Jmol

Sagteware kiekie:
Jmol
Sagteware besonderhede:
Weergawe: 14.29.14 Opgedateer
Upload datum: 22 Jun 18
Lisensie: Gratis
Populariteit: 93

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Jmol is 'n oopbron, kruisplatform en gratis grafiese sagteware wat oorspronklik ontwerp is om as molekulêre kyker vir 3D chemiese strukture op te tree. Dit loop in vier standalone-modusse, soos 'n HTML5-webprogram, 'n Java-program, 'n Java-applet en 'n "koplose" bediener-kant-komponent.


Feaures in 'n oogopslag

Belangrike kenmerke sluit in hoëprestasie 3D-leweringsteun sonder dat u enige hoëvlak hardeware benodig, lêers uitvoer na JPG-, PNG-, GIF-, PDF-, WRL-, OBJ- en POV-Ray-formate. Basiese eenheidselle ondersteun, RasMol en Chime ondersteun. skriftaal, sowel as die JavaScript-biblioteek.

Daarbenewens ondersteun die sagteware animasies, oppervlakke, vibrasies, orbitale, metings, simmetrie en eenheidsbedrywighede, en skematiese vorms.


Ondersteunde lêerformate

Die program ondersteun tans 'n wye reeks lêerformate, waaronder MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, MMCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gauss, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO en MOPAC.

Daarbenewens word die CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR en JME ook ondersteun .

Ondersteun alle groot webblaaiers

Die sagteware is suksesvol getoets met alle groot webblaaiers, insluitende Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera en Safari. Die bogenoemde blaaierprogramme is getoets op al die hoofstroombedryfsstelsels (sien die volgende afdeling vir ondersteunings-bedryfstelsels).


Ondersteun alle hoofstroom bedryfstelsels

In die Java-programmeertaal is Jmol 'n platform onafhanklike program wat ontwerp is om alle GNU / Linux-verspreidings, die bedryfstelsel Microsoft Windows en Mac OS X en enige ander bedryfstelsel te ondersteun waar die Java Runtime Environment geïnstalleer is.

Wat is nuut in hierdie uitgawe:

  • foutoplossing: Jmol SMILES laat nie toe om inskrywingskodes te soek nie - voeg ' ^ & quot; vir invoegingskode: [G # 129 ^ A. *]
  • Wat is nuut in weergawe:

    • foutoplossing: Jmol SMILES laat nie toe om kode in te voer nie - - voeg '^' by vir invoegingskode: [G # 129 ^ A. *]

    Wat is nuut in weergawe 14.20.3:

    • foutoplossing: Jmol SMILES nie toelaat dat ' kode soek - voeg '^' by vir invoegingskode: [G # 129 ^ A. *]

    Wat is nuut in weergawe 14.6.5:

    • foutoplossing: Jmol SMILES laat nie toe om kode-soektog te soek nie - voeg '^' by vir invoegingskode: [G # 129 ^ A. *]

    Wat is nuut in weergawe 14.6.1:

    • foutoplossing: Jmol SMILES laat nie toe vir invoeging- kode soek - voeg '^' by vir invoegingskode: [G # 129 ^ A. *]

    Wat is nuut in weergawe 14.4.4 Bou 2016.04.22:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstofstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.4.4 Bou 2016.04.14:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstofstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.4.4 Bou 2016.03.31:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstofstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.4.3 Bou 2016.03.02:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.4.3 Bou 2016.02.28:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstofstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.4.2 Bou 2016.02.05:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstofstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.4.0 Bou 2015.12.02:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstofstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.2.15:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bykomende waterstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.2.13:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bygevoeg waterstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.2.12:

    • foutoplossing: annotasie atoomstelle nie aangepas vir bygevoeg waterstowwe
    • bug fix: 14.3.3_2014.08.02 gebreek mmCIF reader
    • foutoplossing: BinaryDocument (Spartaanse lêer) leeswerk gebreek in 14.1.12_2014.03.18

    Wat is nuut in weergawe 14.1.8 Beta:

