NCBI C++ Toolkit

Ncbi C ++ Toolkit bied gratis, draagbare, publieke domein biblioteke met geen beperkings gebruik. Dit werk op Unix, MS Windows, en Mac OS platforms:
ย ท Netwerke en interproseskommunikasie (IPC) biblioteek met iostream adapters
ย ท multithreading Biblioteek
ย ท CGI en Fast-CGI Biblioteek
ย ท HTML Generation Biblioteek
ย ท SQL databasis toegang Biblioteek
ย ท C ++ wrapper biblioteek vir BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adaptor / wrapper Biblioteek
ย ท GZIP en bz2 C ++ wrapper biblioteek iostream adapters
ย ท ASN.1 en XML serialisasie Biblioteek met C ++ Kode Generator Tool (datatool)
ย ท Datum en Tyd Biblioteek
ย ท File System Function Library
ย ท Command-Line Argument, verstellings en Omgewing Processing Biblioteek
ย ท volgorde oplyning Algoritmes Biblioteek
ย ท BLAST Engine Biblioteek
ย ท Biologiese Rye en -verwerking Biblioteek
ย ท Portable FLTK en OpenGL-gebaseerde GUI en grafiese biblioteke
Behalwe die bogenoemde, is daar 'n hele klomp meer nuttig biblioteke, beide algemene doel en biotech-verwante wat voortdurend ontwikkel, in stand gehou en gebruik word in die werklike lewe produksie deur honderde Web en selfstandige programme en hul programmeerders (ook getel in honderde).
As jy 'n C ++ ontwikkelaar sal jy die draagbare aard van die biblioteke baie nuttig in die bou van kruis-platform aansoeke vind, selfs as jy nie veel belangstelling in Bioinformatika. Biblioteke soos dié vir die CGI / Fast-CGI, HTML, Netwerke, SQL databasis toegang, ASN.1 en XML serialisasie is baie algemene doel en kan in 'n verskeidenheid van programme buite die Bioinformatika probleem domein gebruik word.
Die C ++ Toolkit ondergaan aktiewe ontwikkeling met die biblioteke gebou elke nag. Die bronkode is vryelik beskikbaar is deur FTP en CVS. Die dokumentasie vir die C ++ Toolkit is aanlyn beskikbaar in die Ncbi Bookshelf formaat en ook as aflaaibare boek in Acrobat se PDF formaat

Wat is nuut in hierdie release:.

• Added LDS2 (Plaaslike Data Storage v.2) wat gebaseer is op SQLite3, het die nuwe funksies en beter prestasie. Ook geïmplementeer LDS2 data loader LDS2 te gebruik van die Object Bestuurder.
• XmlWrapp -Dit gerieflik XML hantering API is meestal klaar is (en selfs gepoleerde).
• Geïmplementeer tonneling en magtiging van HTTP verbindings en tonnels van veilige voetstukke, deur HTTP gevolmagtigdes.
• CFormatGuess nou kan onderskei tussen GTF, GFF3 en GFF2. Dit is 'n moontlik breek verandering. Vir meer besonderhede sien hieronder.
• Geïmplementeer groot dele van CFeatTree, die klas funksies gedefinieer op 'n biologiese volgorde in 'n hiërargie wat hul ouer-kind verhoudings weerspieël te organiseer (gebaseer op die funksie subtipes).
• CORELIB:
• Geïmplementeer land-onafhanklike omskakeling van string te verdubbel en terug; veranderde kern biblioteke om dit te gebruik.
• NStr :: Regverdig () - vir formatering van paragrawe van die teks
.
• CNcbiApplication - maak FindProgramExecutablePath statiese en meer robuuste; voeg 'n statiese hoër-vlak GetAppName metode. Kyk vir 'n wêreldwye konfigurasielêers in meer gevalle.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nuwe metode om die logika bepaal watter lêer (indien enige) te laai bloot
• CEnvironmentCleaner -. Nuwe klas ongewenste omgewing veranderlikes te verwyder
• CFileIO - terug na die oorspronklike gedrag nie. Jy sluit nie die lêer handvatsel as dit via SetFileHandle () opgedra
• SERIAL:
• serialisasie van AnyContent data voorwerpe - vaste te erken en behoorlik proses eienskappe in hul waardes
.
