NeuronVisio

NeuronVisio verbind met NEURON die gebruik van die nuwe Python NEURON koppelvlak.
Installasie:
NeuronVisio te installeer moet jy die volgende afhanklikes op te los
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visuele
& Nbsp; * matplotlib
Maklik te installeer
Die maklikste manier om neuronvisio te kry, is as jy setuptools geïnstalleer:
easy_install neuronvisio
Sonder setuptools, dit is nog steeds redelik maklik. Laai die neuronvisio.tgz lêer van neuronvisio se Cheeseshop bladsy untar dit en hardloop:
python setup.py installeer
Dokumentasie
Die dokumentasie is beskikbaar in die doc gids of aanlyn.
Quick
Hierdie kode is net 'n idee hoe nrnvisio module te gebruik om te gee:
1. vuur van 'n ipython konsole met pylab skakelaar .:
& Nbsp; ipython -pylab # As jy nie die skakelaar gebruik nie sal jy nie sien nie enige grafiek.
2. Voer die module:
& Nbsp; uit neuronvisio.controls invoerbeheer
& Nbsp; kontroles = Beheer ()
Wanneer nrnvisio begin die draad is van stapel gestuur. In hierdie draad al die proses van nrnvisio sal gebeur sonder die sluit van die konsole.
As 'n vinnige voorbeeld die volgende kode:
& Nbsp; 1. Skep 'n enkele artikel genoem soma
& Nbsp; 2. Voeg 'n Hodgkey-Huxley-kanaal en 'n passiewe konduktansie
& Nbsp; 3. Voeg 'n alphaSynapse n stimul te voorsien.
'N vinnige voorbeeld kan die volgende wees ::
van nrnvisio.controls invoer Beheer
kontroles = Beheer () # Begin die GUI
vanaf neuron invoer h # Aan die HocInterpreter
soma = h.Section () # skep van 'n artikel
soma.insert ('hh') # Invoeg 'n HH kanaal
soma.insert ('pas') # invoeging van 'n passiewe konduktansie
syn = h.AlphaSynapse (0.5, sek = soma) # sinaptiese insette
syn.onset = 0.5 # wanneer aan die brand
syn.gmax = 0.05 # Die geleiding van die sinaps
syn.e = 0 # Die terugskrywing potensiaal
Meer byvoorbeeld in die voorbeeld gids wys hoe Neuronvisio te gebruik met meer komplekse model

Eienskappe :.

• 3D visualisering van die model met die moontlikheid om dit te verander runtime
• Creation vektore enige veranderlikes teenwoordig is in die artikel aan te teken
• Pylab integrasie direk die gevolg van die simulasie
plot
• Die verkenning van die timecourse van enige veranderlike onder tyd met behulp van 'n kleurgekodeerde skaal
• die GUI loop in sy eie draad so dit is moontlik om die konsole te gebruik (sterk aanbeveel ipython)

Vereistes :

• Python