BioJava

Dit bied analitiese en statistiese roetines, parsers vir algemene lêer formate en laat die manipulasie van rye en 3D strukture.

BioJava is 'n instrument vir verkenning moontlikhede Java in die bioinformatika wêreld

Wat is nuut in hierdie release:.

• Konsekwente fout meld. SLF4J word gebruik vir meld en bied adapters vir al die groot meld implementasies.
• Verbeterde hantering van uitsonderings.
• verwyder afgekeur metodes.
• Uitgebreide die BioJava tutoriaal.
• Opdateer afhanklikhede waar van toepassing.
• Beskikbaar op Maven Sentraal.

Wat is nuut in die weergawe 4.0.0:

• Konsekwente fout meld. SLF4J word gebruik vir meld en bied adapters vir al die groot meld implementasies.
• Verbeterde hantering van uitsonderings.
• verwyder afgekeur metodes.
• Uitgebreide die BioJava tutoriaal.
• Opdateer afhanklikhede waar van toepassing.
• Beskikbaar op Maven Sentraal.

Wat is nuut in die weergawe 3.1.0:

• Nuwe funksies:
• CE-CP weergawe 1,4, met bykomende parameters
• Update omvang 2,04
• Verbeterings in FASTQ parsing
• Fix foute in PDB parsing
• Klein fixes in struktuur roetes

Wat is nuut in die weergawe 3.0.8:

• New:
• Genbank skrywer
• Parser vir Kariotipe lêer van UCSC
• Parser vir Gene plekke van UCSC
• Parser vir Gene name lêer van genenames.org
• Module vir Cox regressie-kode vir oorlewing ontleding
• Berekening van toeganklike oppervlakte (ASA)
• Module vir die ontleding van .OBO lêers (ontologieë)
• Verbeterde:
• Verteenwoordiging van scop en Berkeley-scop klassifikasies

Wat is nuut in die weergawe 3.0.7:

• Bygevoeg 'n basiese GenBank parser
.
• Vaste 'n probleem wanneer die vertaling kodons met N.
• Nou kan aflei effekte in proteïen strukture.
• Bygevoeg ondersteuning aan mmcif rekords ontleed vir organisme en uitdrukking stelsel.
• Baie klein bugfixes en verbeteringe.

Wat is nuut in die weergawe 3.0.6:

• Ontwikkeling verskuif na GitHub by: https: // github.com/biojava/biojava

Wat is nuut in die weergawe 3.0.5:.

• New parser vir Cath klassifikasie
• New parser vir Stockholm lêer formaat.
• Aansienlik verbeter voorstelling van biologiese gemeentes van proteïen strukture. Nou kan herskep biologiese vergadering van asimmetriese eenheid.
• Verskeie foutherstellings.

Wat is nuut in die weergawe 3.0.4:

• Dit is hoofsaaklik 'n fout fix release kwessies in die proteïen struktuur en wanorde modules.
• Een nuwe funksie:. scop data kan nou óf verkry word vanaf die oorspronklike scop webwerf in die Verenigde Koninkryk of die Berkeley weergawe

Wat is nuut in die weergawe 3.0.3:

• Beduidende verbeterings aan die web diens module (Ncbi ontploffing en hmmer web dienste).
• & quot; New & quot; fastq parser (oorgedra uit die biojava 1 reeks weergawe 3).
• Ondersteuning vir sif-PDB om UniProt kartering.
• Protmod module hernoem na modfinder.

Wat is nuut in die weergawe 3.0.2:

• proteïen-struktuur: Verbeterde hantering van proteïen domeine: Nou ondersteun scop. Nuwe funksies vir outomatiese voorspelling van proteïen domeine, gebaseer op Protein Domain Parser.
• Klein verbeterings en bug fixes in verskeie ander modules.
• biojava3-aa-stut: Hierdie nuwe module laat die berekening van fisies chemiese en ander eienskappe van proteïen volgordes
.
• biojava3-proteïen-afwyking: 'n nuwe module vir die voorspelling van versteurde gebiede in proteïene. Dit berus op 'n Java implementering van die Ronn voorspeller.

Wat is nuut in die weergawe 3.0.1:

• Die 3.0.1 vrylating is hoofsaaklik 'n fout fix vrylating vir die onlangse 3,0 vrygestel wat 'n groot herskryf van die biojava kode basis verskaf.

Vereistes :

• Java 1.6 of hoër