CaPSID

kapsied is 'n omvattende open source platform wat integreer 'n hoë-prestasie computational pyplyn vir patogeen volgorde identifikasie & nbsp; en karakterisering in menslike genome en transkriptome tesame met 'n haalbare resultate databasis en 'n gebruiker-vriendelike web-gebaseerde sagteware program vir die bestuur van, bevraagteken en visualisering resultate.
Aan die slag
Jy sal 'n MongoDB databasis nodig, 'n Python 2.6+ installasie en Apache Tomcat 6+. Vir meer besonderhede, lees die wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What is nuwe in hierdie release:

• Oplossing fout boodskap toe hardloop aftrek en belyning is nie gevind nie
• Meer werk oor die vaspenning lang loop navrae

Wat is nuut in die weergawe 1.4.2:

• Verwyder MongoKit afhanklikheid

Wat is nuut in die weergawe 1.4.1:

• Oplossing wyser Tydverstreke vir lang loop statistieke navrae

Wat is nuut in die weergawe 1.4.0:

• Adds statistieke terwyl hulle loop, eerder as al aan die einde
• Slaat unieke ID vir gene as uid

Wat is nuut in die weergawe 1.2.7:

• Oplossing README

Wat is nuut in die weergawe 1.2.6:

• Aftrekking filters uit ongekarteer wanneer die bou van gekarteer lui

Wat is nuut in die weergawe 1.2:

• Nut FastQ lêers te skep van ongekarteer lees
• Nut kruising van FastQ lêers om terug te keer
• Nut filter FastQ lêers om terug te keer
• Added mapq drumpel vlag aftrek
• Gbloader kan nou laai bakterieë en swam genome
• Slaat genoom volgordes databasis met behulp van GridFS
• verlaagde geheue voetspoor berekening statistieke
• gebruik subprosesse plaas van os.system
• mapq tellings filter moet 0
in te sluit

Wat is nuut in die weergawe 1.1:

• voeg ondersteuning vir pair-end lees

Wat is nuut in die weergawe 1.0.1:

• Bygevoeg ondersteuning vir MongoDB verifikasie

Vereistes :

• Python