyder is om voorsiening te maak latex2html uit te voer.
• oplossing vir latex2html nie in staat is om die allrunes pakket of geassosieer skrif te hanteer. In die aanhef htmlonly omgewing, is die raam sodat simbole geherdefinieer met behulp van die teks 'Daeg "in plaas van die runiese karakter A> §.
• Oplossing vir sub en boskrifte regdeur die handleiding. Dit stel {} rondom al die sub en super script textrm {} gevalle. Dit is nie nodig vir die PDF-weergawe van die handleiding soos die vermiste bracket probleem vermy, maar dit raak die HTML-weergawe van die handleiding saamgestel deur latex2html, wat die korrekte notasie vereis. Die fixes is vir beide die nuwe raam sodat hoofstuk asook die hoofstuk ontspanning verspreiding.
• Redigering en fixes vir die ontspan 4.0.0 deel van die lêer verander.
• Opdateer en verbeter die wiki instruksies in die ontspan vry kontrolelys dokument.
• Nog 'n wiki opdrag oor die nagaan vir dooie skakels in die vrylating kontrolelys dokument.
• Meer geringe veranderinge aan die artikel se aankondiging 'van die vrystelling kontrolelys dokument.
• Opdateer die dop script vir die vind van gedupliseer titels in die LaTeX lêers van die handleiding.
• Omgeskakel die dubbele titel vind dop script in 'n Python script. Die Python script is baie meer gevorderde en gebruik 'n ander logika om 'n tafel van gerepliseer titels en hul telling te produseer. Die script 'n mislukte uitgang status terug ook wanneer herhalings bestaan ​​nie.
• Omgeskakel die gerepliseer titel vind Python script om 'n klas struktuur gebruik. Dit laat die script ingevoer moet word as 'n module. Die herhaal bevinding is verskuif na 'n vonds () klas metode.
• herdoop tot die herhaal titel vind script.
• verwyder die dubbele LaTeX titel vind dop script. Dit word nou deur die veel meer gevorderde Python script.
• Die Scons samestelling van die PDF en HTML handleidings tjeks nou vir herhaal titels. 'N Nuwe replicate_title_check teiken is by die scons skrifte. Dit doen 'n beroep die metode vonds () van die herhaal LaTeX titel bevinding script om te bepaal of enige titels is herhaal, en indien wel die scons teiken opbrengste met 'n sys.exit (1) oproep. Dit teiken gestel aan die begin van die user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons teikens. Die gevolg is dat die handleiding nie saamgestel kan word as herhaal titels bestaan, dwing die titels te verander. Die gevolg sal wees dat die HTML-bladsye al sal wees unieke, as herhaal titels resultate in net een HTML bladsy geskep vir al die afdelings.
• Uitwissing van gerepliseer titels in die LaTeX bronne wat die nuwe raam sodat hoofstukke lei.
• Die opheffing van 'n ou herhaal titel in die LaTeX bronne vir die handleiding. Dit is die titel 'Model-vrye analise "wat gebruik word vir die hele spesifieke ontleding hoofstuk asook vir die model-vrye analise deel van die waardes, gradiënte, en Hessiane vir die optimalisering hoofstuk.
• Oplossing en verbeterde drukstukke vir teiken die replicate_title_check scons.
• Opdateer al ontspan om te beskerm teen toekomstige veranderinge wat in die Numpy Python pakket. Van Numpy weergawe 1.9, die FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: vergelyking met `None` sal lei tot 'n elementwise voorwerp vergelyking in die toekoms. gesien in 'n groot persentasie van alle ontspan se gebruiker funksies. Dit is gevang en het in 'n RelaxWarning met dieselfde boodskap. Die probleem is dat die gedrag van die vergelyking operateurs == en! = Sal verander met toekomstige Numpy weergawes. Hierdie is vervang met wat is en wat nie die hele ontspan kode basis. Wysigings is ook gemaak om die minfx en bmrblib pakkette aan te pas.
• Meer toekomstige beskerming teen Numpy veranderinge. Die FutureWarning is `rank` is afgekeur; gebruik die `ndim` kenmerk of funksie plaas. Om uit te vind die rang van 'n matriks te sien `numpy.linalg.matrix_rank`. Daarom is die N-staat model teiken funksie metode paramag_info () is opgedateer om die .ndim kenmerk en meer gebruik numpy.rank () funksie gebruik.
• Maak die stelsel toets Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Dit is ontwerp om te vang fout # 23933, die "NameError: globale naam" ids 'is nie gedefinieer "probleem tydens die laai van ontspanning data. 'N afgeknotte weergawe van die VOB lêer en ontspanning data, die volledige weergawe van wat verbonde is aan die foutverslag, wat slegs uit residue 329 330, en 331 is bygevoeg om die toets suite gedeelde data dopgehou, en die stelsel toets geskryf vang die NameError.
