Die Bioinformatika Maatstaf System is 'n poging om 'n redelike toets raamwerk, toetse en data te bou, om eindgebruikers en verkopers in staat stel om die prestasie van hul stelsels te ondersoek.
Wat ons probeer om te doen, is om 'n raamwerk vir die toets, en 'n kern stel toetse wat almal kan aflaai en gebruik om spesifieke elemente van stelsels prestasie ondersoek te skep.
Verder het die bron om hierdie toetse is beskikbaar onder die GPL, en op Bioinformatics.org en Scalable Informatika LLC aangebied Die idee is om die einde gebruikers, verbruikers, stelsels ontwikkelaars, en ander in staat stel om maklik te bou en gebruik betekenisvolle toetse vir meting en tuning redes .
Joe Landman van Scalable Informatika LLC swanger die idee en het die oorspronklike kodes. Ons is op soek na bykomende maatstaf kode voorstelle, toetse, data-stelle, ens
Huidige basislyn toetse is verskeie Ncbi BLAST loop, 'n paar HMMer lopies, en 'n verskeidenheid van ander. Ons beplan om ClustalW, X! Tandem, verskeie chemie, dinamika, en verwante toetse, asook verskeie ander in te sluit.
Toetse soos LINPACK of HPL eenvoudig nie sinvolle prestasie-aanwysers of voorspellende modelle vir hoë prestasie informatika. Ongelukkig nie doen 'n aantal van die meer onlangse en gefokus toetse.
Dit is 'n probleem as LINPACK en HPL spesifiek die toets van die prestasie op verskeie matriksbewerkings, waar jy effektief gereelde toegang geheue patrone en spesifieke wiskundige bedrywighede.
Hierdie kodes is die mees nuttig vir die vergelyking met kodes met 'n swaar swaai punt bedrywighede, en Interleaved geheue verkeer. Hierdie kodes is nie ontwerp vir omvattende stelsels benchmarking, waar skyf I / O, geheue latency, en ander faktore dra alles by tot die prestasie.
Die beste toetse is die mense wat die meeste soortgelyk aan die kodes wat jy sal loop op die masjien. Die toetse hulself moet redelike benaderings om 'n ware uitvoering van jou kode, met behulp van real data. Jy mag nodig wees om dit te berei terug om realistiese run keer kry.
Jy moet 'n redelike subset van data groottes. 'N enkele toets nie vertel hoe jou stelsel skale, en een van die redes vir die bestaan van die toets is spesifiek toe te laat om die prestasie te toets terwyl jy verhoog die verskillende aspekte van die werklading.
Jy kry selde 'n statiese stelsel in 'n cluster, so ons sal aanbeveel dat jy probeer om te hardloop in so realisties 'n bedryfstelsel omgewing as moontlik. A basislyn in 'n statiese stelsel is goed, maar dit kan jou verwagtinge onredelik stel.
top
Kommentaar nie gevind