• Verbetering van die lees van XML data te ken aan 'n element verstek waarde wanneer dit geen inhoud.
• Bygevoeg ondersteuning vir rye van elemente, waar die element het 'n verstek waarde.
• DATATOOL:
• Reggemaak kode generasie van:
• KEUSE data voorwerpe;
• binêre data tipes met eienskappe.
• Reggemaak omskakeling van dubbele tipe waardes meer beduidende syfers te bewaar.
• koppel nie:
• Bygevoeg Keep Alive socket opsie (fSOCK_KeepAlive).
• Added Ncbi konneksie toets (CConnTest).
• UTILITIES:
• g_FindDataFile -. Nuwe funksie vir die opspoor van data-lêers in (configurable) standaard plekke
• CChecksumStreamWriter -. Nuwe klas checksum van die data geskryf aan 'n stroom te bereken
• g_GZip_ScanForChunks () - nuwe API, saamgeperste stroom posisies te bevraagteken. Bygevoeg implementering vir om poste vir afsonderlike gzip-lêers binne saamgevoeg gzip-lêer.
• Bygevoeg kompressie / dekompressie stroom manipuleerders (sluit / util / compress / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) opgedateer, met 'n moontlik breek verandering. Die doel hiervan is om toe te laat CFormatGuess om te onderskei tussen GTF, GFF3 en GFF2. Tans is dit knoppe al daardie formate in 'n mens se eGtf 'n waarde. Die ou 'eGtf 'n waarde (3) word vervang met' eGtf_POISONED ', en sal nie weer teruggekeer word. Die nuwe waarde vir 'eGtf' (21) sal 'n lêer wat gelees moet word met CGtfReader (objtools / lesers / gtf_reader.hpp) beteken. Die nuwe waarde 'eGff3' (22) is vir lêers bedoel om gelees te word met CGff3Reader (objtools / lesers / gff3_reader.hpp), en 'eGff2' (24) is vir lêers bedoel om gelees te word met CGff2Reader (sluit / objtools / lesers /gff2_reader.hpp)
• BIO-voorwerpe:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Nuwe metode plek rye ingevoer uit FASTA lêers met verskeidenheid spesifikasies in meer konteks te help; toegedraai deur CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (ook nuwe).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Implementeer of verbeter erkenning vir meer voorvoegsels (GA, HH, HI, HO-HU, JA-Jo, EAAA-EZZZ en IAA-Izz, sommige van wat ooreenstem met die nuwe moontlikheid van DDBJ TPA WGS data) en gemengde-in TPA proteïen aanwinste (meestal uit EMBL, maar sommige van GenBank ook).
• Onderskei WGS meester aanwinste deur 'n nuwe vlag bietjie. Ontspan oor streng PDB erkenning logika.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nuwe funksies vir die werk met plain-text volgorde identifiseerders, ingereken uit CFastaReader en veralgemeen ietwat
• SSeqIdRange - Nuwe tipe (kompleet met parser en op-die-vlieg & quot; Iterator & quot;) vir die werk met Volg-id reekse, as teenwoordig in sommige FASTA defline bron wysigers
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Optionally aanvaar persoonlike titels vir enkel rye. Tag negatiewe-strand reekse met vooraanstaande 'c se.

.
• CFastaReader - Ondersteun negatiewe-strand reekse en paillet se kompakte defline-styl gaping sintaksis (? & Quot; & gt; N & quot; waar N 'n getal; of & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Bygevoeg opdrag-lyn opsie -num_domain_hits dat die grense aantal bewaar domains per volgorde gebruik word in die berekening van belyning beperkings.
• Filogenetiese bome:
• Bygevoeg hoër vlak koppelvlak vir die berekening van filogenetiese boom uit volgorde roetes (byvoorbeeld BLAST en COBALT resultate). Klas CPhyTreeCalc bere filogenetiese boom, en CPhyTreeFormater druk die boom in Newick en Nexus formaat.