• Opdateer die Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids stelsel toets om die RelaxMultiSpinIDError vang. Dit laat die stelsel toets te slaag, as 'n RelaxMultiSpinIDError verwag word.
• Opdateer die minfx en bmrblib weergawes in die vrylating kontrolelys dokument 1.0.12 en 1.0.4. Dit is om die Numpy FutureWarning boodskappe oor die == Geen en = verwyder! Geen vergelykings te Numpy datastrukture, wat in die toekoms sal verander in gedrag.
• Verhoogde die GNA! nuusitem snitte diepte in die vrylating kontrolelys dokument.
• Uitgebreide beskrywing van die sequence.attach_protons gebruiker funksie. Dit volg uit http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Bygevoeg aanvanklike data vir die toets data van Paulus Schanda. Dit sal wys dat daar verskeie moontlikhede om die R2, eff punt metode verbeter.
• Bygevoeg die stelsel toets Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Dit sal die bruikleen van nan waardes te vang.
• Made addisionele tjek in volgorde lees, wat nan waardes oorgeslaan.
• Maak seker dat die gerepliseer 4000 Hz punt vir die 950 MHz eksperiment nie oorskryf.
• In die Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 stelsel toets, bygevoeg 'n toets van die tel van die R2, eff waardes. Dit dui aan dat die gerepliseer R2, eff by 950 MHz / 4000 Hz punt oorskryf. 'N Oplossing kan wees om die verspreiding frekwensie baie min verander, om die toevoeging van die data punt toe te laat.
• Bygevoeg verdere toetse om Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Dit sal wys dat herhalings van R2, is eff waardes nie goed hanteer.
• In die funksie van r2eff_read in data module van die verspreiding, het bygevoeg dat die moontlikhede tot R2, eff waardes wat herhaal lees. Dit word gedoen eerste nagaan indien die verspreiding sleutel bestaan ​​in die R2, eff woordeboek. As dit bestaan, voortgaan voeg 0.001 tot die frekwensie totdat 'n nuwe moontlikheid bestaan. Dit behoort te help hanteer verskeie R2, eff punte, as afsonderlike waardes en nie die neem van 'n besluit om hulle gemiddelde.
• Bygevoeg die verwagting van die verhoging van 'n ontspan fout, indien probeer plot en geen model inligting word gestoor.
• Die verhoging 'n fout as die plot verspreiding kurwes, en geen model is gered.
• verander voorbeeld script vir die ontleding van data.
• Uitgebreide die stelsel toets Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 om motor-analise en gegroepeer pas insluit. Dit moet wys dat die ontleding is nou moontlik.
• Bygevoeg 'n tydelike toestand en 'n draaiboek vir GUI opset om die data Paulus Schanda.
• Bygevoeg die Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI toets. Dit sal wys dat die laai van 'n staat 'n probleem sal skep. Stapelspoor (mees onlangse oproep laaste): TypeError:. Int () argument moet 'n tou of 'n aantal, nie 'NoneType' wees
• Bygevoeg 'n voorbeeld script vir terug berekening ontspanning data van 'n model-vrye resultate lêer. Dit is sinvol as die resultate lêer is nie die finale model, soos hierdie resultate lêer nie die rug bereken data bevat. Dit is in reaksie op Christina Moller se ondersteuning versoek # 3303.
• Die gebruik van Gary se lib.float.isNaN () in plaas van math.isnan (), agteruit verenigbaarheid met Python 2.5 het.
• Fix vir spelfout en dokumentasie van die nuwe gedrag van relax_disp.r2eff_read, lees R2, eff punte met dieselfde frekwensie. As die spin-houer reeds R2, eff waardes bevat met die "frekwensie van die CPMG pols" of "spin-slot veldsterkte, sal die frekwensie verander word deur 'n infinitesimale klein waarde van + 0,001 Hz. Dit maak vir duplikate of meer van dieselfde frekwensie.
• Gewysig die interne strukturele voorwerp minder beïnvloed word deur die formaat van die VOB. Die PDB reeksnommer is nou intelligent hanteer, in die sin dat dit herstel na 1 toe 'n nuwe model is geskep. Hierdie inligting is nog steeds gehou word vir die ondersteuning van die logika van die lees van die CONECT rekords, en sal uitgeskakel word in die toekoms. Die ketting ID inligting is nou nie meer gestoor in die interne strukturele voorwerp, soos hierdie inligting is herskep deur die structure.write_pdb gebruiker funksie op grond van hoe die interne strukturele voorwerp is geskep.
• Updates aan die Noag en Struktuur stelsel toets klasse vir die interne veranderinge strukturele voorwerp. Die reeksnommer kan nou herstel word, en die ketting ID inligting nie meer gestoor.
