mpiBLAST is 'n MPI gebaseer parallel implementering van Ncbi BLAST. Die projek bestaan uit 'n paar van die programme wat formatdb vervang en blastall met weergawes wat BLAST werk uit te voer in parallel op 'n groep van rekenaars met MPI geïnstalleer. Daar is twee primêre voordele aan die gebruik mpiBLAST versus tradisionele BLAST.
Eerstens, mpiBLAST split die databasis oor elke node in die cluster. Omdat segment van die databasis elke node se kleiner dit kan gewoonlik woonagtig in die buffer-kas, lewer 'n beduidende speedup te danke aan die uitskakeling van skyf I / O. Tweedens, dit laat BLAST gebruikers om voordeel te trek van 'n doeltreffende, lae-koste Beowulf clusters omdat interprocessor kommunikasie eise is laag.
mpiBLAST bereik super-lineêre speedup in situasies waar die databasis is te groot om te pas in die geheue, en naby lineêre speedup in ander situasies. Dit maak nie 'n toegewyde cluster vereis.
Vereistes:
Kommentaar nie gevind