    • nuwe funksie - stel cartoonRibose:
    • teken ribosringe, met fasette wat puckering toon
    • Verbind met C4'-C5'-O5'-P uitdruklik
    • toon C3'-O3 'as verwysing.
    • deaktiveer cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
    • Gestrem deur SET cartoonBaseEdges ON
    • voorgestel deur Rick Spinney, Ohio State
    • nuwe funksie: anim raam [a, b, c, d] werk met negatiewe getalle om reekse aan te dui:
    • animrame [1, -5, 10, -6] -> [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
    • lees as "1 t / m 5 en dan 10 t / m 6"
    • Nuwe funksie: Tinker-lêerleser (en FoldingXYZ-leser opgradering):
    • Kan Tinker gebruik :: maar dit is slegs nodig as die eerste reël net 'n atomCount is
    • akkommodeer ouer Tinker-formaat met n-1 atome vir atomCount
    • maak voorsiening vir trajekte en gewenste modelnommer
    • nuwe funksie: (eintlik 13.1 maar ongedokumenteerde) animasie raamwerk [51 50 49 48 47 46 45 (ens) 27 1 2 3 4 5 6 7 (ens) ....]
    • nuwe funksie: x = vergelyk ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
    • nuwe funksie: x = vergelyk ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "alles")
    • Nuwe funksie: x = vergelyk ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "best")
    • Nuwe funksie: x = vergelyk ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
    • Nuwe funksie: x = vergelyk ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allesH")
    • Nuwe funksie - x = vergelyk ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
    • genereer een of meer korrelasielyses gebaseer op nie-aromatiese SMILES
    • opsioneel sluit H atome in
    • Optioneel genereer alle moontlike atoommapings
    • lewer int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
    • waar an en bn heelgetal-indekse of lys is wanneer "alles" opsie is gekies.
    • Die volgende sal een atoomkorrelasiekaart vir twee strukture insluit wat waterstofatome bevat: laai lêers "a.mol" & Quot; b.mol & quot; x = vergelyk ({1.1} {2.1} "MAP", "H")
    • Die volgende vergelyk die model van kafeïen van NCI tot dié van PubChem:
    • laai $ kafeïen; laai byvoeg: kafeïen; raam *
    • kies 2.1; etiket% [atom index]
    • vergelyk {1.1} {2.1} SMILES draai vertaal
    • x = vergelyk ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
    • vir (a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; kies atomindex = a1; etiket @ a2}
    • nuwe funksie: vergelyk {model1} {model2} SMILES:
    • hoef nie SMILES te gee nie; Jmol kan dit genereer van {model1}
    • Nuwe funksie: x = {*}. vind ("SMILES", "H"):
    • genereer SMILES met eksplisiete H atome
    • Bugfix: substructure () funksie met SMILES in plaas van SMARTS, dus slegs volledige strukture;
    • probleemoplossing: beter foutopname en boodskappe in SMILES-verwante metodes
    • foutoplossing: maak webexport-ontdekking van die pad na Jmol.jar en jsmol.zip sterker.
    • bugfix: getProperty extractModel vereer subset nie
    • foutoplossing: stel pdbGetHeader WAAR maak nie op nie OPMERKING3 OPMERKING290 OPMERKING350
    • bugfix: getProperty ("JSON", ....) moet waarde inpakken (waarde: ...)
    • foutoplossing: MO aanhoudende deursigtigheid gebreek in 11.x
    • foutoplossing: wys MENU skryf MENU laai MENU almal gebreek in 12.2
    • bugfix: {*} [n] moet leeg wees as nAtoms

    Wat is nuut in weergawe 14.0.7:

    • Bugfix: 14.0.6 fatally bugged - unit cell en echo rendering, getProperty

    Wat is nuut in weergawe 14.0.5:

    • Bugfix: LCAOCarton deurskynendheid gebreek
    • Bugfix: deurskynende ruggraat gebreek
    • Bugfix: pqr, p2n lesers gebreek
    • Bugfix: Isosurface map eiendom xxx kan misluk as die oppervlak 'n fragment is wat op een of ander manier 'n punt het wat nie verband hou met 'n onderliggende atoom nie.