• BIO-OBJEK biblioteke:
• Geïmplementeer CheckNumRows () en ander metodes vir die yl roetes.
• geheue voetspoor te verminder: bygevoeg lees hakies geheue wat gebruik word deur roetes na deserialization te verminder; Na-strand gebruik nou een byte van die geheue waar moontlik; Score.value keuse is nou ingesluit in CScore.
• Kapitaliseer toetreding in CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-OBJEK BESTUURDER:
• Bygevoeg lucky metodes vir boolean velde in CTableFieldHandle.
• Added GetBestGeneForFeat () gebaseer op CFeatTree.
• Geïmplementeer GetBestOverlappingFeat () op CFeatTree.
• Bygevoeg vinnige cscope :: GetTaxid ().
• Geïmplementeer grootmaat laai vir ACC / ver, GI, etiket, en taxid.
• Bygevoeg lengte nul gapings kyk om te CSeqMap en CSeqVector.
• Geïmplementeer GetLength () en GetCoverage () vir band plekke.
• Verbeterings:
• Bygevoeg helper metode CFeatTree te vul op die plek.
• versnel kartering van eenvoudige CSeq_loc_mix plekke in CFeat_CI.
• Strenger sortering van funksies in CFeat_CI teenstrydighede te vermy.
• CSeq_feat_Handle getters werk nou saam met Volg-tafel beskik ook.
• Volg-tafel funksies ondersteun nou multi-vlak gebruiker velde.
• Nie Volg-feat Volg-tafels is nou selfs erken indien geleë in split stuk.
• versnel CBioseq_Handle :: AddId ().
• Geoptimaliseerd cscope :: AttachXxx ().
• Support skeuring van die naam body.
• CSeqVector en CSeqVector_CI se CanGetRange () nou terug vals in plaas van die gooi van 'n uitsondering nie.
• Laat spesifiseer hoe om te gaan met die bestaande handvatsels in ResetHistory ().
• Geoptimaliseerd re-ouerskap as meer funksies aan CFeatTree bygevoeg.
• Bygevoeg moontlikheid cscope skepping / skrap te ontfout.
• Baie veranderinge aan die C ++ opruim funksies die opruim funksies wat reeds bestaan ​​in C. Daar is nog meer werk gedoen moet word met BasicCleanup, maar betekenisvolle vordering gemaak is om na te boots. Min werk gedoen is vir ExtendedCleanup as van nog.
• CSeq_loc_Mapper kan nou geïnisialiseer word met 'n GC-Vergadering.
• Bug fixes:
• Vaste kartering van mengsel plekke op minus strand in CFeat_CI.
• Baie fixes in die pad CFeatTree skakels funksies.
• Verskeie draad-veiligheid fixes.
• Vaste tikfout voorkoming voeg uitgelijnd en grafieke te CSeq_annot_EditHandle.
• beskerm teen uitsonderings wanneer sorteer funksies in CFeat_CI.
• GenBank DATA aanjaer:
• Geregistreerde HPRD eksterne annotasies.
• Bygevoeg opsionele exclude_wgs_master param in pubseqos / pubseqos2 lesers.
• Geïmplementeer grootmaat laai vir ACC / ver, GI, etiket, en taxid.
• Added CGBDataLoader :: CloseCache ().
• verbetering:
• Gebruik grootmaat laai versoeke in 'cscope :: GetBioseqHandles ().
• Skei leser statistieke deur die tipe van gelaaide druppels.
• Bygevoeg tyd stempel te GenBank debug boodskappe.
• Gebruik IConnValidator vir die opening van PubSeqOS verbindings.
• Bygevoeg split-weergawe stuk versoeke en stuk subsleutels in GenBank kas te verhoed dat die gebruik verkeerde stukke wanneer blob split staat verander in ID.
• Bygevoeg sekondêre minder verwarrend param name vir oop timeout.
• Moenie vermenigvuldig weer probeer telling deur die aantal verbindings.
