tapir

tapir is 'n instrument wat Python bevat programme te skat en plot filogenetiese informativeness vir groot datastelle.
verwysing na tapir
Wanneer die gebruik van tapir asseblief noem:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir stel hoë deurset ontleding van filogenetiese informativeness.
- Townsend JP: Profilering filogenetiese informativeness. Sistematiese Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: hipotesetoetsing met behulp fylogenieën. Bioinformatika 2005, 21: 676-679.
Installasie
Vir die oomblik, die maklikste manier om die program te installeer, is:
git kloon git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / pad / na / tapir
Om toetse uit te voer:
cd / pad / na / tapir /
python toets / test_townsend_code.py
Gebruik
Die estimate_p_i.py kode noem 'n batch file vir hyphy wat in templates /. Hierdie lêer moet wees in dieselfde posisie relatief tot waar jy estimate_p_i.py sit. As jy soos hierbo verdunt installeer, sal jy goed wees vir die oomblik.
Hardloop:
cd / pad / na / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitset Output_Directory
& Nbsp; - epogge = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - tye = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
--multiprocessing is opsioneel, sonder dat dit, sal elke locus opeenvolgend hardloop.
As jy reeds die bogenoemde en gered resultate om jou uitset gids loop (sien onder), kan jy die pre-bestaande webwerf-koers rekords gebruik eerder as die skatte van die weer met:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - uitset Output_Directory
& Nbsp; - epogge = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - tye = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
& Nbsp; - site-tariewe
Resultate
tapir skryf resultate om 'n sqlite databasis in die uitset gids van jou keuse. Hierdie gids het ook webwerf koers lêers in into formaat vir elke locus deurgegaan tapir_compute.py.
Jy kan toegang tot die resultate in die databasis as volg. Vir meer voorbeelde, insluitend plot, sien die dokumentasie
- Crank sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetiese-informativeness.sqlite
- Kry integrale data vir alle epogge:
& Nbsp; kies lokus, interval, pi van loci, interval waar loci.id = interval.id
- Kry integrale data vir 'n spesifieke periode:
& Nbsp; kies lokus, interval, pi van loci, interval
& Nbsp; waar interval = '95 -105 en loci.id = interval.id;
- Kry die telling van loci met Max (PI) op verskillende epogge:
& Nbsp; skep tydelike tabel max as kies id, Max (pi) as maksimum van interval groep id;
& Nbsp; skep tydelike tabel t as kies interval.id, interval, maksimum van interval, maksimum
& Nbsp; waar interval.pi = max.max;
& Nbsp; kies interval, tel (*) van t groep interval;
Erkenning
Ons bedank Francesc Lopez-Giraldez en Jeffrey Townsend vir die verskaffing van ons met 'n afskrif van hul web-aansoek bronkode. . BCF danksy S Hubbell en P Gowaty

Vereistes :

• Python
• Scipy
• Numpy
• DendroPy
• hyphy2 (laai asseblief of die bou van 'n enkel-stringe hyphy2)