edittag

edittag is 'n aansoek versameling vir die ontwerp van stelle van wysig metrieke volgorde tags, nagaan volgorde tags vir bevestiging van die wysig metrieke, en die integrasie volgorde tags platform-spesifieke volgorde adapters en PCR primers. edittag verskil van ander benaderings:
& Nbsp; * edittag genereer arbitrêre lengtes van edit-metrieke volgorde tags in redelike tyd rame met behulp van multi
& Nbsp; * edittag produseer wysig metrieke volgorde tag stelle voldoen aan die wysig afstand gekies
& Nbsp; * edittag gebruik primer3 volgorde tags PCR primers te integreer
Ons bied verskeie groot stelle wysig metrieke volgorde tags ontwerp met behulp van edittag in die volgende formate:
& Nbsp; * teks - hierdie lêer is in 'n toepaslike formaat vir check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * CSV
& Nbsp; * sqlite databasis
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Groot stelle wysig-metrieke volgorde identifikasie
tags grootskaalse multiplexing te fasiliteer van lees uit op groot skaal
parallel volgorde. doi_
Installasie:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
teer -xzf package.tar.gz
python setup.py installeer
bewaarplek
git kloon git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
opsionele pakket (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
teer -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py installeer
opsionele pakket (primer3)
As jy wil primers te ontwerp inkorporeer wysig metrieke volgorde tags, moet jy eers installeer 'n aangepaste weergawe van primer3:
git kloon git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
maak
maak installeer
Maak seker dat jy beweeg om die program uit mod-primer3 na 'n plek in jou pad (beweeg ten minste primer3-lang en primer3_config in dieselfde gids in jou pad). Jy kan dan hardloop

Vereistes :

• Python
• Numpy
• Levenshtein
• mod-primer3