• VOORWERP BESTUURDER TOETS EN DEMO AANSOEKE:
• id2_fetch_simple -. Bygevoeg -id opsies vir arbitrêre Volg-ID's
• test_bulkinfo -. Nuwe toets aansoek
• FASTA:
• C ++ funksie tafel funksie is meer funksioneel gemaak soos vir 'n deel van die BankIt projek.
• asn2flat nut
• Groot aantal veranderinge aan flatfile Formatter dit te bring baie nader aan die vrylating gereed staat (moontlik vrystel gereed op hierdie punt, hoewel sommige relatief geringe kwessies bly).
• XMLWRAPP:
• Vaste segmentering skuld in die geval van die neem van 'n verwysing na XPath uitdrukking hardloop resultate.
• Bygevoeg helpers openbare ID, stelsel ID en DTD naam te kry vir eksterne en interne deelversamelings.
• Bygevoeg metodes node eienskappe te soek.
• Vaste uitvoering van XPath uitdrukking:. Dit begin nou uit die gegewe node
• Vaste soek eienskappe (insluitend verstek) wanneer 'n naamruimte word.
• Bygevoeg vermoë XPath uitdrukking uit te voer sonder noodsaaklikheid naamruimtes uitdruklik registreer.
• Bygevoeg vermoë houers voorsiening te maak vir die invordering van foute en waarskuwings tydens die ontleding van dokumente.
• Bygevoeg vermoë waardes en naamruimtes van node se verstek eienskappe te verander.
• Bygevoeg vermoë om te toets of 'n kenmerk is verstek.
• Bygevoeg vermoë te voeg of eienskappe verwyder terwyl met inagneming van hul naamruimtes.
• Bygevoeg vermoë XML verklaring te stroop wanneer 'n dokument gestoor.
• WindowMasker:
• 'n Nuwe insette formaat, & quot; seqids & quot ;; met hierdie formaat, die invoer is 'n lêer met 'n reeks id op elke lyn, en die algoritme gebruik maak van die Bio-Object Bestuurder om op te kyk die rye.
• 'n Nuwe klas CWinMaskConfig, vir die berging van alle WindowMasker opset parameters. Die klas gebruik kan word om die nodige opdrag-lyn argumente die opset parameters toe te voeg tot CArgDescriptions, en dan kry uit die opdrag-lyn argumente.
• BUILD RAAMWERK (UNIX):
• interpreteer opdrag-lyn spesifikasies van APP_PROJ of LIB_PROJ as 'n wit skoon te maak uit ander * _PROJ instellings nie ook daar voorsien. (Vereis GNU Maak;. Bou met Sun maak steeds soos voorheen werk)
• Verskaf meer teikens in subdirectories. * _f (Met behulp van plaaslike plat makefiles geproduseer op aanvraag, ignoreer afhanklikhede op ander dele van die boom), * _fd (wikkel die top-vlak Makefile.flat), clean_sources en purge_sources
• Konfigureer en sy gerief skrifte (samestellers / Unix / * sh).
• Noemenswaardige nuwe vlag without-3psw -. Te gebruik nie met enige 3de party sagteware
• Bygevoeg 'n tjek vir GLEW.
• Verbeterde tjeks vir Boost en OpenGL.
• Support spesifiseer run paaie op Darwin (Mac) stelsels met moderne toolchains.
• blaas:
• Op Darwin (Mac OS X), bou net vir Intel verwerkers selfs in anders universele bou danke aan 'n PowerPC packages beperking.
• Bygevoeg steun vir die herwinning van Ncbi Taksonomie ID's waarvoor WindowMasker ondersteuning is beskikbaar nie.
• Laat die spesifikasie van 'n navraag volgorde saam met veelvoudige volgorde oplyning lêer in psiblast.
• Bygevoeg databasis hard-maskering ondersteuning.
• Bygevoeg databasis sagte maskering vir vertaal navrae.
• Bygevoeg ondersteuning vir BTOP (BLAST Stapelspoor bedrywighede) en navraag en onderhewig lengte in die tabel verslag.
