AREM

Arem is gebaseer op 'n MACS (Model Based Ontleding vir chip-SEQ data).
Hoë deurset volgorde gekoppel aan chromatien immuno- neerslag (chip-SEQ) word algemeen gebruik in die karakterisering genoom-wye bindende patrone van transkripsie faktore, kofaktore, chromatien wysigers, en ander DNA-bindende proteïene. 'N belangrike stap in chip-SEQ data-analise is om te karteer kort lees van 'n hoë-deurset volgorde om 'n verwysing genoom en identifiseer piek streke verryk met 'n kort lees.
Hoewel verskeie metodes is voorgestel vir chip-SEQ analise, mees ex- isting metodes oorweeg slegs lees wat kan uniek geplaas in die verwysing genoom, en het dus 'n lae krag vir die opsporing van pieke lo- aangedui binne herhaalde motiewe. Hier begin ons 'n kans ap- praktiese benadering vir chip-SEQ data-analise wat al gebruik lees, die verskaffing van 'n werklik genoom-wye uitsig van bindende patrone.
Lui is geskoei met behulp van 'n mengsel model wat ooreenstem met verrykte streke en 'n nul genomiese agtergrond K. Ons gebruik maksimum waarskynlikheid te skat die plekke van die verrykte streke, en te implementeer 'n verwagting-maksimering (EM) al- gorithm, genaamd Arem, om te werk die belyning waarskynlikhede van elke lees verskillende genomiese plekke.
Vir meer inligting, sien ons papier in Recomb 2011 of besoek ons ​​webwerf: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
Arem is gebaseer op die gewilde MACS piek oproeper, soos beskryf hieronder:
Met die verbetering van die volgorde tegnieke, chromatien immunoprecipitatie gevolg deur hoë deurset volgorde (chip-SEQ) is steeds gewild te genoom-wye proteïen-DNA interaksies te bestudeer. Die gebrek aan 'n kragtige chip-SEQ analise metode spreek, bied ons 'n roman algoritme, vernoem Model-gebaseerde Ontleding van chip-SEQ (MACS), vir die identifisering van transkripsie faktor bindend webwerwe.
MACS vang die invloed van kompleksiteit genoom om die betekenis van verryk chip streke te evalueer, en Macs verbeter die ruimtelike resolusie van binding plekke deur die kombinasie van die inligting van beide volgorde tag posisie en oriëntasie. . MACS kan maklik gebruik word vir chip-SEQ data alleen, of met beheer monster met die toename van spesifisiteit

Vereistes :

• Python