tigreBrowser

tigreBrowser is 'n uitdrukking van gene model leser vir die resultate van Tigre R pakket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installasie:
tigreBrowser vereis Python weergawe> = 2.5. tigreBrowser geïnstalleer kan word met die volgende opdrag:
python setup.py installeer
Vir meer inligting oor die installering van python modules (byvoorbeeld, die installering sonder wortel permissions slegs vir die huidige gebruiker), sien http://docs.python.org/install/
Begin bediener
Die web bediener ingesluit in tigreBrowser moet loop om die werklike resultaat browser te gebruik.
Jy sal 'n databasis lêer gegenereer deur die Tigre R pakket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) nodig het. Hierdie pakket bevat 'n toets databasis lêer 'database.sqlite' wat gebruik kan word om te toets tigreBrowser. Die toets databasis gegenereer met behulp van die instruksies en voorbeeld data ingesluit in Tigre pakket.
Voer tigreServer.py die grafiese gebruikerskoppelvlak van die bediener begin. Ten einde die gevolg leser begin, moet jy eers 'n databasis lêer wat resultate sal vertoon te kies. Dit kan bereik word deur die "Open databasis lêer 'te kies en die keuse van 'n databasis lêer. Die databasis lêer moet nie het skryf regte. Die bediener kan dan begin deur op "Begin bediener. Wanneer gekliek, verskyn 'n etiket onder die knoppies om die URL van die uitslag leser te wys.
Die gevolg leser is nou beskikbaar in die URL met behulp van 'n gereelde web browser. Instruksies oor die gebruik van die leser in die volgende afdeling van hierdie handleiding. Die leser is beskikbaar tot die bediener gestop met die knoppie "Stop bediener.
tigreServer.py kan ook gebruik word met 'n opdrag-lyn koppelvlak. Begin die script met 'help uit te voer 'n opsie vir meer besonderhede.
Die gebruik van die leser
Dataset seleksie
Die dataset seleksie bepaal watter resultate sigbaar in die resultate lys en in watter volgorde sal wees. Die eksperiment stel seleksie word gebruik om die stel van eksperimente te kies. Slegs die resultate van hierdie eksperimente sal getoon word in die aanbieding.
Volgende in die dataset seleksie is die keuse van transkripsie faktor (TF) of teiken stel, afhangende van of die resultaat leser is ingestel om die posisie af of reguleerder posisie af (sien installasie) teiken. In teiken posisie af, die TF keuring is beskikbaar en die resultate lys bevat die resultate vir verskillende doelwitte met die gegewe TF. In reguleerder posisie af, is die teiken stel gekies en die notering sal die resultate vir verskillende reguleerders wys.
As die aantal resultate hoog kan wees, kan die resultate word verdeel in verskeie bladsye. "Aantal gene per bladsy" seleksie kan gebruik word om die aantal getoon resultate aan te pas. Dit kan nuttig wees om die aantal resultate as die bladsy laai stadig as gevolg van groot aantal beelde verlaag word.
Ten slotte, kan die volgorde waarin die resultate getoon verander met die "Sorteer" seleksie. Die resultate sal aflopende volgorde gesorteer word deur die gegewe kriteria.
Filter
Resultate kan gefiltreer word deur verskillende kriteria. 'N Mens kan, byvoorbeeld, wys net resultate vir gene wat z-telling hoër as 'n sekere drempel het.
Dit is moontlik om verskeie kriteria te kombineer wanneer filter. Skakel "[+]" gebruik kan word om 'n ander maatstaf te voeg. A maatstaf kan ook verwyder word met behulp van "[-]" skakel (nie getoon wanneer daar net een kriterium). Wanneer verskeie kriteria gebruik word, 'n geen resultaat moet voldoen aan al die kriteria wat getoon in die aanbieding.
Filter geaktiveer gebruik van "Pas filters" boks.
Beklemtoon
As gene in die databasis aanvullende data bevat, kan die resultate word uitgelig met behulp van die data. Die beskikbare opsies word beklemtoon het met die kleure wat verband hou met die opsies.
Die klem werke deur te wys gekleurde bokse onder die name ondersoek in die resultaat lys vir gene wat aanvullende data wat ooreenstem met die keuse het.
Soek
Dit is moontlik om die resultate vir die gegewe gene soek. Die soektog werke deur te tik kommas geskei lys van gene of ondersoek name die soekkassie. Gene aliasse kan ook gebruik word as 'n soektog inskrywing.
Wys uitslae
Die resultate vir die gegewe keuse van dataset, filters, hoogtepunte en soek word getoon wanneer "Stuur" knoppie gekliek word. Die databasis sal dan bevraagteken vir resultate wat ooreenstem met die gegewe seleksie. "Herstel" knoppie kan gebruik word om alle keuses en textfields skoon te maak.
Die resultate lys bevat verskeie kolomme. In die eerste kolom 'n naam probe vertoon met 'n GENENAME wat verband hou met die ondersoek. Langs die naam gene, is die uitdrukking van gene figuur as 'n mens word in die databasis. Die volgende kolom bevat die werklike resultate vir gene. Enige aanvullende data word ook hier vertoon word. Eksperiment syfers sal langs die gevolg waardes vertoon word.
. Ten slotte, eksperiment parameters, as plaas in die databasis is, sal vertoon word as 'n tafel langs die figure

Vereistes :

• Python