• Bygevoeg 'n lêer op die proef suite gedeelde data te help met die implementering van die PCA struktuuranalise. Dit is die N-domein van die nok-IK kompleks in 'n raam sodat ontleding. Dit is die eerste 5 strukture van 'n oproep om die frame_order.distribute gebruiker funksie, met die verskillende star-liggame saamgesmelt weer saam in 'n enkele molekule.
• Maak die structure.pca gebruiker funksie voorkant. Dit is tans geskoei op die structure.rmsd gebruiker funksie raamwerk.
• Basiese implementering van die structure.pca gebruiker funksie agterkant. Dit is die nuwe PSO () funksie van die pipe_control.structure.main module. Dit voer net 'n paar tjeks, versamel die atoom koördinate, en die passe beheer relevant tot die funksie ontspan biblioteek pca_analysis () van die oomblik nie-getrek lib.structure.pca module.
• Gedeeltelike geïmplementeer van die PCA ontleding in die ontspan biblioteek. Dit is vir die nuwe structure.pca gebruiker funksie. Die lib.structure.pca module is geskep, en die funksie pca_analysis () geskep om die struktuur kovariansiematriks bereken, via die funksie calc_covariance_matrix (), en bereken dan die eiewaardes en eievektore van die kovariansiematriks, sorteer hulle en truncating die verlangde aantal PCA modes.
• Bygevoeg die algoritme en num_modes argumente om die structure.pca gebruiker funksie. Dit is verby al die pad na die ontspan biblioteek backend.
• geïmplementeer om die SVD algoritme vir die PCA ontleding in die ontspan biblioteek. Dit doen 'n beroep eenvoudig numpy.linalg.svd ().
• Die PSO-analise in die ontspan biblioteek bereken nou die per struktuur projeksies langs die rekenaars.
• Die PSO-analise funksie in die ontspan biblioteek is nou terugkeer data. Dit sluit in die PCA waardes en vektore, en die per struktuur projeksies.
• Die PCA waardes en vektore, en die per struktuur vooruitskattings word nou gestoor. Dit is in die structure.pca gebruiker funksie backend in die pipe_control.structure.main module.
• Bygevoeg die formaat en rig argumente om die structure.pca gebruiker funksie. Dit is om die voorste en agterste eindig.
• Gewysig die assemble_structural_coordinates () metode om meer inligting terugkeer. Dit is uit die pipe_control.structure.main module. Die lyste boolean argument is nou aanvaar wat die funksie om ook die standaard van die voorwerp ID lys per molekuul, die model nommer lys per molekuul, en die molekule naamlys per molekule sal lei.
• Die structure.pca gebruiker funksie skep nou grafieke van die PC projeksies. Dit sluit PC1 teen PC2, PC2 teen PC3, ens.
• Bygevoeg die Gromacs PCA resultate vir die distribution.pdb lêer. Dit sluit in 'n script wat gebruik word om alle dele van Gromacs en al uitset lêers uit te voer.
• Opdateer die Gromacs PCA resultate vir die nuutste 5.1.1 Gromacs weergawe.
• Maak 'n aanvanklike Structure.test_pca stelsel toets. Dit voer die nuwe structure.pca gebruiker funksie, en tjeks indien data wat gestoor word in cdp.structure.
• Verbeterde die grafieke in die agterkant van die structure.pca gebruiker funksie. Die grafieke is nou gegroepeer sodat verskillende modelle van dieselfde struktuur in dieselfde data pyp is binne een grafiek stel. Die grafiek kop is ook verbeter.
• Uitgebreide die Structure.test_pca stelsel toets tjeks te vergelyk met die waardes van Gromacs.
• 'n geweegde gemiddelde struktuur kan nou bereken word. Dit is vir die funksie calc_mean_structure () van die ontspan biblioteek module lib.structure.statistics. Gewigte kan nou voorsien word vir elke struktuur om voorsiening te maak vir 'n geweegde gemiddelde te bereken en teruggekeer.
• Bygevoeg ondersteuning vir waarnemer strukture in die structure.pca gebruiker funksie. Dit laat 'n subset van die strukture wat in die rekenaar-analise aan nul gewig hê sodat hierdie strukture kan gebruik word vir 'n vergelyking doeleindes. Die obs_pipes, obs_models en argumente obs_molecules is bygevoeg om die gebruiker funksie voorkant. Die agterkant gebruik hierdie om 'n verskeidenheid van gewigte vir elke struktuur te skep. En die lib.structure.pca funksies gebruik die nul gewigte aan die waarnemer strukture van die rekenaar af berekeninge te verwyder.
• Maak die stelsel toets Structure.test_pca_observers. Dit is vir die toets van die nuwe waarnemer strukture konsep van die structure.pca gebruiker funksie.
• Verbeterde die drukstukke van die ontspan biblioteek beginsel komponent ontleding. Dit is in die funksie pca_analysis () van die lib.structure.pca module.
