Biopython

Ontwikkel 'n internasionale span van die ontwikkelaars dit is 'n verspreide gesamentlike poging Python biblioteke en programme wat die behoeftes van die huidige en toekomstige werke in bioinformatika spreek, te ontwikkel.

Wat is nuut in hierdie weergawe:.

• Bio.Phylo het nou boom konstruksie en konsensus modules, van die GSoC werk deur Yanbo Julle
• Bio.Entrez sal nou outomaties aflaai en kas nuwe Ncbi DTD lêers vir pars eer van XML onder die gebruiker se tuisgids (met behulp van ~ / .biopython op Unix agtige stelsels, en $ APPDATA / biopython op Windows).
• Bio.Sequencing.Applications sluit nou 'n wrapper vir die samtools command line instrument.
• Bio.PopGen.SimCoal ondersteun nou ook fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-teks, hmmer3-blad, en hmmer3-domtab nou ondersteun uitset van hmmer3.1b1.
• BioSQL kan nou gebruik maak van die mysql-connector pakket (beskikbaar vir Python 2, 3 en PyPy) as 'n alternatief vir MySQLdb (Python 2 net) aan te sluit op 'n MySQL databasis.

Wat is nuut in die weergawe 1,63:

• Nou gebruik die Python 3 styl gebou in die volgende funksie in plek van die Python 2 styl iterators '.next () metode.
• Die huidige weergawe verwyder die vereiste van die 2to3 biblioteek.

Wat is nuut in die weergawe 1.62:.

• Eerste vrystelling van Biopython wat amptelik ondersteun Python 3

Wat is nuut in die weergawe 1.60:

• New module Bio.bgzf ondersteun lees en skryf BGZF lêers ( geblokkeer GNU zip-formaat), 'n variant van GZIP met 'n doeltreffende ewetoeganklike, mees algemeen gebruik word as deel van die BAM lêer formaat en in tabix.
• Die GenBank / EMBL parser sal gee nou 'n waarskuwing op onherkenbare funksie plekke en voortgaan parsing (die verlaat van die funksie se plek as een).
• Die Bio.PDB.MMCIFParser is nou saamgestel deur verstek (maar is nog nie beskikbaar onder Jython, PyPy of Python 3).

Wat is nuut in die weergawe 1.59:

• New module Bio.TogoWS bied 'n wrapper vir die TogoWS REST API.
• Die Ncbi Entrez haal funksie Bio.Entrez.efetch is opgedateer om die Ncbi se strenger hantering van verskeie ID argumente in EFetch 2.0 te hanteer.

Wat is nuut in die weergawe 1.58:

• 'n nuwe koppelvlak en parsers vir die PAML (Filogenetiese Ontleding deur maksimum waarskynlikheid) pakket van programme, ondersteun codeml, baseml en yn00 sowel as 'n Python re-implementering van Chi2 is bygevoeg as die Bio.Phylo.PAML module.
• Bio.SeqIO sluit nou lees ondersteuning vir ABI lêers (& quot; Sanger & quot; kapillêre volgorde spoor lêers, wat genoem volgorde met Phred kwaliteite)
.
• Die Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; parser is opgedateer om te gaan met die merker lyne soos gebruik in Bill Pearson se FASTA weergawe 3.36.

Wat is nuut in die weergawe 1.57:.

• Biopython kan nou geïnstalleer word met pit

Wat is die nuwe in die weergawe 1,56:

• Die Bio.SeqIO module is opgedateer te ondersteun proteïen EMBL lêers (wat gebruik word vir die patente databasis), IMGT lêers ('n variant van die EMBL lêer formaat, met die hulp van Uri Laserson), en UniProt XML-lêers.

Wat is nuut in die weergawe 1,55:

• 'n baie werk is teenoor Python 3 ondersteuning (via die 2to3 script), maar tensy ons gebreek iets wat jy moet nie enige veranderinge sien.
• In terme van die nuwe funksies, die mees opvallende hoogtepunt is dat die opdrag lyn instrument aansoek wrapper klasse is nou uitvoerbare, wat moet maak dit baie makliker eksterne gereedskap te bel.

Vereistes :

• Python 2.6 of hoër