CodonW

CodonW is 'n program wat ontwerp is om die Meerveranderlike analise (korrespondensie analise) van kodon en aminosuur gebruik te vereenvoudig. Dit bereken ook standaard indekse van kodon gebruik. Dit het beide spyskaart en opdrag-lyn koppelvlakke.
Die CodonW projek is geskryf deur John Peden in die laboratorium van Paul Sharp, Dept van Genetika, Universiteit van Nottingham. John is besig om in menslike genetika en is tans in diens as ProCardis databasis bestuurder by die WTCHG in Oxford Universiteit.
Hier is 'n paar belangrike funksies van "CodonW":
· Geskrewe in ANSI voldoen C
· Menu gedryf
· Uitgebreide aantal command line opsies
· Genetiese kode onafhanklike
· Geen perke op
1. aantal rye
2. volgorde lengte
· Bereken die kodon gebruik indekse
1. CAI: kodon aanpassing indeks
2. Fop: Frekwensie van optimale kodons
3. Nc: Doeltreffende aantal kodons
4. CBI: kodon Bias Index
· Bereken aminosuur indekse
1. sous telling
2. Aromatisiteit
· Bereken korrespondensie ontleding van
1. kodon Gebruik
2. RSCU (Relatiewe sinoniem kodon gebruik)
3. Aminosuur gebruik
· Korrespondensie analise
1. kan insluit / uitsluit kodons / aminosure
2. kan gedetailleerde verslae van tendense genereer
3. pogings om optimale kodons outomaties identifiseer
4. kan bykomende data toelaat stel om by te voeg
5. teken enige aantal tendense
· Bereken gene parameters
1. Gene lengte
2. GC, GC3s en kodon posisie spesifieke G + C
3. Dinucleotide samestelling (in al drie kodon rame)
4. Aminosuur gebruik
5. Relatiewe aminosuur gebruik
6. kodon gebruik
7. Relatiewe Sinoniem kodon gebruik
· Kan konseptueel vertaal rye proteïen
· Reformats volgorde data
· Human of masjienleesbare uitset
· Kan koppel gene (terwyl die behoud van die lees raam) te bereken
1. algemene gebruik kodon
2. GC inhoud
3. Dinucleotide samestelling
· Genereer tafels van kodon, aminosuur, of RSCU gebruik
· Kan selfs help om die genetiese kode te leer.
· En meer