• Oplossing en verbeterings vir die grafieke wat deur die structure.pca gebruiker funksie. Die verskillende stelle is nou korrek geskep, en is nou die byskrifte met die plotte.
• Voeg 'n toets te installeer script, vir vinnige ontplooiing op Google Wolk Computing. Dit is vir 'n beoogde installeer in Ubuntu 14,04 LTS.
• Die uitbreiding script vir die installasie.
• Om die installasie in funksies in installeer script.
• Verdelen ontplooi script in verskeie klein funksies.
• Voeg nagaan state om script te installeer.
• Wanneer die verkryging van die skrifte, 'n paar funksies kan plaas verrig.
• Bygevoeg spasies te script installeer vir 'n beter druk.
• Voeg 'n handleiding script.
• Voeg 2 handleiding skrifte.
• Fix vir klein spin ID fout in handleiding script.
• Maak 'n stelsel toets vir die vang fout # 24131, die BMRB uitvoer mislukking wanneer die SpinContainer voorwerp het geen S2 kenmerk, soos gerapporteer deur Martin Ballaschk.
• Gewysig die Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition stelsel toets om te kyk vir die RelaxError. Die toetsuitslae in 'n RelaxError, na gelang van die resultate lêer bevat nie gekies draai.
• Bygevoeg die Mf.test_bug_24131_missing_interaction stelsel toets na 'n ander probleem te vang. Dit is deel van fout # 24131, die BMRB uitvoer mislukking met die SpinContainer voorwerp sonder S2 waarde. Maar die vorige fix van draai geselekteer draai 'n nuwe probleem van ontspan steeds op soek na die interatomiese interaksies vir daardie opsie gekanselleer word spin.
• Foutoplossings:
• gerepliceerd titels in die HTML-weergawe van die ontspan handleiding, en dus herhaal HTML-lêer name te vervang vroeër afdelings, uit die weg geruim.
• Fix vir fout # 23933, die "NameError: globale naam" ids 'is nie gedefinieer "probleem tydens die laai van ontspanning data. Die fout is terug in November 2014 bekendgestel, en is te danke aan 'n paar onvoltooide fouthantering kode. Die probleem is dat die spin tipe wat die ontspanning data behoort aan (@N teen @H) is nie gespesifiseer nie. Nou is die korrekte RelaxMultiSpinIDError geopper. Die ID's veranderlike nie bestaan ​​het nie -. Dit was kode wat beplan om by te voeg, maar nooit was en is vergeet
• Fix vir die CSA konstante vergelyking in die model-vrye hoofstuk van die handboek. Dit is raakgesien deur Christina Moller en verslag gedoen oor die ontspan-gebruikers poslys.
• Bug fix vir die berging van die XML strukturele voorwerp in die staat en die resultate lêers. Voorheen enige voorwerpe bygevoeg cdp.structure (of enige struktuur voorwerp) sou nie gered word deur die metode strukturele to_xml voorwerp () tensy die funksie uitdruklik gewysig word om daardie voorwerp te slaan. Nou al die voorwerpe teenwoordig sal omgeskakel word na XML.
• Fix vir die ontspanning verspreiding analise in die GUI, as gevang deur die Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI toets. Wanneer laai van 'n script staat lêer, kan die waarde van een teenwoordig wees. Dit is nou ingestel op die standaard waardes.
• Fix vir die uitvoer van ontspan op 'n bediener met geen grafiese vertoon en met behulp van matplotlib. Die fout gevind met die Relax_disp.test_repeat_cpmg stelsel toets. En die fout gegenereer was: QXcbConnection: Kan geen verbinding met vertoon. Geaborteer (kern gestort). Die agterkant van matplotlib moet verander word. Dit is byvoorbeeld beskryf in: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display en http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Gewysig die gedrag van die bmrb.write gebruiker funksie backend vir 'n model-vrye ontleding (fix vir fout # 24131). Dit is in die metode bmrb_write () van die model-vrye ontleding API. Geselekteer draai nou oorgeslaan en 'n tjek is bygevoeg om seker te wees dat spin data is saamgestel.
• 'n Ander oplossing vir fout # 24131, die BMRB uitvoer mislukking wanneer die SpinContainer voorwerp het geen S2 kenmerk. Nou geen data gestoor in die lêer BMRB as 'n model-vry model is nie vir die opstel van die spin. Dit laat die toets suite te slaag.
• Bug fix te laat om die Mf.test_bug_24131_missing_interaction stelsel toets te slaag. Dit is deel van fout # 24131, die BMRB uitvoer mislukking met die SpinContainer voorwerp sonder S2 waarde. Die probleem was toe die samestelling van die diffusie tensor data. Die funksie spin_loop () is genoem, soos die verspreiding tensor is aangemeld nie vir alle oorblyfsels. Daarom is die skip_desel = true is by die model-vrye deel te pas.