    Wat is nuut in weergawe 14.1.5 Beta:

    • foutoplossing: LCAOCarton deurskynendheid gebreek
    • Bugfix: deurskynende ruggraat gebreek
    • bug fix: pqr, p2n lesers gebreek
    • Bugfix: Isosurface map eiendom xxx kan misluk as die oppervlak 'n fragment is wat op een of ander manier 'n punt het wat nie met 'n onderliggende atoom verband hou nie.

    Wat is nuut in weergawe 14.0.4:

    • Bugfix: vuurpyle gebreek
    • Bugfix: PDB byChain, deurSymop word nie ondersteun nie.

    Wat is nuut in weergawe 14.0.2:

    • foutoplossing: modulasie wat nie onderskei tussen q en t;
    • foutoplossing: gemoduleerde metings werk nie
    • bugfix: nie die standaard lattice instel nie "{NaN NaN NaN}"
    • foutoplossing: isosurface-kaart atoomoorlog misluk
    • foutoplossing: vibrasievertoning van modulasie met afstande word nie opgedateer nie
    • foutoplossing: vibrasie veroorsaak onnodige waarskuwing in die konsole
    • bug fix: teken simbot gebreek
    • bugfix: array.mul (matrix3f) crasht Jmol
    • bugfix: kies simop = 1555 gebreek
    • bug fix: stel kies sleep selekteer nie werk nie
    • kode: refactored CifReader, skeiding van MMCifReader en MSCifReader-kode: geringe hernoeming / refactoring van metodes in SV
    • kode: voeg javajs.api.JSONEncodable koppelvlak by
    • super eenvoudige implementering in org.jmol.script.SV
    • laat implementering van javajs toe om persoonlike JSON resultate te lewer

    Wat is nuut in weergawe 14.1.2 Beta:

    • nuwe funksie: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, uitdrukking):
    • beter as Jmol.evaluate omdat die resultaat 'n JavaScript-veranderlike is, nie 'n string nie.
    • DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet, uitdrukking)
    • Nuwe funksie: getProperty ("JSON", ....):
    • gee JSON kode vir eiendom terug
    • kan JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "some expression")
    • nuwe funksie: getProperty variableInfo:
    • laat herwinning van veranderlikes in Java of JSON formaat
    • evalueer uitdrukking
    • standaard vir "alles"
    • nuwe funksie: modulasie verstelbaar deur q en t, tot d = 3:
    • modulasie aan / af (alle atome)
    • moduasie {atoom stel} aan / af
    • modulasie int q-offset
    • modulasie x.x t-offset
    • modulasie {t1 t2 t3}
    • modulasie {q1 q2 q3} WAAR
    • Nuwe funksie: PickedList:
    • bestel reeks van onlangse gekose atome
    • kan dieselfde as die PICKED-veranderlike gebruik word, maar dit word opeenvolgend, nie tydelik bestel nie
    • twee keer om die struktuur te klik, maak die lys skoon
    • @ {pickedList} [0] laaste gekies atoom
    • @ {pickedList} [- 1] naas laaste gekies atoom
    • @ {pickedList} [- 1] [0] laaste twee gekies atome
    • Nuwe funksie: array.pop (), array.push () - soortgelyk aan JavaScript
    • nuwe funksie: modulasie skaal x.x
    • nuwe funksie: onderskrif "xxxxx" x.x - aantal sekondes om te hardloop
    • nuwe funksie: modulasie 0.2 / stel t-waarde
    • Nuwe funksie: array.pop (), array.push (x)
    • a = []; a.push ("testing"); druk a.pop ()
    • Nuwe funksie: kies ON / OFF atoom stel:
    • skakel seleksiehalos aan of af, sowel as die keuse
    • slegs gerief
    • Nuwe funksie: pt1.mul3 (pt2):
    • retourneer {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
    • As beide nie punte is nie, word dit weer na eenvoudige vermenigvuldiging
    • nuwe reature: array.mul3 (pt2) - pas mul3 toe op alle elemente van skikking
    • nuwe funksie: {atomset}. modulasie (tipe, t):
    • lewer P3 (verplasing modulasie)
    • Slegs vir tipe = "D" geïmplementeer (Opsioneel)
    • opsionele t is 0 as standaard
    • foutoplossing: modulasie wat nie onderskei tussen q en t;
    • foutoplossing: gemoduleerde metings werk nie
    • bugfix: nie die standaard lattice instel nie "{NaN NaN NaN}"
    • bug fix: isosurface-kaart atoom orbitaal misluk
    • foutoplossing: vibrasievertoning van modulasie met afstande word nie opgedateer nie
    • foutoplossing: vibrasie veroorsaak onnodige waarskuwing in die konsole
    • bug fix: teken simbot gebreek
    • bugfix: array.mul (matrix3f) crasht Jmol
    • bugfix: kies simop = 1555 gebreekte foutoplossing: stel kies sleep verkies nie werk nie
    • kode: refactored CifReader, die skeiding van MMCifReader en MSCifReader
    • kode: geringe hernoeming / refactoring van metodes in SV
    • kode: voeg javajs.api.JSONEncodable koppelvlak toe:
    • super eenvoudige implementering in org.jmol.script.SV
    • laat implementering van javajs toe om persoonlike JSON resultate te lewer

