Pathomx

Pathomx (voorheen MetaPath) is 'n oop bron grafiese sagteware in IPython, Qt en PyQt geïmplementeer word, ontwerp van die grond tot so 'n interaktiewe program vir die visualisering en ontleding van metaboliese data onder die GNU / Linux en ander POSIX & nbsp optree; bedryfstelsel stelsels. Dit was aanvanklik ontwerp om gebruik te word vir die verwerking van metabolomika data.Features op 'n glanceKey funksies sluit in steun vir die invoer en uitvoer NMR (Kern Magnetiese Resonansie) data, spektra verwerking, insluitend normalisering, te verpak en belyning, asook metaboliese baan visualisering en mynbou. Jy sal ook in staat wees om genomiese en metabolomika data in te voer deur middel van verskeie roetes vir visualisering op spesifieke roetes.
Verskeie MetaCyc databasis annotasies is ook ingesluit in die Pathomx aansoek, waaronder ons kan noem databasis eenwording skakels, sinonieme, asook gepaardgaande paaie en reaksies. Neem asseblief kennis dat die MetaCyc databasis is afgelei van die openbare API.
Die program maak gebruik van die kragtige MetaCyc databasis vir 'n vinnige verkenning van komplekse datastelle, te danke aan extensible en konfigureerbare plugins. Verder is dit gebruik om die Numpy en Scipy biblioteke vir die nommer hantering, Matplotlib vir grafiese, nmrglue vir KMR data invoer, d3.js vir interaktiewe grafieke, en scikit-leer vir statistiese analise methods.Under die enjinkap en ondersteun OSesLooking onder die kap van Pathomx, kan ons sien dat die aansoek op IPython opdrag dop het 'n ingeboude. Dit werk ook goed onder Microsoft Windows en Mac OS X bedryfstelsel, waarvoor dit is beskikbaar vir aflaai as pre-gebou binêre pakkette. Vir GNU / Linux, is die sagteware versprei net as 'n gzipped bron argief versoenbaar is met 32-bit en 64-bis hardeware platforms.
Wanneer die gebruik van Pathomx, moet gebruikers in gedagte hou dat die aansoek maak gebruik van data uit die MetaCyc pad databasis self, wat deel is van die BioCyc familie. Die MetaCyc API word gebruik om die verskaf databasis, wat plaaslik gestoor word op te wek

Wat is nuut in hierdie release:.

• 'N heeltemal nuwe sleep-druppel visuele redakteur is bygevoeg.
• Dit laat jou ontleding werkstromen te skep deur te sleep gereedskap in die werkplek, redigering verbindings deur te sleep data lyne tussen gereedskap, en die gebruik van inline uitsig 'n oorsig van die huidige verwerking te kry.
• Data kan in die werkplek vir direkte invoer gedaal word.
• Dit het ook bygevoeg live per-instrument vorder kennisgewings, bars, en status aanwysers.
• Foute word gemerk met die hulp teks (tooltips op gereedskap wanneer aangedui rooi).

Vereistes :

• Graphviz