Wat is nuut in weergawe 4.0.0:

• Kenmerke:
• Die finale, volledige en korrekte implementering van die raam sodat teorie vir die bestudering van starre liggaam bewegings. Dit is tans vir die ontleding van RDC en PCS data van intern in lyn stelsels.
• Wysigings:
• Skrapping van die frame_order.average_position gebruiker funksie en al die gepaardgaande backend-kode. Hierdie gebruiker funksie toegelaat word om die gebruiker in staat om vyf verskillende tipes verplasing spesifiseer om die gemiddelde bewegende domein posisie: 'n suiwer rotasie, met geen vertaling, oor die spilpunt van die beweging in die stelsel; 'n rotasie om die spilpunt van die beweging van die stelsel saam met 'n vertaling; 'n suiwer vertaling met geen rotasie; 'n rotasie om die massamiddelpunt van die bewegende domein met geen vertaling; 'n rotasie om die massamiddelpunt van die bewegende domein tesame met 'n vertaling. Nou sal die laaste opsie die verstek en enigste opsie wees. Hierdie opsie is gelykstaande aan die standaard superponering algoritme (die Kabsch algoritme) 'n hipotetiese struktuur op die werklike gemiddelde posisie. Die ander vier is te danke aan die geskiedenis van die ontwikkeling van die teorie. Hierdie limiet die nut van die teorie en sal net verwarring veroorsaak.
• Skoon te maak van die raam sodat teiken funksie kode. Dit pas by die vorige verandering van die verwydering van die frame_order.average_position gebruiker funksie. Die veranderinge sluit in die verwydering van die vertaling optimalisering vlag as dit nou altyd uitgevoer word, en die verwydering van die vlag wat veroorsaak dat die gemiddelde domein rotasie spilpunt na die bewegend spilpunt pas soos dit nou permanent ontkoppelde.
• Alfabetiese volgorde van funksies in die lib.frame_order.pseudo_ellipse module.
• Uitgeskakel al die "lyn" raam orde modelle, terwyl hulle nog geïmplementeer word. Dit is net frontend kode -. Die agterkant bestaan ​​nie
• Opdateer die isotropiese cone cam raam sodat toetsmodel optimalisering draaiboek. As gevolg van al die veranderinge in die raam sodat ontleding, die ou script was nie meer funksioneel nie.
• Maak 'n script vir die cam raam sodat toets modelle vir die vind van die gemiddelde domein posisie. As die rotasie om 'n vaste spilpunt is uitgeskakel, die verskuiwing van 1J7P_1st_NH_rot.pdb om 1J7P_1st_NH.pdb moet omskep word in 'n vertaling en rotasie om die GMO. Dit script sal gebruik word om die spilpunt rotasie Euler-hoeke met die vertaling vektor en CoM rotasie Euler hoeke te vervang. Maar die structure.superimpose gebruiker funksie sal moet verander word om beide die standaard swaartepunt superponering hanteer sowel as 'n GMO superponering.
• Opdateer die cam raam sodat toetsmodel superponering script. Die structure.superimpose gebruiker funksie is nou korrek genoem. Die uitset log lêer is by die bewaarplek as dit die korrekte vertaling en Euler rotasie inligting wat nodig is vir die toets modelle bevat.
• Parameter update vir die isotropiese cone cam raam sodat toetsmodel optimalisering draaiboek. Die Euler-hoeke vir die rotasie om die bewegend spilpunt is vervang deur die vertaling vektor en Euler hoek CoM rotasie parameters.
• Fix vir 'n aantal van die raam sodat modelle wat nie parameter beperkinge het nie. Die funksie linear_constraint () was op pad terug A, B = [], [] vir hierdie modelle, maar hierdie leë Numpy skikkings is wat veroorsaak dat die minfx biblioteek om te misluk. Hierdie waardes is nou gevang en die beperking algoritme afgeskakel in die minimum te beperk () spesifieke API metode.
• Verhoogde die akkuraatheid van al die data in die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Hierdie is almal tot bekering uit float16 om Numpy tipes float64.
• Fix vir die RDC fout instelling in die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Die rdc_err datastruktuur is geleë in die interatomiese data houers, geen die spin houers.
• Aanpassing van die struktuur laai deel van die cam raam sodat Gegewens opgestel op basis skrif. Die strukture is nou net gelaai as die DIST_PDB vlag is ingestel, aangesien hulle net gebruik word vir die opwekking van die 3D verspreiding van strukture. Dit spaar baie tyd en rekenaar geheue.