    Wat is nuut in weergawe 14.0.1:

    • nuwe funksie: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (standaard 55)
    • Nuwe funksie: load () funksie, soos in druklading ("xxx"), beperkte plaaslike lêerlees in applet:
    • Geen wortelgids lêers
    • geen lêers sonder uitbreiding
    • Geen lêers met enige "/." in die pad
    • Nuwe funksie: JAR lêers is veilig onderteken
    • Nuwe kenmerk: JAR-lêers van applet bevat JNLPs (Java Network Launch Protocols) vir plaaslike laai van lêers
    • Nuwe funksie: JSmol URL-opsies _USE = _JAR = _J2S = oortredings vir Inligtingsdata
    • nuwe funksie: (was teenwoordig maar ongedokumenteer) druk quaternion ([skikking van kwaternions]) - gee sferiese beteken 'n la bus en vul
    • Nuwe funksie: druk quaternion ([array quaternions], true):
    • gee standaard afwyking vir sferiese betekenisse a la buss en fillmore
    • Eenhede is hoekige grade
    • Nuwe funksie - genaamd kwaternion modulus waardes:
    • print quaternion (1,0,0,0)% "matrix"
    • opsies sluit in w x y z normale eulerzxz eulerzyz vektor theta asx aksies asz ashoek matriks
    • Ew-funksie - stel celShadingPower:
    • stel sterkte van selskaduering vas
    • integerwaardes
    • standaard 10 is 'n dik lyn
    • 5 is 'n fyn lyn
    • 0 word afskakel van cel
    • Negatiewe waarde verwyder binnekantskerm - slegs 'n oorsig
    • werk op pixels gebaseer op normale na ligbron (krag> 0) of gebruiker (krag <0)
    • stel kleur aan agtergrondkontras (swart of wit) wanneer normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
    • nuwe funksie: mmCIF lees verslae _citation.title in die Jmol script console
    • nuwe funksie: minimaliseer SELECT {atomset} ALLEEN - ALLEEN opsie sluit alle ander atome uit
    • nuwe funksie: minimaliseer {atomset} - implisiet SELECT en SLEGS
    • nuwe funksie - "uitbreidings" dopgehou in JSmol vir bygedra JS en SPT scripts:
    • jsmol / js / ext
    • jsmol / SPT / ext
    • nuwe funksie: laai ... filter "ADDHYDROGENS" - Plaaslike stel pdbAddHydrogens net vir een laai opdrag
    • nuwe funksie: vergelyk {1.1} {2.1} BONDS SMILES
    • nuwe funksie: list = compare ({atomset1} {atomset2} "SMILES", "BONDS")
    • Nuwe funksie: skryf JSON xxx.json
    • nuwe funksie: [# 210] JSON ("mol": ...) leser
    • Ew funksie - stel particleRadius:
    • globale radius vir atome oor die maksimum radiuswaarde (16.0)
    • standaard op 20.0
    • Nuwe funksie - CIF en PDB filters "BYCHAIN" en & quot; BYSYMOP & quot; vir viruspartikulasie:
    • skep net een atoom per ketting of per simop
    • Die grootte kan groter word as die maksimum van 16 Angstroms, byvoorbeeld:
    • stel particleRadius 30;
    • Ruimtevullis 30; // enige getal ouer as 16 hier gebruik particleRadius instead
    • nuwe funksie: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
    • nuwe funksie: simop () funksie laat simmetrie toe vanaf biomolekule filter vir PDB en mmCIF
    • nuwe funksie - isosurface-simbole:
    • pas simmetrie-operateurs toe op isosurface
    • meer doeltreffende lewering en skepping
    • verstek seleksie is slegs {symop = 1}
    • verstek kleur is om te kleur deur simop gebaseer op propertyColorScheme
    • voorbeeld:
    • laai 1ste filter "biomolekule 1"
    • kleur eiendoms-simop
    • isosurface sa resolusie 0.8 simmetrie sasurface 0
    • Nuwe kenmerk - Nuwe atoom eiendom: KettingNie:
    • opeenvolgend van 1 vir elke model;
    • chainNo == 0 beteken "no chain" of ketting = ''
    • nuwe funksie - nuwe eiendomKleur skerm "vriendelik":
    • Kleurblindvriendelike kleurskema
    • gebruik by RCSD
    • Nuwe funksie: JSpecView heeltemal Java-vry; sluit 2D nmr en PDF druk van spektra in.
    • nuwe funksie - WRITE PDF "xxx.pdf" kwaliteit & gt; 1 versoek landskap modus:
    • gebruik doeltreffende persoonlike PDF-skeppingsklasse
    • Grootte beeld om te pas as dit te groot is
    • Nuwe funksie: JSpecView voeg PDF en 2D NMR vir JavaScript toe
    • nuwe funksie: laai '== xxx' FILTER "NOIDEAL" - Chemiese komponent lading van VOB met behulp van die "nonideal" koördinaat stel
    • foutoplossing: skryf CD verwyder; ChemDoodle het formate verander; gebruik JSON eerder
    • Bugfix: PDB- en CIF-lêers het gemeentes soos PAU as groot negatiewe nommer aangedui
    • Bugfix: VERGELYK sonder rotasie begin oneindige lus
    • foutoplossing: loopprobleem met vertraging (-1)
    • Bugfix: Muis wat vir Chrome in JavaScript gebruik
    • bugfix: JavaScript popup menu herstel vir taal veranderinge
    • bugfix: JavaScript kernkomponente word nie verwerk nie; Jmol._debugCode nie herken nie
    • foutoplossing: eenheidscell offset verkeerd vir biomolekules; oorsprong verkeerd vir asse.
    • bugfix: isosurface / mo FRONTONLY gebreek
    • bugfix: taal lokalisering gebreek in JavaScript
    • foutoplossing: ADF-leser lees nie MO-uitset vanaf DIRAC Bou 201304052106
    • Bugfix: Safari verslae geel Jmol-inligting in plaas van om applet te aanvaar
    • - tag moet wees
    • foutoplossing: CIF-leser wat nie behoorlik hanteer nie: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
    • - verkeerde atoom ingestel vir vrag = 3fsx.cif filter "ASSEMBLY 1"
    • bug fix: [# 558 Compatibiliteit probleem met ChemDoodle] JSmol fout in die definisie van Number.toString ()
    • Bugfix: muiswiel werk nie behoorlik nie
    • foutoplossing: JavaScript J2S-samestellerfout ignoreer nie int + = float to integer
    • bugfix: JavaScript WEBGL opsie gebreek
    • bugfix: JavaScript NMRCalculation kry geen toegang tot hulpbronne
    • bugfix: JavaScript stereo geïmplementeer nie
    • probleemoplossing: MOL-leseroplossing vir meervoudige modellêer (net 13.3.9_dev)
    • foutoplossing: MOL-leserfout met laai APPEND - bly nie atoomgetalle nie
    • foutoplossing: CIF modulasie leser lees nie lineêre kombinasies van selgolf vektore
    • bugfix: CIF lees met filter "BIOMOLECULE 1" versuim as dit net die identiteitsoperasie is
    • bugfix: mmCIF-leser lees nie alle _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expressions opsies
    • bugfix: PDB CRYST-inskrywing 1.0 1.0 1.0 90 90 90 moet "geen eenheidscel" beteken nie " ongeag biomolekule filter
    • Bugfix: Isosurface-plaat wat nie goed aanpas vir plat molekules soos HEM
    • foutoplossing: druk userfunc () mag misluk (userfunc () op sigself is goed)
    • bugfix: binne (heliks) nie geïmplementeer vir C-alfa-enigste polimere
