STAPPE is 'n pakket vir die presiese stogastiese simulasie van reaksie-diffusie stelsels in arbitrêr komplekse 3D geometrieë. Ons kern simulasie algoritme is 'n implementering van Gillespie se SSA, uitgebrei om te gaan met verspreiding van molekules oor die elemente van 'n 3D tetraëdriese maas.
Terwyl dit is hoofsaaklik ontwikkel vir die simulasie van gedetailleerde modelle van neuronale sein paaie in dendriete en rondom sinapse, dit is 'n algemene instrument en kan gebruik word vir die bestudering van enige biochemiese pad waarop ruimtelike gradiënte en morfologie gedink 'n rol te speel.
Ons het die stappe soos 'n stel van 'n afgestorwene modules, wat beteken STAPPE gebruikers kan Python scripts gebruik om alle aspekte van die oprigting van die model, wat 'n mesh, die beheer van die simulasie en genereer en te ontleed uitset te beheer. Die kern computational roetines steeds geïmplementeer as C / C ++ uitbreiding modules vir die maksimum spoed van die uitvoering.
. STAPPE versprei onder die GPL v3 lisensie
Vereistes :
- Python
Kommentaar nie gevind