• Groot speedup van die nok raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Deur die gebruik van multidimensionele Numpy skikkings aan die atoom posisies en XH eenheidsvektore van al draai slaan, en die uitvoering van die rotasies op hierdie strukture met behulp van numpy.tensordot (), die berekeninge is nou 'n faktor van 10 keer vinniger. Die vordering meter moes verander om elke 1000 eerder as 100 iterasies wys. Die rotasie van die posisies en vektore nou agtermekaar uitgevoer, per ongeluk vasstelling van 'n fout met die dubbele beweging modelle (bv die 'dubbele rotor se model).
• Gewysig die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif aan die rekenaar geheue te bewaar. Die XH vektor en atoom posisie data strukture vir alle n rotasies is nou van die numpy.float32 eerder as tipe numpy.float64. Die belangrikste verandering is die gemiddeld RDCs bereken en gemiddeld PCSs afsonderlik, die verwydering van die N-grootte datastrukture sodra die datalêers geskrywe is.
• Volledige herontwerp van die cam raam sodat Gegewens opgestel op basis script vir spoed en geheue spaar. Hoewel die geroteerde XH band vektor en atoom posisie kode was baie vinnig, die hoeveelheid geheue wat nodig is om hierdie te stoor in die spin houers en interatomiese data houers was groot toe N & gt; 1e6. Die daaropvolgende rdc.back_calc en pcs.back_calc gebruiker funksie oproepe sal ook te lank. Daarom is die basis skrif is herontwerp. Die metode _create_distribution () is verdeel in vier: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), en _pipe_setup (). Die metode _pipe_setup () is eerste om die opstel van die data pyp met al die nodige data genoem. Toe die _calculate_rdc () en _calculate_pcs () metodes, en uiteindelik _create_distribution () indien die DIST_PDB vlag is ingestel. Die oproepe na die rdc.back_calc en pcs.back_calc gebruiker funksies uit die weg geruim. In plaas van die _calculate_rdc () en _calculate_pcs () metodes te bereken die gemiddeld RDC en PCS hulself as Numpy verskeidenheid strukture. Eerder as om die stoor van die groot geroteerde vektore en atoom posisies datastrukture, die RDCs en PCSs is opgesom. Dit word dan gedeel deur self.N aan die einde van die waardes gemiddelde. In vergelyking met die ou-kode, wanneer N is ingestel op 20 miljoen van die geheue gebruik druppels van ~ 20 GB tot ~ 65 MB. Die totale run tyd word ook afgeneem op 'n stelsel van 'n paar dae na 'n paar uur ( 'n bevel of twee van grootte).
• verander die vordering meter opdatering vir die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Die draaier was veels te vinnig, afhangende van elke 5 stappe, en is nou opgedateer elke 250. En die totale getal is nou net gedruk elke inkremente 10,000.
• Verbeterings aan die gang meter vir die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Kommas word nou gedruk tussen die duisende en die nommers is nou reg geregverdig.
• Groot toename in akkuraatheid van die RDC en PCS gemiddelde. Dit is vir die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Deur die WHALM RDCs en PCSs in 1D numpy.float128 skikkings (hiervoor, is 'n 64-bis-stelsel vereis), en dan deel deur N aan die einde, kan die gemiddelde waarde word bereken met 'n veel hoër akkuraatheid. Soos N groter word, die numeriese gemiddelde stel groter bedrae van afkapping artefakte. So hierdie verandering verlig hierdie.
• Fix vir die RDC en PCS gemiddeld in die cam raam sodat toetsdata generasie basis skrif. Vir die dubbele rotor model, of enige veelvoud bewegend af model, was die gemiddelde verkeerd. In plaas daarvan om te deel deur N, moet die waardes word gedeel deur N ^ M, waar m die aantal bewegend modes.
• n groot toename in presisie vir die cam raam orde gratis rotor model toetsdata. Hoe hoër presisie is omdat die aantal strukture in die verspreiding is nou twintig miljoen eerder as 'n miljoen, en die veel hoër akkuraatheid numpy.float128 gemiddelde van die opgedateer Gegewens opgestel op basis skrif is gebruik. Hierdie data moet toelaat vir 'n veel beter skatting van die beta en gamma gemiddelde domein posisie parameter waardes vir die gratis rotor modelle wat geraak word deur die ineenstorting van die alfa parameter aan nul.
• n groot toename in presisie vir die cam raam einde dubbel rotor model toetsdata. Hoe hoër presisie is omdat die aantal strukture in die verspreiding is nou meer as twintig miljoen (4500 ^ 2) eerder as 'n kwart van 'n miljoen (500 ^ 2).
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  