• Command-line programme - laat psiblast verskeie navrae te soek, het bygevoeg opsionele -input_type vir makeblastdb
• Laat gebruik van die beste treffer en XML in blast2sequences modus.
• Verbeterde uitleg prestasie vir afgeleë navrae.
• makembindex kan nou bou gemaskerde Mega Blast indeks direk van 'n ontploffing nukleotied databasis met die maskeerband inligting gestoor in die ontploffing databasis. Dit word gedoen deur 'n nuwe opdrag lyn opsie -db_mask te makembindex. Die opsie aanvaar die heelgetal id van die filter algoritme ondersteun deur die geblaas databasis. Die opsie kan net in samewerking toegedien word met -iformat blastdb.
• 'n gebruiker om uit te vind die numeriese ids van filter algoritmes ondersteun deur 'n ontploffing databasis te help, is die vlag -show_filters bekendgestel. Die toepassing van die vlag met -iformat blastdb en ontploffing databasis as 'n inset veroorsaak makembindex uitset van 'n lys van beskikbare filter algoritmes en uitgang.
• Aansoeke NetCache:
• NetCache is verwerk die volgende kenmerke insluit:
• 'n beter bestuur van skyfspasie;
• uitsluiting minder werk met druppels is versiebeheer plaas gebruik;
• multi-hawe luister en per-kliënt instellings te onderskei.
• NetCache en ICache APIs:
• Gebruik Uint8 oral vir blob grootte.
• Laat gedeeltelike blob herwinning.
• Lei blob wagwoord beskerming; leë wagwoorde as geen wagwoord behandel.
• Werker node APIs:
• New parameter vir die beëindiging van die werker node as sy geheue verbruik die gespesifiseerde limiet oorskry (parameter & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• New parameter vir die beëindiging van die werker node as sy hardloop tyd die gespesifiseerde limiet oorskry (parameter & quot; total_time_limit & quot;)
.
• Grid-programme:
• netscheduled
• Vaste 'n fout wat geen antwoord op die tou te skrap opdrag veroorsaak.
• remote_app
• New opset parameter (& quot; tmp_dir & quot;). Om te bepaal hoe die tydelike gids naam gegenereer - sy lengte te verminder
• Teken blob skryf fout.
• netcache_control
• Laat gedeeltelike blob herwinning.
• New opdrag -remove druppels te verwyder deur hulle ids.
• New parameter -auth verifikasie string te spesifiseer om te gebruik.
• New opdragte -reconf en -reinit vir gebruik deur NetCache administrateurs.
• netschedule_control
• aangeskakel compatibility mode te maak netschedule_control werk met ouer werker nodes.
• cgi2rcgi.cgi
• Moenie 'n leë NetCache blob as 'n plekhouer vir die vordering boodskap.
• Meld Grid foute wat aangemeld word, die gebruiker.
• Laat ruimtes in die werk ID parameter.
• Support uitset van die werk status inligting in into formaat.
• Laat persoonlike HTML templates gedefinieer word vir GRID foute en ander gebeure.
• Bygevoeg no-kas HTTP-hoofde caching van intermediêre resultate te vermy.
• ncfetch.cgi
• New parameter om toegang te verkry wagwoord-beskermde druppels.
• interpreteer ekstra parameter & quot; lêernaam & quot; as 'n lêer naam vir die lêer.

Wat is nuut in die weergawe 31 Desember 2008:

• Hierdie vrystelling voeg 'n metode kolom-spesifieke te bereken pseudocounts in PSI-BLAST.
• Dit refactors die rooster dienste biblioteek.
• Dit voeg eenheid toets raamwerk en fout te meld vir alle lêer API klasse.
• Hy stel pthread ondersteuning op IRIX. Dit verhoog die ondersteuning van XML serialisasie.
• Hy stel ondersteuning vir Sybase.
• Dit voeg ondersteuning vir kleiner lookup tafels vir klein navrae.
• Dit voeg 'n API GenBank loader statistieke op te haal.
• Dit het verskillende soorte ander verbeterings, speedups en bugfixes.