    • bugfix: _modelTitle nie opgedateer wanneer 'n nuwe lêer gelaai of gesaai word nie
    • foutoplossing: {*}. symop.all nie simmetrie-operateur behoorlik lewer nie
    • foutoplossing: vir drievoudige binding in SMILES in URL's
    • foutoplossing: build.xml ontbreek PDF-skeppingsklasse
    • foutoplossing: volg die Java-opdatering, voeg die korrekte padkontrole by vir plaaslike ondertekende applet
    • foutoplossing: {xxx} .property_xx nie gestoor in staat nie (gebreek 8/7/2013 rev 18518)
    • foutoplossing: Manifes opgedateer vir ondertekende en ongetekende JAR-lêers van applet
    • foutoplossing: skryf misluk
    • Bugfix: Applet scriptWait () metode gebreek
    • foutoplossing: PyMOL-sessie kan eenheidsel vertoon nadat dit gelees is van gestoorde toestand
    • bugfix: MMCIF-leser versuim vir verskeie samestelling tipes
    • bugfix: CIF reader "biomolecule 1" vertaal na "molekulêre" eerder as "vergadering"
    • bugfix: laai traject met verskeie lêers wat nie werk nie
    • Bug fix: Die pop-up menu van JS applet word nie behoorlik gesluit op taal veranderinge
    • Bugfix: HTML-boks id-kenmerk is nie toegeken nie
    • kode: refactoring van applet / appletjs kode; org.jmol.util.GenericApplet
    • kode: refactoring, vereenvoudiging van gebufferde lesers en gebufferde insetstrome.
    • kode: JavaScript refactoring, beter bou _... xml
    • kode: JavaScript Integer, Lang, Kort, Byte, Vlot, Dubbel alle verwerkte
    • kode: ontkenning van GT ._
    • -kode: Alle onnodige binneklasse het na die hoogste vlak teruggekeer
    • kode: geïsoleerde nut / ModulasieGebruik api / JmolModulationSet
    • -kode - Alle lokalisering van applettaalle lees vanaf gewone .po-lêers:
    • soos vir JavaScript al
    • hoef nie klaslêers vir appletale op te stel nie
    • geen taal .jar lêers
    • Nuwe jsmol / idioom gids bevat .po lêers vir beide Java en HTML5
    • kode: vinniger isosurface-lewering voeg implisiet "voorwaarts" by met slegs {xxx} SLEGS
    • kode: vinniger isosurface-weergawe met implisiete "isosurfacepropertySmoothing FALSE" in relevante (heelgetalle) gevalle
    • kode: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - konsolideer alle verwysings na URL.getContent () en Class.getResource ()
    • kode: JavaScript werk rond vir binneklas probleem met veranderlike naam herverdeling
    • kode: work-around vir eval (funksie naam) werk nie in JavaScript.
    • kode: eksperimenteer met omliggende okklusie
    • -kode: Vereiste manifes bygevoeg vir Java Ju51 (Januarie 2014).
    • kode: JmolOutputChannel verskuif na javajs.util.OutputChannel
    • kode: jsmol.php is ingestel om " in saveFile metode
    • kode: refactoring Parser na javajs.util
    • kode: DSSP verskuif na org.jmol.dssx, die vermindering van JSmol bio laai teen 20K
    • kode: iText-pakket is nie meer nodig nie, want ek het my eie PDF-skepper geskryf

    Vereistes :

    • Oracle Java Standard Edition Runtime Environment

  • Soortgelyke sagteware

    VULCAN
    VULCAN

    20 Feb 15

    E-Cell System
    E-Cell System

    11 May 15

    SSuMMo
    SSuMMo

    14 Apr 15

    Kommentaar te Jmol

    Kommentaar nie gevind
    Kommentaar te lewer
    Draai op die foto!