• Wysigings:



• Foutoplossings:

• Wysigings:












































































































Maw

Wat is nuut in weergawe 3.3.4:

• Wysigings:






































































• Foutoplossings:

• Wysigings:





















































• Foutoplossings:

• Wysigings:








































































































































• Foutoplossings:

• Wysigings:












































































































































































































































• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 3.3.0:

• Wysigings:

Wat is nuut in weergawe 3.1.5:

• Wysigings:




• Foutoplossings:

• Wysigings:
























• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 3.1.3:

• Wysigings:

• Wysigings:













• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 3.1.1:

• Wysigings:

• Wysigings:

Wat is nuut in weergawe 3.0.2:

• Wysigings:























































• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 3.0.1:

• Wysigings:







































































































• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 3.0.0:

• Wysigings:





























































































































































































































































































































• Foutoplossings:

• Wysigings:










































• Foutoplossings:

• Wysigings:

Wat is nuut in weergawe 2.2.3:

• Wysigings:














































































































































• Foutoplossings:

• Wysigings:


























• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 2.2.1:

• Wysigings:









• Foutoplossings:

• Wysigings:




















































































































• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 2.1.2:

• Wysigings:

Wat is nuut in weergawe 2.1.1:

• Wysigings:


















































































































































• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 2.1.0:

• Wysigings:




































































































































• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 2.0.0:

• Wysigings:

• Wysigings:


• Foutoplossings:

Wat is nuut in weergawe 1.3.9:

Wat is nuut in weergawe 1.3.8:

Vereistes :